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- EMDB-31890: Cryo-EM structure of Chlamydomonas TOC-TIC supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31890
タイトルCryo-EM structure of Chlamydomonas TOC-TIC supercomplex
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: TOC-TIC supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast stroma / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast membrane / chloroplast organization / axoneme assembly / motile cilium / spermatid development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...protein import into chloroplast stroma / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast membrane / chloroplast organization / axoneme assembly / motile cilium / spermatid development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein transport / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / GTP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCB3/YggT / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / YGGT family / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family ...CCB3/YggT / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / YGGT family / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / J domain-containing protein / YggT family protein / YtxH domain-containing protein / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein / Protein TIC 20 / Uncharacterized protein ...AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / J domain-containing protein / YggT family protein / YtxH domain-containing protein / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein / Protein TIC 20 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized membrane protein ycf78
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu J / Yan Z / Jin Z / Zhang Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structure of a TOC-TIC supercomplex spanning two chloroplast envelope membranes.
著者: Zeyu Jin / Li Wan / Yuqi Zhang / Xuecheng Li / Yong Cao / Haobin Liu / Shengyao Fan / Du Cao / Zhengmao Wang / Xiaobo Li / Junmin Pan / Meng-Qiu Dong / Jianping Wu / Zhen Yan /
要旨: The TOC and TIC complexes are essential translocons that facilitate the import of the nuclear genome-encoded preproteins across the two envelope membranes of chloroplast, but their exact molecular ...The TOC and TIC complexes are essential translocons that facilitate the import of the nuclear genome-encoded preproteins across the two envelope membranes of chloroplast, but their exact molecular identities and assembly remain unclear. Here, we report a cryoelectron microscopy structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas, containing a total of 14 identified components. The preprotein-conducting pore of TOC is a hybrid β-barrel co-assembled by Toc120 and Toc75, while the potential translocation path of TIC is formed by transmembrane helices from Tic20 and YlmG, rather than a classic model of Tic110. A rigid intermembrane space (IMS) scaffold bridges two chloroplast membranes, and a large hydrophilic cleft on the IMS scaffold connects TOC and TIC, forming a pathway for preprotein translocation. Our study provides structural insights into the TOC-TIC supercomplex composition, assembly, and preprotein translocation mechanism, and lays a foundation to interpret the evolutionary conservation and diversity of this fundamental translocon machinery.
履歴
登録2021年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.2131057 - 12.515656
平均 (標準偏差)0.03682045 (±0.1441328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 417.40802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map1 (Overall map)

ファイルemd_31890_additional_1.map
注釈Map1 (Overall map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map4 (TIC IMS region map)

ファイルemd_31890_additional_2.map
注釈Map4 (TIC IMS region map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map2 (TOCL region map)

ファイルemd_31890_additional_3.map
注釈Map2 (TOCL region map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map3 (TOCS region map)

ファイルemd_31890_additional_4.map
注釈Map3 (TOCS region map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map (deepEMhancer)

ファイルemd_31890_additional_5.map
注釈Composite map (deepEMhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map5 (TIC YlmG map)

ファイルemd_31890_additional_6.map
注釈Map5 (TIC YlmG map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Overall map half1

ファイルemd_31890_half_map_1.map
注釈Overall map half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Overall map half2

ファイルemd_31890_half_map_2.map
注釈Overall map half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : TOC-TIC supercomplex

全体名称: TOC-TIC supercomplex
要素
  • 複合体: TOC-TIC supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Tic214
    • タンパク質・ペプチド: Toc75
    • タンパク質・ペプチド: Toc52
    • タンパク質・ペプチド: Tic13
    • タンパク質・ペプチド: Toc120
    • タンパク質・ペプチド: Toc34
    • タンパク質・ペプチド: YlmG
    • タンパク質・ペプチド: Toc39
    • タンパク質・ペプチド: Toc10
    • タンパク質・ペプチド: Tic12
    • タンパク質・ペプチド: Unknown fragment
    • タンパク質・ペプチド: Tic35
    • タンパク質・ペプチド: Tic56
    • タンパク質・ペプチド: Tic100
    • タンパク質・ペプチド: Tic20-Venus-Flag
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: TOC-TIC supercomplex

超分子名称: TOC-TIC supercomplex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Tic214

分子名称: Tic214 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 232.615688 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MITFTFMSLV TSVKDYVEIT HKLIEIEPLK NYTEFGAVFT YFIFSIGEFF KNFFSFSFLN NIWSIPIIIP DIASAMISEV SVLDGYFHN AFTFLETSVN TTTNPSLVIF EKFVIGIINS LFLILPTSTS HLITLRRFVM QGLEAGYMAG LGTLAGNFLW L ASIILGWR ...文字列:
MITFTFMSLV TSVKDYVEIT HKLIEIEPLK NYTEFGAVFT YFIFSIGEFF KNFFSFSFLN NIWSIPIIIP DIASAMISEV SVLDGYFHN AFTFLETSVN TTTNPSLVIF EKFVIGIINS LFLILPTSTS HLITLRRFVM QGLEAGYMAG LGTLAGNFLW L ASIILGWR FFVIPWLSLD IFRYLLGFVL LVKYIWDSSK ERRMALEDLS KWKIFLLNFL LALTEQSCIY PFISNLSFGP DA SILEGFP VDNYPQFLLI HGAYLLGILF GSFSLLQFTC WFWENPAFSI YLWITTKSSL KISTSSYYKI LNFTFLYATM LCA IASIPY YGLDYTITNP IGLVPQDRIL NQKKSQSDPD KLITETAFLN LNPTDKNSRI RDGVHARRER WKQRLIKYQA FDAS TYDQG VYDFLTIEDL NYGFDRFWLR RKMRNHQIRF RLFPGPWMRS LKKQLNNPAN PSLETSTKAA SGPRVEFFRI LFEQF YHPN FHDRAAMQTN PAEARNKFIS TSPLASTESK KALNSTFSLG NINNSSTGIE GLVLTNTQAT LLPTDLQTKR TIKPGL IYT NSALRKFVRN VNTRLNLKLL NSKETNLTTK YKSQFIYSKR WKSIFSKIQP LQNGTTRKSY QLFRNVAKQI LVTPDAK SL KLITINQKLS LKERKLLELR TQYNNNSTLT TTAPLTLVRP LNVYLQKEEA FKRKLRYYGT MPMRKLTVGN QAPYFKAL M KRGFYYYKPT LRWRKTLYVA SLRRGFRKKS RKQRILVMPS NQQNFNNTLD NTKTNINQNN LANPLGGNEV PMYGADGEN SLITKPTHSY TVLGKRASRY RHQIYKDVLQ HWYYTPFNRL LMKFDVDAFI NRQPKSHFLT KNEERALHIR RFLLSEHYDT LRWYTYMQH YKTMKTNIGG TKSFANRAYN QQFQGTFKKI RHLFAITPKQ GDFYTLKFDQ PLYNDNKLKD NLYFHEELLT D YYNGTNLQ TNQTSNISVN STTTFIDNSL RTTQLPVPSS SFDIVNQSST LIGLTTMQNA LRKNVVESTL TSLNSDGEAA TS QPKLNFV YSELFVKLIK ECKKRIHDQT FLKNYITHRI EKREQLNQEQ TKELNKRLEK LKVWLNSDKG SISKLQNTPV QDP NISSPD KVLTTAMQKA VNESISLSGI MPSDKIKTTY GNLTNAYTIK TENAILTKLN VINQLTNNET TTQKNTLIKS IGVN KIQTV LQTIITNFKS SLYNQTQLLR VKTDKDLQWW RTKQRVITKR KSARKRDRFK KQIAVVNKKL AALSKKVETE KSNLY QTLY GNYEISDYLL RNVPTGSSAV IDSTVLRKKQ DNQAYLPKET NNVQFNSFVD SNNNVWQTFF AKKLRKKISS KGRRYR SLS LARYLTATRK PRLVGLDNLT KIDNITTLQG AFITKEEKQD SLNLTIQRKQ ELTNSLKKSQ IKKRSRHSWK KRSRHQF SR NHYKYRKRHT HGNGKLRVMN KKLKKFKATN ELRQWWWNSF LPRYLSNLQV NNSTLTNKNV SFKPLSNTNS VPSTNMAS P TTSRNLLDNL NSSNQISTSA SMNQNIVTES VKVETNQVYL PEGEKSFDIT SMTTTLPFYA GWDESLKKFV VTNRLLSRR DAGLSVNNNP QEINFTNPPI QGLNEGSFLY WQTEMPFNSY NIDQFITTNQ SFYAPLGWRR FEFRHSILKT WVNNTKAGNN NIKKKTLII SLKNLQPLKS SQQKQNQIKT KKLVARRIKK RYKLLKQMPN QLMYSPTGPL LTEVLPSHYI SVFDQQYRLP R NRYLKRNP LKTLKKTTLL ALMDSSKQTN GVNKEF(TPO)LRK RVKPRRKYHR KRFIKKDGLI FPRRTKFNTN TTLTGNAL I TNNVNSIEED DLRWRPSSRT KQKRKDNTRS SAASKTKSNK RVKTNPLRLR QLRRREFQQV LKPLQRYIPQ NGGFTWPGD YLRLEIVEMP KLKSINIKKT SLKQKINVQP VGIMPRKYLI EKHNIKVLKK KLSQAYSTQQ LTKVVQEYKN LIQNSPPAI

