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- EMDB-32619: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32619
タイトルStructure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine
    • 複合体: PfNT1
      • タンパク質・ペプチド: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter
    • 複合体: nanobody 48
      • タンパク質・ペプチド: nanobody48
  • リガンド: INOSINE
キーワードmalaria / Equilibrative nucleoside transporter / inosine / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性nicotinamide riboside transmembrane transporter activity / Equilibrative nucleoside transporter / nucleobase transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Wang C / Deng D
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Key R&D Program of China2016YFA0502700 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171211 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the substrate recognition and inhibition mechanism of Plasmodium falciparum nucleoside transporter PfENT1.
著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / ...著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / Peng Zhang / Li Guo / Ruobing Ren / Dong Deng /
要旨: By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates ...By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates nucleoside uptake in the asexual blood stage. Specific inhibitors of PfENT1 prevent the proliferation of P. falciparum at submicromolar concentrations. However, the substrate recognition and inhibitory mechanism of PfENT1 are still elusive. Here, we report cryo-EM structures of PfENT1 in apo, inosine-bound, and inhibitor-bound states. Together with in vitro binding and uptake assays, we identify that inosine is the primary substrate of PfENT1 and that the inosine-binding site is located in the central cavity of PfENT1. The endofacial inhibitor GSK4 occupies the orthosteric site of PfENT1 and explores the allosteric site to block the conformational change of PfENT1. Furthermore, we propose a general "rocker switch" alternating access cycle for ENT transporters. Understanding the substrate recognition and inhibitory mechanisms of PfENT1 will greatly facilitate future efforts in the rational design of antimalarial drugs.
履歴
登録2022年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32619.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.313
最小 - 最大-0.64293295 - 1.3155411
平均 (標準偏差)-0.0001925501 (±0.032868512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine

全体名称: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine
要素
  • 複合体: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine
    • 複合体: PfNT1
      • タンパク質・ペプチド: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter
    • 複合体: nanobody 48
      • タンパク質・ペプチド: nanobody48
  • リガンド: INOSINE

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超分子 #1: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine

超分子名称: Structure of PfNT1(Y190A) in complex with nanobody 48 and inosine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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超分子 #2: PfNT1

超分子名称: PfNT1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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超分子 #3: nanobody 48

超分子名称: nanobody 48 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter

分子名称: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 47.579801 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTGKESSKA YADIESRGDY KDDGKKGSTL SSKQHFMLSL TFILIGLSSL NVWNTALGLN INFKYNTFQI TGLVCSSIVA LFVEIPKIM LPFLLGGLSI LCAGFQISHS FFTDTQFDTY CLVAFIVIGV VAGLAQTIAF NIGSTMEDNM GGYMSAGIGI S GVFIFVIN ...文字列:
MSTGKESSKA YADIESRGDY KDDGKKGSTL SSKQHFMLSL TFILIGLSSL NVWNTALGLN INFKYNTFQI TGLVCSSIVA LFVEIPKIM LPFLLGGLSI LCAGFQISHS FFTDTQFDTY CLVAFIVIGV VAGLAQTIAF NIGSTMEDNM GGYMSAGIGI S GVFIFVIN LLLDQFVSPE KHYGVNKAKL LALYIICELC LILAIVFCVC NLDLTNKNNK KDEENKENNA TLSYMELFKD SY KAILTMF LVNWLTLQLF PGVGHKKWQE SHNISDYNVT IIVGMFQVFD FLSRYPPNLT HIKIFKNFTF SLNKLLVANS LRL LFIPWF ILNACVDHPF FKNIVQQCVC MAMLAFTNGW FNTVPFLVFV KELKKAKKKK EIEIISTFLV IAMFVGLFCG IWTT YIYNL FNIVLPKPDL PPIDVTQ

UniProtKB: Equilibrative nucleoside/nucleobase transporter

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分子 #2: nanobody48

分子名称: nanobody48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 13.199559 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTGS INYMGWYRQA PGKQRELVAR FSSGGSTNYA DSVKGRFTIS GDNAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCNAET ISYVYTVVFQ DYWGQGTQVT VSS

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分子 #3: INOSINE

分子名称: INOSINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NOS
分子量理論値: 268.226 Da
Chemical component information

ChemComp-NOS:
INOSINE / イノシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 183797
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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