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- EMDB-32599: Cryo-EM structure of tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32599
タイトルCryo-EM structure of tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • RNA: RNA (81-MER)
    • RNA: RNA (81-MER)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinnate immunity / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / defense response / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to xenobiotic stimulus / transmembrane signaling receptor activity / MAPK cascade / double-stranded RNA binding / defense response to virus / early endosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sakaniwa K / Ohto U
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19J21830 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H03164 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H00976 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction.
著者: Kentaro Sakaniwa / Akiko Fujimura / Takuma Shibata / Hideki Shigematsu / Toru Ekimoto / Masaki Yamamoto / Mitsunori Ikeguchi / Kensuke Miyake / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu /
要旨: Toll-like receptor 3 (TLR3) is a member of the TLR family, which plays an important role in the innate immune system and is responsible for recognizing viral double-stranded RNA (dsRNA). Previous ...Toll-like receptor 3 (TLR3) is a member of the TLR family, which plays an important role in the innate immune system and is responsible for recognizing viral double-stranded RNA (dsRNA). Previous biochemical and structural studies have revealed that a minimum length of approximately 40-50 base pairs of dsRNA is necessary for TLR3 binding and dimerization. However, efficient TLR3 activation requires longer dsRNA and the molecular mechanism underlying its dsRNA length-dependent activation remains unknown. Here, we report cryo-electron microscopy analyses of TLR3 complexed with longer dsRNA. TLR3 dimers laterally form a higher multimeric complex along dsRNA, providing the basis for cooperative binding and efficient signal transduction.
履歴
登録2022年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32599.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 280 pix.
= 315.84 Å		1.13 Å/pix.
x 280 pix.
= 315.84 Å		1.13 Å/pix.
x 280 pix.
= 315.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.17174713 - 0.4463007
平均 (標準偏差)0.00074188976 (±0.017022053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 315.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)

全体名称: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
要素
  • 複合体: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 3
    • RNA: RNA (81-MER)
    • RNA: RNA (81-MER)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp)

超分子名称: Tetrameric TLR3 in complex with dsRNA (90 bp) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Toll-like receptor 3

分子名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 77.365852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TNQCTVRYNV ADCSHLKLTH IPDDLPSNIT VLNLTHNQLR RLPPTNFTRY SQLAILDAGF NSISKLEPEL CQILPLLKVL NLQHNELSQ ISDQTFVFCT NLTELDLMSN SIHKIKSNPF KNQKNLIKLD LSHNGLSSTK LGTGVQLENL QELLLAKNKI L ALRSEELE ...文字列:
TNQCTVRYNV ADCSHLKLTH IPDDLPSNIT VLNLTHNQLR RLPPTNFTRY SQLAILDAGF NSISKLEPEL CQILPLLKVL NLQHNELSQ ISDQTFVFCT NLTELDLMSN SIHKIKSNPF KNQKNLIKLD LSHNGLSSTK LGTGVQLENL QELLLAKNKI L ALRSEELE FLGNSSLRKL DLSSNPLKEF SPGCFQTIGK LFALLLNNAQ LNPHLTEKLC WELSNTSIQN LSLANNQLLA TS ESTFSGL KWTNLTQLDL SYNNLHDVGN GSFSYLPSLR YLSLEYNNIQ RLSPRSFYGL SNLRYLSLKR AFTKQSVSLA SHP NIDDFS FQWLKYLEYL NMDDNNIPST KSNTFTGLVS LKYLSLSKTF TSLQTLTNET FVSLAHSPLL TLNLTKNHIS KIAN GTFSW LGQLRILDLG LNEIEQKLSG QEWRGLRNIF EIYLSYNKYL QLSTSSFALV PSLQRLMLRR VALKNVDISP SPFRP LRNL TILDLSNNNI ANINEDLLEG LENLEILDFQ HNNLARLWKR ANPGGPVNFL KGLSHLHILN LESNGLDEIP VGVFKN LFE LKSINLGLNN LNKLEPFIFD DQTSLRSLNL QKNLITSVEK DVFGPPFQNL NSLDMRFNPF DCTCESISWF VNWINQT HT NISELSTHYL CNTPHHYYGF PLKLFDTSSC KDSAPFEL

UniProtKB: Toll-like receptor 3

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分子 #2: RNA (81-MER)

分子名称: RNA (81-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.699127 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U

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分子 #3: RNA (81-MER)

分子名称: RNA (81-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.676088 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 5.3 / 詳細: 25 mM MES-NaOH pH 5.3, 0.3 M NaCl
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3ciy

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 274002
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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