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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32991 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RAC in the State C2 RNC-RAC complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RAC / co-translational folding / TRANSLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / misfolded protein binding / protein folding chaperone complex / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone ...: / translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / misfolded protein binding / protein folding chaperone complex / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / rRNA processing / unfolded protein binding / protein folding / ribosome binding / protein refolding / cytoplasmic translation / transcription coactivator activity / ribosome / intracellular signal transduction / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen Y / Gao N | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural remodeling of ribosome associated Hsp40-Hsp70 chaperones during co-translational folding. 著者: Yan Chen / Bin Tsai / Ningning Li / Ning Gao / 要旨: Ribosome associated complex (RAC), an obligate heterodimer of HSP40 and HSP70 (Zuo1 and Ssz1 in yeast), is conserved in eukaryotes and functions as co-chaperone for another HSP70 (Ssb1/2 in yeast) to ...Ribosome associated complex (RAC), an obligate heterodimer of HSP40 and HSP70 (Zuo1 and Ssz1 in yeast), is conserved in eukaryotes and functions as co-chaperone for another HSP70 (Ssb1/2 in yeast) to facilitate co-translational folding of nascent polypeptides. Many mechanistic details, such as the coordination of one HSP40 with two HSP70s and the dynamic interplay between RAC-Ssb and growing nascent chains, remain unclear. Here, we report three sets of structures of RAC-containing ribosomal complexes isolated from Saccharomyces cerevisiae. Structural analyses indicate that RAC on the nascent-chain-free ribosome is in an autoinhibited conformation, and in the presence of a nascent chain at the peptide tunnel exit (PTE), RAC undergoes large-scale structural remodeling to make Zuo1 J-Domain more accessible to Ssb. Our data also suggest a role of Zuo1 in orienting Ssb-SBD proximal to the PTE for easy capture of the substrate. Altogether, in accordance with previous data, our work suggests a sequence of structural remodeling events for RAC-Ssb during co-translational folding, triggered by the binding and passage of growing nascent chain from one to another. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32991.map.gz | 8.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32991-v30.xml emd-32991.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32991.png | 27.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32991.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_32991_half_map_1.map.gz emd_32991_half_map_2.map.gz | 256 MB 254.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32991 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32991 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32991_validation.pdf.gz | 609.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32991_full_validation.pdf.gz | 609 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32991_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32991_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32991 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32991 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x3kMC 7x34C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32991.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32991_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32991_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RAC in the State C2 RNC-RAC complex
全体 | 名称: RAC in the State C2 RNC-RAC complex |
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要素 |
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-超分子 #1: RAC in the State C2 RNC-RAC complex
超分子 | 名称: RAC in the State C2 RNC-RAC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Zuotin
分子 | 名称: Zuotin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 49.109066 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MFSLPTLTSD ITVEVNSSAT KTPFVRRPVE PVGKFFLQHA QRTLRNHTWS EFERIEAEKN VKTVDESNVD PDELLFDTEL ADEDLLTHD ARDWKTADLY AAMGLSKLRF RATESQIIKA HRKQVVKYHP DKQSAAGGSL DQDGFFKIIQ KAFETLTDSN K RAQYDSCD ...文字列: MFSLPTLTSD ITVEVNSSAT KTPFVRRPVE PVGKFFLQHA QRTLRNHTWS EFERIEAEKN VKTVDESNVD PDELLFDTEL ADEDLLTHD ARDWKTADLY AAMGLSKLRF RATESQIIKA HRKQVVKYHP DKQSAAGGSL DQDGFFKIIQ KAFETLTDSN K RAQYDSCD FVADVPPPKK GTDYDFYEAW GPVFEAEARF SKKTPIPSLG NKDSSKKEVE QFYAFWHRFD SWRTFEFLDE DV PDDSSNR DHKRYIERKN KAARDKKKTA DNARLVKLVE RAVSEDPRIK MFKEEEKKEK ERRKWEREAG ARAEAEAKAK AEA EAKAKA ESEAKANASA KADKKKAKEA AKAAKKKNKR AIRNSAKEAD YFGDADKATT IDEQVGLIVD SLNDEELVST ADKI KANAA GAKEVLKESA KTIVDSGKLP SSLLSYFV UniProtKB: Zuotin |
-分子 #2: Ribosome-associated complex subunit SSZ1
分子 | 名称: Ribosome-associated complex subunit SSZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 58.301453 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSSPVIGITF GNTSSSIAYI NPKNDVDVIA NPDGERAIPS ALSYVGEDEY HGGQALQQLI RNPKNTIINF RDFIGLPFDK CDVSKCANG APAVEVDGKV GFVISRGEGK EEKLTVDEVV SRHLNRLKLA AEDYIGSAVK EAVLTVPTNF SEEQKTALKA S AAKIGLQI ...文字列: MSSPVIGITF GNTSSSIAYI NPKNDVDVIA NPDGERAIPS ALSYVGEDEY HGGQALQQLI RNPKNTIINF RDFIGLPFDK CDVSKCANG APAVEVDGKV GFVISRGEGK EEKLTVDEVV SRHLNRLKLA AEDYIGSAVK EAVLTVPTNF SEEQKTALKA S AAKIGLQI VQFINEPSAA LLAHAEQFPF EKDVNVVVAD FGGIRSDAAV IAVRNGIFTI LATAHDLSLG GDNLDTELVE YF ASEFQKK YQANPRKNAR SLAKLKANSS ITKKTLSNAT SATISIDSLA DGFDYHASIN RMRYELVANK VFAQFSSFVD SVI AKAELD PLDIDAVLLT GGVSFTPKLT TNLEYTLPES VEILGPQNKN ASNNPNELAA SGAALQARLI SDYDADELAE ALQP VIVNT PHLKKPIGLI GAKGEFHPVL LAETSFPVQK KLTLKQAKGD FLIGVYEGDH HIEEKTLEPI PKEENAEEDD ESEWS DDEP EVVREKLYTL GTKLMELGIK NANGVEIIFN INKDGALRVT ARDLKTGNAV KGEL UniProtKB: Ribosome-associated complex subunit SSZ1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29800 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |