+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32597 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of AKT1-AtKC1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | VGIC / Plant Channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 root hair elongation / regulation of stomatal closure / response to nematode / response to water deprivation / inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / response to salt stress / potassium ion transmembrane transport ...root hair elongation / regulation of stomatal closure / response to nematode / response to water deprivation / inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / response to salt stress / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Dongliang L / Zijie Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for the regulation mechanism of a hyper polarization-activated K+ channel AKT1 by AtKC1 著者: Dongliang L / Zijie Z / Yannan Q / Yuyue T / Huaizong S | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32597.map.gz | 49.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32597-v30.xml emd-32597.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32597.png | 140.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32597.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32597 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32597_validation.pdf.gz | 491.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_32597_full_validation.pdf.gz | 491.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32597_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32597_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32597 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32597 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wm1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0773 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of AKT1 and AtKC1
全体 | 名称: Complex of AKT1 and AtKC1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of AKT1 and AtKC1
超分子 | 名称: Complex of AKT1 and AtKC1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Potassium channel AKT1
分子 | 名称: Potassium channel AKT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 99.812266 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRGGALLCGQ VQDEIEQLSR ESSHFSLSTG ILPSLGARSN RRVKLRRFVV SPYDHKYRIW EAFLVVLVVY TAWVSPFEFG FLRKPRPPL SITDNIVNAF FAIDIIMTFF VGYLDKSTYL IVDDRKQIAF KYLRSWFLLD LVSTIPSEAA MRISSQSYGL F NMLRLWRL ...文字列: MRGGALLCGQ VQDEIEQLSR ESSHFSLSTG ILPSLGARSN RRVKLRRFVV SPYDHKYRIW EAFLVVLVVY TAWVSPFEFG FLRKPRPPL SITDNIVNAF FAIDIIMTFF VGYLDKSTYL IVDDRKQIAF KYLRSWFLLD LVSTIPSEAA MRISSQSYGL F NMLRLWRL RRVGALFARL EKDRNFNYFW VRCAKLVCVT LFAVHCAACF YYLIAARNSN PAKTWIGANV ANFLEESLWM RY VTSMYWS ITTLTTVGYG DLHPVNTKEM IFDIFYMLFN LGLTAYLIGN MTNLVVHGTS RTRNFRDTIQ AASNFAHRNH LPP RLQDQM LAHLCLKYRT DSEGLQQQET LDALPKAIRS SISHFLFYSL MDKVYLFRGV SNDLLFQLVS EMKAEYFPPK EDVI LQNEA PTDFYILVNG TADLVDVDTG TESIVREVKA GDIIGEIGVL CYRPQLFTVR TKRLCQLLRM NRTTFLNIIQ ANVGD GTII MNNLLQHLKE MNDPVMTNVL LEIENMLARG KMDLPLNLCF AAIREDDLLL HQLLKRGLDP NESDNNGRTP LHIAAS KGT LNCVLLLLEY HADPNCRDAE GSVPLWEAMV EGHEKVVKVL LEHGSTIDAG DVGHFACTAA EQGNLKLLKE IVLHGGD VT RPRATGTSAL HTAVCEENIE MVKYLLEQGA DVNKQDMHGW TPRDLAEQQG HEDIKALFRE KLHERRVHIE TSSSVPIL K TGIRFLGRFT SEPNIRPASR EVSFRIRETR ARRKTNNFDN SLFGILANQS VPKNGLATVD EGRTGNPVRV TISCAEKDD IAGKLVLLPG SFKELLELGS NKFGIVATKV MNKDNNAEID DVDVIRDGDH LIFATDSLEG SDEVDAGSAA ASGGSGSDYK DDDDK UniProtKB: Potassium channel AKT1 |
-分子 #2: Potassium channel KAT3
分子 | 名称: Potassium channel KAT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 78.435859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSTTTTEARS PLPLLLRRGR SSTALSASTA EARSPLSILQ FRRRSSKDVR NITSVSSSLL PAFGTFIEDD NPSSKPFIVL HFDRRYRLW ELFLVILVGY SAWASLFELA FEKAAEGALL TIDLVVDFFF AVDIILTFFV SYLDNTTYLN VTDHKLIAKR Y LKSVAFVM ...文字列: MSTTTTEARS PLPLLLRRGR SSTALSASTA EARSPLSILQ FRRRSSKDVR NITSVSSSLL PAFGTFIEDD NPSSKPFIVL HFDRRYRLW ELFLVILVGY SAWASLFELA FEKAAEGALL TIDLVVDFFF AVDIILTFFV SYLDNTTYLN VTDHKLIAKR Y LKSVAFVM DVASTLPIQF IYKTITGDVG RGQAFGFLNL LRLWRLRRVA ELFKRLEKDA HFNYFVIRVI KLLCVTIFWI HL AGCILYW IAYHYPRPTD TWIGSQVEDF KERSVWLGYT YSMYWSIVTL TTVGYGDLHA VNSREKTFNM FYMLFNIGLT SYI IGIMTN LVVHGALRTF AMRSAINDIL RYTSKNRLPD TMREQMLAHM QLKFKTAELR QEEVLQDLPK AIRSSINQHL FRSI IEEAY LFKGFPEGLL VQLVSQIQAE YFPPKMEIIL QNEIPTDFYV IVSGGVDIIA SKGVSEQVLA KLGPGSMAGE IGVVF NIPQ PFTVRTRRLS QVIRIGHHKF KEMVQSDNDV DAKMIIANFM TYLKGLNDEL KKEIPFLRDL LDDADAQVQE TVQSEE TPQ SNDEEIVTVS RHENGQIEER RREGVPKRVI IHGQAPPNQD NKNNGDSNGR LIILPDSIQL LFDLAEKKLG KRGSTIA MA DGAHVEQIDA LRENDHLYIF LEGSDEVDAG SAAASGGSGS WSHPQFEK UniProtKB: Potassium channel KAT3 |
-分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: POV |
---|---|
分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #4: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: K |
---|---|
分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 289326 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |