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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32944 | |||||||||
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タイトル | The complex structure of Omicron BA.1 RBD with BD604, S309,and S304 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | antibody viral protein complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang M / Xie YF | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Atlas of currently available human neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and escape by Omicron sub-variants BA.1/BA.1.1/BA.2/BA.3. 著者: Min Huang / Lili Wu / Anqi Zheng / Yufeng Xie / Qingwen He / Xiaoyu Rong / Pu Han / Pei Du / Pengcheng Han / Zengyuan Zhang / Runchu Zhao / Yunfei Jia / Linjie Li / Bin Bai / Ziliang Hu / ...著者: Min Huang / Lili Wu / Anqi Zheng / Yufeng Xie / Qingwen He / Xiaoyu Rong / Pu Han / Pei Du / Pengcheng Han / Zengyuan Zhang / Runchu Zhao / Yunfei Jia / Linjie Li / Bin Bai / Ziliang Hu / Shixiong Hu / Sheng Niu / Yu Hu / Honghui Liu / Bo Liu / Kaige Cui / Weiwei Li / Xin Zhao / Kefang Liu / Jianxun Qi / Qihui Wang / George Fu Gao / 要旨: SARS-CoV-2 Omicron variant has presented significant challenges to current antibodies and vaccines. Herein, we systematically compared the efficacy of 50 human monoclonal antibodies (mAbs), covering ...SARS-CoV-2 Omicron variant has presented significant challenges to current antibodies and vaccines. Herein, we systematically compared the efficacy of 50 human monoclonal antibodies (mAbs), covering the seven identified epitope classes of the SARS-CoV-2 RBD, against Omicron sub-variants BA.1, BA.1.1, BA.2, and BA.3. Binding and pseudovirus-based neutralizing assays revealed that 37 of the 50 mAbs lost neutralizing activities, whereas the others displayed variably decreased activities against the four Omicron sub-variants. BA.2 was found to be more sensitive to RBD-5 antibodies than the other sub-variants. Furthermore, a quaternary complex structure of BA.1 RBD with three mAbs showing different neutralizing potencies against Omicron provided a basis for understanding the immune evasion of Omicron sub-variants and revealed the lack of G446S mutation accounting for the sensitivity of BA.2 to RBD-5 mAbs. Our results may guide the application of the available mAbs and facilitate the development of universal therapeutic antibodies and vaccines against COVID-19. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32944.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32944-v30.xml emd-32944.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32944_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32944.png | 53.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32944 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32944_validation.pdf.gz | 578.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32944_full_validation.pdf.gz | 577.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32944_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32944_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32944 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7x1mMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
+超分子 #1: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab complex with Omicron BA.1 RBD
+超分子 #2: BD604 Fab, S309 Fab and S304 Fab
+超分子 #3: Omicron BA.1 RBD
+分子 #1: S309 Fab heavy chain
+分子 #2: S309 Fab light chain
+分子 #3: BD-604 Fab heavy chain
+分子 #4: BD-604 Fab light chain
+分子 #5: S304 Fab haavy chain
+分子 #6: S304 Fab light chain
+分子 #7: Spike protein S1
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |