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- EMDB-32019: Cryo-EM structure of SAM-Tom40 intermediate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32019
タイトルCryo-EM structure of SAM-Tom40 intermediate complex
マップデータ
試料
  • 複合体: SAM-Tom40
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
キーワードMitochondrial protein assembly gate / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / porin activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / pore complex / protein transmembrane transporter activity ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / SAM complex / membrane insertase activity / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / phospholipid transport / porin activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting assembly machinery 35kDa subunit / Tom37, C-terminal domain / SAM35, subunit of SAM coomplex / Tom37 C-terminal domain / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 ...Sorting assembly machinery 35kDa subunit / Tom37, C-terminal domain / SAM35, subunit of SAM coomplex / Tom37 C-terminal domain / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorting assembly machinery 35 kDa subunit / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Sorting assembly machinery 37 kDa subunit / Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Takeda H / Tsutsumi A / Kikkawa M / Endo T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Science and Technology 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Author Correction: A multipoint guidance mechanism for β-barrel folding on the SAM complex.
著者: Hironori Takeda / Jon V Busto / Caroline Lindau / Akihisa Tsutsumi / Kentaro Tomii / Kenichiro Imai / Yu Yamamori / Takatsugu Hirokawa / Chie Motono / Iniyan Ganesan / Lena-Sophie Wenz / ...著者: Hironori Takeda / Jon V Busto / Caroline Lindau / Akihisa Tsutsumi / Kentaro Tomii / Kenichiro Imai / Yu Yamamori / Takatsugu Hirokawa / Chie Motono / Iniyan Ganesan / Lena-Sophie Wenz / Thomas Becker / Masahide Kikkawa / Nikolaus Pfanner / Nils Wiedemann / Toshiya Endo /
履歴
登録2021年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32019.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 249. Å		1.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 249. Å		1.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.20191672 - 0.42213887
平均 (標準偏差)-0.0002914935 (±0.0096141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SAM-Tom40

全体名称: SAM-Tom40
要素
  • 複合体: SAM-Tom40
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

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超分子 #1: SAM-Tom40

超分子名称: SAM-Tom40 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

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分子 #1: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 54.47384 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTSSSGVDNE ISLDSPMPIF NESSTLKPIR VAGVVTTGTD HIDPSVLQAY LDDTIMKSIT LGQLVKNADV LNKRLCQHHI ALNAKQSFH FQGNTYISDE KETHDVVPLM EVVSQLDILP PKTFTAKTGT NFGNDNDAEA YLQFEKLIDK KYLKLPTRVN L EILRGTKI ...文字列:
MTSSSGVDNE ISLDSPMPIF NESSTLKPIR VAGVVTTGTD HIDPSVLQAY LDDTIMKSIT LGQLVKNADV LNKRLCQHHI ALNAKQSFH FQGNTYISDE KETHDVVPLM EVVSQLDILP PKTFTAKTGT NFGNDNDAEA YLQFEKLIDK KYLKLPTRVN L EILRGTKI HSSFLFNSYS SLSPQSILNL KVFSQFYNWN TNKGLDIGQR GARLSLRYEP LFLHKLLHNP HSNESPTLFH EW FLETCWR STKICSQGTS APYMYSGTML SQAGDQLRTI LGHTFVLDKR DHIMCPTKGS MLKWSNELSP GKHLKTQLEL NSV KSWMND DFITFSTTIK TGYLKNLSSQ QSLPVHICDK FQSGGPSDIR GFQTFGLGPR DLYDAVGGDA FVSYGLSVFS RLPW KKVEK SNFRLHWFFN GGKLVNHDNT SLGNCIGQLS KEHSTSTGIG LVLRHPMARF ELNFTLPITA HENDLIRKGF QFGLG LAFL

UniProtKB: Sorting assembly machinery 50 kDa subunit

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分子 #2: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 37.44607 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD ...文字列:
MVSSFSVPMP VKRIFDTFPL QTYAAQTDKD EAVALEIQRR SYTFTERGGG SSELTVEGTY KLGVYNVFLE ANTGAALATD PWCLFVQLA LCQKNGLVLP THSQEQTPSH TCNHEMLVLS RLSNPDEALP ILVEGYKKRI IRSTVAISEI MRSRILDDAE Q LMYYTLLD TVLYDCWITQ IIFCASDAQF MELYSCQKLS GSIVTPLDVE NSLLQKLSAK SLKISLTKRN KFQFRHREIV KS MQGVYHN HHNSVNQEQV LNVLFENSKQ VLLGLKDMLK SDGQPTYLHL KIASYILCIT NVKEPIKLKT FVENECKELV QFA QDTLKN FVQ

UniProtKB: Sorting assembly machinery 35 kDa subunit

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分子 #3: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit

分子名称: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 37.537797 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVKGSVHLWG KDGKASLISV DSIALVWFIK LCTSEEAKSM VAGLQIVFSN NTDLSSDGKL PVLILDNGTK VSGYVNIVQF LHKNICTSK YEKGTDYEED LAIVRKKDRL LEYSLLNYVD VEISRLTDYQ LFLNTKNYNE YTKKLFSKLL YFPMWYNTPL Q LRSQAREN ...文字列:
MVKGSVHLWG KDGKASLISV DSIALVWFIK LCTSEEAKSM VAGLQIVFSN NTDLSSDGKL PVLILDNGTK VSGYVNIVQF LHKNICTSK YEKGTDYEED LAIVRKKDRL LEYSLLNYVD VEISRLTDYQ LFLNTKNYNE YTKKLFSKLL YFPMWYNTPL Q LRSQAREN CEEIIGSLTL EDDEEFVESK AMESASQLAQ SKTFKIAHKN KIKGKQELQQ VKYNLQFDNR LQSCVSNWLA AR KKLDDSV ILSSDLLFLA NLYVQLGLPD GNRIRSKLEQ TFGSELLNSM SNKIDDFVHR PSNNLEQRDP QFREQGNVVM SLY NLACKY I

UniProtKB: Sorting assembly machinery 37 kDa subunit

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分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

分子名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 42.071141 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAPTPLAEA SQIPTIPALS PLTAKQSKGN FFSSNPISSF VVDTYKQLHS HRQSLELVNP GTVENLNKEV SRDVFLSQYF FTGLRADLN KAFSMNPAFQ TSHTFSIGSQ ALPKYAFSAL FANDNLFAQG NIDNDLSVSG RLNYGWDKKN ISKVNLQISD G QPTMCQLE ...文字列:
MSAPTPLAEA SQIPTIPALS PLTAKQSKGN FFSSNPISSF VVDTYKQLHS HRQSLELVNP GTVENLNKEV SRDVFLSQYF FTGLRADLN KAFSMNPAFQ TSHTFSIGSQ ALPKYAFSAL FANDNLFAQG NIDNDLSVSG RLNYGWDKKN ISKVNLQISD G QPTMCQLE QDYQASDFSV NVKTLNPSFS EKGEFTGVAV ASFLQSVTPQ LALGLETLYS RTDGSAPGDA GVSYLTRYVS KK QDWIFSG QLQANGALIA SLWRKVAQNV EAGIETTLQA GMVPITDPLM GTPIGIQPTV EGSTTIGAKY EYRQSVYRGT LDS NGKVAC FLERKVLPTL SVLFCGEIDH FKNDTKIGCG LQFETAGNQE LLMLQQGLDA DGNPLQALPQ L

UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23542
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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