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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32617 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human SGLT1-MAP17 complex bound with LX2761 | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761. | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / fucose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport / myo-inositol transport ...myo-inositol:sodium symporter activity / pentose transmembrane transporter activity / fucose transmembrane transporter activity / galactose:sodium symporter activity / pentose transmembrane transport / intestinal hexose absorption / Defective SLC5A1 causes congenital glucose/galactose malabsorption (GGM) / Intestinal hexose absorption / fucose transmembrane transport / myo-inositol transport / intestinal D-glucose absorption / galactose transmembrane transporter activity / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / glucose:sodium symporter activity / galactose transmembrane transport / water transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / glucose transmembrane transporter activity / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane / glucose transmembrane transport / transepithelial water transport / intracellular organelle / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transport / intracellular vesicle / transport across blood-brain barrier / : / brush border membrane / early endosome / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Niu Y / Cui W | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of SGLT1 inhibitors. 著者: Yange Niu / Wenhao Cui / Rui Liu / Sanshan Wang / Han Ke / Xiaoguang Lei / Lei Chen / 要旨: Sodium glucose co-transporters (SGLT) harness the electrochemical gradient of sodium to drive the uphill transport of glucose across the plasma membrane. Human SGLT1 (hSGLT1) plays a key role in ...Sodium glucose co-transporters (SGLT) harness the electrochemical gradient of sodium to drive the uphill transport of glucose across the plasma membrane. Human SGLT1 (hSGLT1) plays a key role in sugar uptake from food and its inhibitors show promise in the treatment of several diseases. However, the inhibition mechanism for hSGLT1 remains elusive. Here, we present the cryo-EM structure of the hSGLT1-MAP17 hetero-dimeric complex in the presence of the high-affinity inhibitor LX2761. LX2761 locks the transporter in an outward-open conformation by wedging inside the substrate-binding site and the extracellular vestibule of hSGLT1. LX2761 blocks the putative water permeation pathway of hSGLT1. The structure also uncovers the conformational changes of hSGLT1 during transitions from outward-open to inward-open states. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32617.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32617-v30.xml emd-32617.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32617.png | 105.9 KB | ||
その他 | emd_32617_half_map_1.map.gz emd_32617_half_map_2.map.gz | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32617 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32617_validation.pdf.gz | 953.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32617_full_validation.pdf.gz | 953.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32617_validation.xml.gz | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32617_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32617 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wmvMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.821 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-A map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
ファイル | emd_32617_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-A map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761.
ファイル | emd_32617_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-B map of human SGLT1-MAP17 complex with LX2761. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SGLT1-MAP17 complex
全体 | 名称: human SGLT1-MAP17 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: human SGLT1-MAP17 complex
超分子 | 名称: human SGLT1-MAP17 complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium/glucose cotransporter 1
分子 | 名称: Sodium/glucose cotransporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.557703 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF ...文字列: MDSSTWSPKT TAVTRPVETH ELIRNAADIS IIVIYFVVVM AVGLWAMFST NRGTVGGFFL AGRSMVWWPI GASLFASNIG SGHFVGLAG TGAASGIAIG GFEWNALVLV VVLGWLFVPI YIKAGVVTMP EYLRKRFGGQ RIQVYLSLLS LLLYIFTKIS A DIFSGAIF INLALGLNLY LAIFLLLAIT ALYTITGGLA AVIYTDTLQT VIMLVGSLIL TGFAFHEVGG YDAFMEKYMK AI PTIVSDG NTTFQEKCYT PRADSFHIFR DPLTGDLPWP GFIFGMSILT LWYWCTDQVI VQRCLSAKNM SHVKGGCILC GYL KLMPMF IMVMPGMISR ILYTEKIACV VPSECEKYCG TKVGCTNIAY PTLVVELMPN GLRGLMLSVM LASLMSSLTS IFNS ASTLF TMDIYAKVRK RASEKELMIA GRLFILVLIG ISIAWVPIVQ SAQSGQLFDY IQSITSYLGP PIAAVFLLAI FWKRV NEPG AFWGLILGLL IGISRMITEF AYGTGSCMEP SNCPTIICGV HYLYFAIILF AISFITIVVI SLLTKPIPDV HLYRLC WSL RNSKEERIDL DAEEENIQEG PKETIEIETQ VPEKKKGIFR RAYDLFCGLE QHGAPKMTEE EEKAMKMKMT DTSEKPL WR TVLNVNGIIL VTVAVFCHAY FA |
-分子 #2: PDZK1-interacting protein 1
分子 | 名称: PDZK1-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.265092 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSALSLLILG LLMAVPPASC QQGLGNLQPW MQGLIAVAVF LVLVAIAFAV NHFWCQEEPE PAHMILTVGN KADGVLVGTD GRYSSMAAS FRSSEHENAY ENVPEEEGKV RSTPM |
-分子 #3: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,...
分子 | 名称: N-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-methyl-2-[4-[4-[[2-methyl-5-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-methylsulfanyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]phenyl]methyl]phenyl]butanoylamino]propanamide タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 1YI |
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分子量 | 理論値: 601.797 Da |
Chemical component information | ChemComp-1YI: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.1.0) / 使用した粒子像数: 12133 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |