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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32130 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a class A orphan GPCR | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuropeptide receptor activity / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...neuropeptide receptor activity / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu ZJ / Hua T / Zhou YL / Wu LJ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Molecular insights into ligand recognition and G protein coupling of the neuromodulatory orphan receptor GPR139. 著者: Yali Zhou / Henrik Daver / Boris Trapkov / Lijie Wu / Meng Wu / Kasper Harpsøe / Patrick R Gentry / Kaiwen Liu / Marina Larionova / Junlin Liu / Na Chen / Hans Bräuner-Osborne / David E ...著者: Yali Zhou / Henrik Daver / Boris Trapkov / Lijie Wu / Meng Wu / Kasper Harpsøe / Patrick R Gentry / Kaiwen Liu / Marina Larionova / Junlin Liu / Na Chen / Hans Bräuner-Osborne / David E Gloriam / Tian Hua / Zhi-Jie Liu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32130.map.gz | 57.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32130-v30.xml emd-32130.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32130.png | 78.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32130 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32130_validation.pdf.gz | 311.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32130_full_validation.pdf.gz | 311.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32130_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32130_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32130 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Ternary complex of ligand, GPCR and G protein
+超分子 #1: Ternary complex of ligand, GPCR and G protein
+超分子 #2: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...
+超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
+超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
+超分子 #5: Nanobody 35
+超分子 #6: Chimera Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled rec...
+分子 #1: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...
+分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
+分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
+分子 #4: Nanobody 35
+分子 #5: chimera of Endo-1,4-beta-xylanase and Probable G-protein coupled ...
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #8: 3-chloranyl-N-[2-oxidanylidene-2-[[(1S)-1-phenylethyl]amino]ethyl...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 実像数: 7908 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |