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- EMDB-32535: Structure of SUR1 in complex with mitiglinide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32535
タイトルStructure of SUR1 in complex with mitiglinide
マップデータ
試料
  • 複合体: Sulfonylurea receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)butanoic acid
キーワードSUR1 / KATP / channel / mitiglinide / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ABC-family protein mediated transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nervous system process ...ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / Regulation of insulin secretion / Ion homeostasis / inward rectifying potassium channel / sulfonylurea receptor activity / ABC-family protein mediated transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / nervous system process / ankyrin binding / response to ATP / potassium ion import across plasma membrane / ABC-type transporter activity / potassium ion transport / negative regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / transmembrane transporter binding / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 8 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Chen L / Wang MM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91957201 and 31870833 中国
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2022
タイトル: Structural Insights Into the High Selectivity of the Anti-Diabetic Drug Mitiglinide.
著者: Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Lei Chen /
要旨: Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, ...Mitiglinide is a highly selective fast-acting anti-diabetic drug that induces insulin secretion by inhibiting pancreatic K channels. However, how mitiglinide binds K channels remains unknown. Here, we show the cryo-EM structure of the SUR1 subunit complexed with mitiglinide. The structure reveals that mitiglinide binds inside the common insulin secretagogue-binding site of SUR1, which is surrounded by TM7, TM8, TM16, and TM17. Mitiglinide locks SUR1 in the NBD-separated inward-facing conformation. The detailed structural analysis of the mitiglinide-binding site uncovers the molecular basis of its high selectivity.
履歴
登録2022年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32535.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 267.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.4431648 - 4.007441
平均 (標準偏差)0.0067843245 (±0.105272636)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 267.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_32535_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_32535_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_32535_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sulfonylurea receptor 1

全体名称: Sulfonylurea receptor 1
要素
  • 複合体: Sulfonylurea receptor 1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)butanoic acid

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超分子 #1: Sulfonylurea receptor 1

超分子名称: Sulfonylurea receptor 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)

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分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding c...

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,ATP-binding cassette sub-family C member 8 isoform X1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Fusion protein of potassium channel, linkers and Abcc8
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 159.439844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPLSRKGIIP EEYVLTRLAE DPAEPRYRTR ERRVDGSGSG SGSAAGSGSG SGSGSGAAAE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFI KTAHKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI L ADLLGFAG ...文字列:
GPLSRKGIIP EEYVLTRLAE DPAEPRYRTR ERRVDGSGSG SGSAAGSGSG SGSGSGAAAE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFI KTAHKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI L ADLLGFAG PLCIFGIVDH LGKENHVFQP KTQFLGVYFV SSQEFLGNAY VLAVLLFLAL LLQRTFLQAS YYVAIETGIN LR GAIQTKI YNKIMHLSTS NLSMGEMTAG QICNLVAIDT NQLMWFFFLC PNLWAMPVQI IVGVILLYYI LGVSALIGAA VII LLAPVQ YFVATKLSQA QRSTLEHSNE RLKQTNEMLR GMKLLKLYAW ESIFCSRVEV TRRKEMTSLR AFAVYTSISI FMNT AIPIA AVLITFVGHV SFFKESDLSP SVAFASLSLF HILVTPLFLL SSVVRSTVKA LVSVQKLSEF LSSAEIREEQ CAPRE PAPQ GQAGKYQAVP LKVVNRKRPA REEVRDLLGP LQRLAPSMDG DADNFCVQII GGFFTWTPDG IPTLSNITIR IPRGQL TMI VGQVGCGKSS LLLATLGEMQ KVSGAVFWNS NLPDSEGEDP SSPERETAAG SDIRSRGPVA YASQKPWLLN ATVEENI TF ESPFNKQRYK MVIEACSLQP DIDILPHGDQ TQIGERGINL SGGQRQRISV ARALYQQTNV VFLDDPFSAL DVHLSDHL M QAGILELLRD DKRTVVLVTH KLQYLPHADW IIAMKDGTIQ REGTLKDFQR SECQLFEHWK TLMNRQDQEL EKETVMERK ASEPSQGLPR AMSSRDGLLL DEEEEEEEAA ESEEDDNLSS VLHQRAKIPW RACTKYLSSA GILLLSLLVF SQLLKHMVLV AIDYWLAKW TDSALVLSPA ARNCSLSQEC DLDQSVYAMV FTLLCSLGIV LCLVTSVTVE WTGLKVAKRL HRSLLNRIIL A PMRFFETT PLGSILNRFS SDCNTIDQHI PSTLECLSRS TLLCVSALTV ISYVTPVFLV ALLPLAVVCY FIQKYFRVAS RD LQQLDDT TQLPLLSHFA ETVEGLTTIR AFRYEARFQQ KLLEYTDSNN IASLFLTAAN RWLEVRMEYI GACVVLIAAA TSI SNSLHR ELSAGLVGLG LTYALMVSNY LNWMVRNLAD MEIQLGAVKR IHALLKTEAE SYEGLLAPSL IPKNWPDQGK IQIQ NLSVR YDSSLKPVLK HVNALISPGQ KIGICGRTGS GKSSFSLAFF RMVDMFEGRI IIDGIDIAKL PLHTLRSRLS IILQD PVLF SGTIRFNLDP EKKCSDSTLW EALEIAQLKL VVKALPGGLD AIITEGGENF SQGQRQLFCL ARAFVRKTSI FIMDEA TAS IDMATENILQ KVVMTAFADR TVVTIAHRVH TILSADLVMV LKRGAILEFD KPETLLSQKD SVFASFVRAD K

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11, ATP-binding cassette sub-family C member 8

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxi...

分子名称: (2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)butanoic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 9I0
分子量理論値: 315.407 Da
Chemical component information

ChemComp-9I0:
(2S)-4-[(3aR,7aS)-1,3,3a,4,5,6,7,7a-octahydroisoindol-2-yl]-4-oxidanylidene-2-(phenylmethyl)butanoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: cryo-sparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82717
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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