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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31955 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mouse TAPL (9mer-peptide bound) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TAPL / Peptide transporter / Lipid floppase / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type oligopeptide transporter / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-type peptide transporter activity / peptide metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / peptide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transmembrane transport / protein transport / lysosome ...ABC-type oligopeptide transporter / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-type peptide transporter activity / peptide metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / peptide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transmembrane transport / protein transport / lysosome / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Park JG / Kim S / Jang E / Choi SH / Han H / Kim JW / Ju S / Min DS / Jin MS | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: The lysosomal transporter TAPL has a dual role as peptide translocator and phosphatidylserine floppase. 著者: Jun Gyou Park / Songwon Kim / Eunhong Jang / Seung Hun Choi / Hyunsu Han / Seulgi Ju / Ji Won Kim / Da Sol Min / Mi Sun Jin / 要旨: TAPL is a lysosomal ATP-binding cassette transporter that translocates a broad spectrum of polypeptides from the cytoplasm into the lysosomal lumen. Here we report that, in addition to its well-known ...TAPL is a lysosomal ATP-binding cassette transporter that translocates a broad spectrum of polypeptides from the cytoplasm into the lysosomal lumen. Here we report that, in addition to its well-known role as a peptide translocator, TAPL exhibits an ATP-dependent phosphatidylserine floppase activity that is the possible cause of its high basal ATPase activity and of the lack of coupling between ATP hydrolysis and peptide efflux. We also present the cryo-EM structures of mouse TAPL complexed with (i) phospholipid, (ii) cholesteryl hemisuccinate (CHS) and 9-mer peptide, and (iii) ADP·BeF. The inward-facing structure reveals that F449 protrudes into the cylindrical transport pathway and divides it into a large hydrophilic central cavity and a sizable hydrophobic upper cavity. In the structure, the peptide binds to TAPL in horizontally-stretched fashion within the central cavity, while lipid molecules plug vertically into the upper cavity. Together, our results suggest that TAPL uses different mechanisms to function as a peptide translocase and a phosphatidylserine floppase. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31955.map.gz | 62.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31955-v30.xml emd-31955.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31955.png | 82.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31955.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31955 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31955 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31955_validation.pdf.gz | 454.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31955_full_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31955_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31955_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31955 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31955 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mouse TAPL (9mer-peptide bound)
全体 | 名称: Mouse TAPL (9mer-peptide bound) |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse TAPL (9mer-peptide bound)
超分子 | 名称: Mouse TAPL (9mer-peptide bound) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Mouse TAPL (9mer-peptide bound) |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: ABC-type oligopeptide transporter ABCB9
分子 | 名称: ABC-type oligopeptide transporter ABCB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type oligopeptide transporter |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 84.046805 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MRLWKAVVVT LAFVSTDVGV TTAIYAFSHL DRSLLEDIRH FNIFDSVLDL WAACLYRSCL LLGATIGVAK NSALGPRRLR ASWLVITLV CLFVGIYAMA KLLLFSEVRR PIRDPWFWAL FVWTYISLAA SFLLWGLLAT VRPDAEALEP GNEGFHGEGG A PAEQASGA ...文字列: MRLWKAVVVT LAFVSTDVGV TTAIYAFSHL DRSLLEDIRH FNIFDSVLDL WAACLYRSCL LLGATIGVAK NSALGPRRLR ASWLVITLV CLFVGIYAMA KLLLFSEVRR PIRDPWFWAL FVWTYISLAA SFLLWGLLAT VRPDAEALEP GNEGFHGEGG A PAEQASGA TLQKLLSYTK PDVAFLVAAS FFLIVAALGE TFLPYYTGRA IDSIVIQKSM DQFTTAVVVV CLLAIGSSLA AG IRGGIFT LVFARLNIRL RNCLFRSLVS QETSFFDENR TGDLISRLTS DTTMVSDLVS QNINIFLRNT VKVTGVVVFM FSL SWQLSL VTFMGFPIIM MVSNIYGKYY KRLSKEVQSA LARASTTAEE TISAMKTVRS FANEEEEAEV FLRKLQQVYK LNRK EAAAY MSYVWGSGLT LLVVQVSILY YGGHLVISGQ MSSGNLIAFI IYEFVLGDCM ESVGSVYSGL MQGVGAAEKV FEFID RQPT MVHDGSLAPD HLEGRVDFEN VTFTYRTRPH TQVLQNVSFS LSPGKVTALV GPSGSGKSSC VNILENFYPL QGGRVL LDG KPIGAYDHKY LHRVISLVSQ EPVLFARSIT DNISYGLPTV PFEMVVEAAQ KANAHGFIME LQDGYSTETG EKGAQLS GG QKQRVAMARA LVRNPPVLIL DEATSALDAE SEYLIQQAIH GNLQRHTVLI IAHRLSTVER AHLIVVLDKG RVVQQGTH Q QLLAQGGLYA KLVQRQMLGL EHPLDYTASH KEPPSNTEHK A UniProtKB: ABC-type oligopeptide transporter ABCB9 |
-分子 #2: ARG-ARG-TYR-GLN-LYS-SER-THR-GLU-LEU
分子 | 名称: ARG-ARG-TYR-GLN-LYS-SER-THR-GLU-LEU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 1.183338 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: RRYQKSTEL |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102428 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |