+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32703 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | apo-ferritin embedded in crystalline ice frozen at -183 degree | |||||||||
マップデータ | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via FEI Arctica by K2 camera | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Shi H / Wu C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Addressing compressive deformation of proteins embedded in crystalline ice. 著者: Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang / 要旨: For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. ...For cryoelectron microscopy (cryo-EM), high cooling rates have been required for preparation of protein samples to vitrify the surrounding water and avoid formation of damaging crystalline ice. Whether and how crystalline ice affects single-particle cryo-EM is still unclear. Here, single-particle cryo-EM was used to analyze three-dimensional structures of various proteins and viruses embedded in crystalline ice formed at various cooling rates. Low cooling rates led to shrinkage deformation and density distortions on samples having loose structures. Higher cooling rates reduced deformations. Deformation-free proteins in crystalline ice were obtained by modifying the freezing conditions, and reconstructions from these samples revealed a marked improvement over vitreous ice. This procedure also increased the efficiency of cryo-EM structure determinations and was essential for high-resolution reconstructions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32703.map.gz | 95.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32703-v30.xml emd-32703.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32703_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32703.png | 138.3 KB | ||
マスクデータ | emd_32703_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_32703_additional_1.map.gz emd_32703_additional_2.map.gz emd_32703_additional_3.map.gz emd_32703_additional_4.map.gz emd_32703_additional_5.map.gz emd_32703_half_map_1.map.gz emd_32703_half_map_2.map.gz | 201.5 MB 59.9 MB 59.8 MB 59.8 MB 59.7 MB 188.2 MB 188.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32703 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f4lM 8hhsMC 8bqnC 8ew0C 8ew2C 8f49C 8f7yC 8hi2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via FEI Arctica by K2 camera | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32703_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Apo-ferritin map from standard freezing datasets collected via...
ファイル | emd_32703_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from standard freezing datasets collected via FEI Arctica by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -140...
ファイル | emd_32703_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -140 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Apo-ferritin map from standard freezing datasets collected via...
ファイル | emd_32703_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from standard freezing datasets collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -60...
ファイル | emd_32703_additional_4.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -60 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -100...
ファイル | emd_32703_additional_5.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -100 degree collected via Titan Krios by K2 camera | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183...
ファイル | emd_32703_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via FEI Arctica by K2 camera. The half map of apo-ferritin was flipped and centered. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183...
ファイル | emd_32703_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Apo-ferritin map from crystal-embedded datasets frozen at -183 degree collected via FEI Arctica by K2 camera. The half map of apo-ferritin was flipped and centered. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human apo-ferritin
全体 | 名称: Human apo-ferritin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human apo-ferritin
超分子 | 名称: Human apo-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
---|---|
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
糖包埋 | 材質: crystalline ice |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |