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- EMDB-32166: Cryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32166
タイトルCryo-EM structure of Rob-dependent transcription activation complex in a unique conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Rob-dependent transcription activation complex
    • 複合体: RNA polymerase subunits
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
      • タンパク質・ペプチド: Right origin-binding protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: micF promoter DNA forward strand
      • DNA: micF promoter DNA reverse strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードbacterial RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain ...: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Right origin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Lin W / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis of transcription activation by Rob, a pleiotropic AraC/XylS family regulator.
著者: Jing Shi / Fulin Wang / Fangfang Li / Lu Wang / Ying Xiong / Aijia Wen / Yuanling Jin / Sha Jin / Fei Gao / Zhenzhen Feng / Jiacong Li / Yu Zhang / Zhuo Shang / Shuang Wang / Yu Feng / Wei Lin /
要旨: Rob, which serves as a paradigm of the large AraC/XylS family transcription activators, regulates diverse subsets of genes involved in multidrug resistance and stress response. However, the ...Rob, which serves as a paradigm of the large AraC/XylS family transcription activators, regulates diverse subsets of genes involved in multidrug resistance and stress response. However, the underlying mechanism of how it engages bacterial RNA polymerase and promoter DNA to finely respond to environmental stimuli is still elusive. Here, we present two cryo-EM structures of Rob-dependent transcription activation complex (Rob-TAC) comprising of Escherichia coli RNA polymerase (RNAP), Rob-regulated promoter and Rob in alternative conformations. The structures show that a single Rob engages RNAP by interacting with RNAP αCTD and σ70R4, revealing their generally important regulatory roles. Notably, by occluding σ70R4 from binding to -35 element, Rob specifically binds to the conserved Rob binding box through its consensus HTH motifs, and retains DNA bending by aid of the accessory acidic loop. More strikingly, our ligand docking and biochemical analysis demonstrate that the large Rob C-terminal domain (Rob CTD) shares great structural similarity with the global Gyrl-like domains in effector binding and allosteric regulation, and coordinately promotes formation of competent Rob-TAC. Altogether, our structural and biochemical data highlight the detailed molecular mechanism of Rob-dependent transcription activation, and provide favorable evidences for understanding the physiological roles of the other AraC/XylS-family transcription factors.
履歴
登録2021年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月8日-
マップ公開2022年6月8日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32166.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32166.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.032263435 - 0.05974638
平均 (標準偏差)0.00035212518 (±0.0042007365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rob-dependent transcription activation complex

全体名称: Rob-dependent transcription activation complex
要素
  • 複合体: Rob-dependent transcription activation complex
    • 複合体: RNA polymerase subunits
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
      • タンパク質・ペプチド: Right origin-binding protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: micF promoter DNA forward strand
      • DNA: micF promoter DNA reverse strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Rob-dependent transcription activation complex

超分子名称: Rob-dependent transcription activation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5, #8
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
超分子 #2: RNA polymerase subunits

超分子名称: RNA polymerase subunits / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #8
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 150.804922 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MVQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 155.366781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 70.352242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP ...文字列:
MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP NAEEDLAPTA THVGSELSQE DLDDDEDEDE EDGDDDSADD DNSIDPELAR EKFAELRAQY VVTRDTIKAK GR SHATAQE EILKLSEVFK QFRLVPKQFD YLVNSMRVMM DRVRTQERLI MKLCVEQCKM PKKNFITLFT GNETSDTWFN AAI AMNKPW SEKLHDVSEE VHRALQKLQQ IEEETGLTIE QVKDINRRMS IGEAKARRAK KEMVEANLRL VISIAKKYTN RGLQ FLDLI QEGNIGLMKA VDKFEYRRGY KFSTYATWWI RQAITRSIAD QARTIRIPVH MIETINKLNR ISRQMLQEMG REPTP EELA ERMLMPEDKI RKVLKIAKEP ISMETPIGDD EDSHLGDFIE DTTLELPLDS ATTESLRAAT HDVLAGLTAR EAKVLR MRF GIDMNTDYTL EEVGKQFDVT RERIRQIEAK ALRKLRHPSR SEVLRSFLDD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #8: Right origin-binding protein

分子名称: Right origin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 33.184844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDQAGIIRDL LIWLEGHLDQ PLSLDNVAAK AGYSKWHLQR MFKDVTGHAI GAYIRARRLS KSAVALRLTA RPILDIALQY RFDSQQTFT RAFKKQFAQT PALYRRSPEW SAFGIRPPLR LGEFTMPEHK FVTLEDTPLI GVTQSYSCSL EQISDFRHEM R YQFWHDFL ...文字列:
MDQAGIIRDL LIWLEGHLDQ PLSLDNVAAK AGYSKWHLQR MFKDVTGHAI GAYIRARRLS KSAVALRLTA RPILDIALQY RFDSQQTFT RAFKKQFAQT PALYRRSPEW SAFGIRPPLR LGEFTMPEHK FVTLEDTPLI GVTQSYSCSL EQISDFRHEM R YQFWHDFL GNAPTIPPVL YGLNETRPSQ DKDDEQEVFY TTALAQDQAD GYVLTGHPVM LQGGEYVMFT YEGLGTGVQE FI LTVYGTC MPMLNLTRRK GQDIERYYPA EDAKAGDRPI NLRCELLIPI RR

UniProtKB: Right origin-binding protein

+
分子 #6: micF promoter DNA forward strand

分子名称: micF promoter DNA forward strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 21.574877 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)

+
分子 #7: micF promoter DNA reverse strand

分子名称: micF promoter DNA reverse strand / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 21.751922 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG) (DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335021
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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