+
分子 #2: Toc75

分子名称: Toc75 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 87.493242 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MQGLKATPGL RASSGRPTLR TARTALVVRA HASQPSSSNH AEQQECSSSG SGVSVNQPSA LGRLGKFGLS SALSAFVLVP NFGGFGGNG GNRGGGGGGG GGGGSGGQGQ PDGGLPLPLY ELAEESSDEK EKQQKDDKRN WKNLVTDSED LEEKPGERSG T NRCVEIVI ...文字列:
MQGLKATPGL RASSGRPTLR TARTALVVRA HASQPSSSNH AEQQECSSSG SGVSVNQPSA LGRLGKFGLS SALSAFVLVP NFGGFGGNG GNRGGGGGGG GGGGSGGQGQ PDGGLPLPLY ELAEESSDEK EKQQKDDKRN WKNLVTDSED LEEKPGERSG T NRCVEIVI EGWPDVGNLP TADELKDLLT VQEGHIFEKQ DLLDDRRKLE IQYEDYIAEV EIRTEYVDGK SNHQRVVYKF TP HQFRGIN AIDIKGAALM PASEVERICN ECLPKQPYMV DIAVMDKVRN RIEQWYQSRG LPFCYVGFFD GMDDGILRAN VTE AKIDNV SVRFVRPKLT GD(SEP)ELEY(SEP)VY DEGKVVKADK IIEASGFQRG HHYHVEDGYD AMNSIFACGL LEDINI EPE QDPSDVNKIN VKIRCEEVQP KSMELDLDWS FQLKNGIPSI NRQSLIPGGS VEVSHENLFG NSESATLSLS ASDWRNP SA DLGFSVAYSE PFYKPHTTRN AQLFNTRKTS TIFTPGGESE VPPVFVDRFG LKGWTSQITG QDNKVEHALM LQLVSTLD E NGQVVAKGTK VQRGYYADNG PPTTNSGNGR DLSLSYQGFF ALDNVRFING NQLGERMLFQ VDQGLNPSIS LPGGRKLGL SGGIYNRATA SYTKFLEAPF LPKLTTEQLW KERKAPNTVV LHAKAGNALG DVAAYDYFSL GGPYSVRGYS HGEIGAARRF LELATEVRV PLKNYGLPGT AYGFVEYATD LGSGRELNGN PTEYYRKPGR GMSYGLGLKA LGACRFEYAR DCNAGTGTFL V NFGERF

+
分子 #3: Toc52

分子名称: Toc52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 52.062594 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MADGPSPIRI VLWNDGGESL AAGVEDEEQQ QVLHSFADLV GSAIDAVLEL PQFRHVEAVT AEAEEDEPGL SIGFDAGSGD GEVDIDNLK GRLDIAGLLL GSAQLPEELA EVAAVEVTDE EEGTTELQFT DEGLVQQLQA VVKRAKLEKR YNDWVAGVAE S LGPALDAA ...文字列:
MADGPSPIRI VLWNDGGESL AAGVEDEEQQ QVLHSFADLV GSAIDAVLEL PQFRHVEAVT AEAEEDEPGL SIGFDAGSGD GEVDIDNLK GRLDIAGLLL GSAQLPEELA EVAAVEVTDE EEGTTELQFT DEGLVQQLQA VVKRAKLEKR YNDWVAGVAE S LGPALDAA AGGVEVTEMP VDPYDVLQAV VAQLIRVAGV SPPAPSLFSR TGALVGGVLG APRSAVRQVT KRLGRAQRLW WR LEDVVVD GSKLALRLAV KAARPVLVGF VLHRVLKTLD RSRQLEYRLA RMGPEEAREA YYEAVLGKDW KQQLQADWDK ALE DVDAGL V(TPO)DEINHEKR LMTAAQLRRL EVEEWDKQRM KNFYLASFGG LRWFDQMEQA LHNPLFIESR GWTDPVQNWV GQNRTYMDD LPAGQYMAGV GNAAIRIKEA ELKRKLTDVE RAHVLARGGA VAGGLLPQQP TDPATLAVAV GGAFVPSVAG K R

+
分子 #4: Tic13

分子名称: Tic13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.426158 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MSSDVQAKLS GLLGDIGVKC TLAFAGTVAA GAAIVVPSGK QVEAASLDIY GRPPSQLLPN ERRAAEFAAG HRRWKGFVDN SIYSWTRTL PGHDNPIVNP YKGPRRPQRP QQKLEEEVEA AAKQE

+
分子 #5: Toc120

分子名称: Toc120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 102.495242 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MGGGLPPKRS EVAESQPASS ASSSAAAPAP AAETAGPKLP PRPAGLGLGG AGLLPSRGAA AAPSAGSATG TPAAAASSSL QQQQQQPAP PATQPAAHAA PAAPAGLGGA GLKPMLPPRP AAAAGAGAAG AAAAKPTPAP APAAAPVPAA APPPRPAMPN P AAGMSLPP ...文字列:
MGGGLPPKRS EVAESQPASS ASSSAAAPAP AAETAGPKLP PRPAGLGLGG AGLLPSRGAA AAPSAGSATG TPAAAASSSL QQQQQQPAP PATQPAAHAA PAAPAGLGGA GLKPMLPPRP AAAAGAGAAG AAAAKPTPAP APAAAPVPAA APPPRPAMPN P AAGMSLPP RPVVAAAPPV LAAAGSDAVV DPSEDRRVQR VQRIAHDTRV RLIRAASRLG LAPRTDQVAQ FLQAIERSER MV GAQHYKG SRRVDLLAAA EREARLAEER EGAAAEAVAG LRVKILVLGM TGTGKTELIN SLLNRPAGSR TNAFREATRR VRV VRGDHN GIPLTFIDTP GLHASASRTA DNRAILRAVR AAYRWHKPDY VFYVDRLDAT RPGFGEMGLL GLITESLGAG VWRN TMAVL THAHAARTAF GGQYDVNSRQ RRNIVSQLLR QAAGDQQSRN PVFLADCHPA CPTNSLGQPV ILEGPTAVPW KQQLL VQLV GYKSYNVATS AFKDLAKAKA GKAAAGAAGG ARGPQDIFKQ MMRSRLPPMT FFVEQMSEGV LKPEGWATME TVAGLG EEV (TPO)EDEGAESFN HVYYRQMYEL AVAGDPWAQR EYAAMLRAYD KGCESYRASY EEADVDANVE YGVESYVVDP IDF GPSFDP EDMYSHRHAY AEAADAGVTV IPSQDYYGPE HDDPLNGIVF QYEAQPFSRH GWGGVPFDLT VCCEKDKTSL CLQG ETHVS LVHSVPPFGP RHITQVTGSW EVLRPNIKDV MYQLEVDTFK DGLLGKSDHA GCGLMLARLG EGGDPRKGPT AVGVR LQDT LRVGPFKLEA CASKVAVQGP TGGKEEGWGA RAFVGYDWLP GLGMAFDFIQ ERTPEEGGKR LRGYGANFTY DWEALG AAF GMEVDYVAAS ESVFVSVNAF SGNDYRLGWL LLLPAVNYFK ETVSSLWARL RGAGGGEGEE GEELEEEGEG EEGDDEE AM MMMAQEGDL

+
分子 #6: Toc34

分子名称: Toc34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 44.598613 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MAQPPRPAEE YDDDVQEDED ELKEGELDDD ESHEAASEGG EAAAGDEEAE DDEQDEEDGD EDSQPWAGLN RLPERDDMLD ILNELRAEG RKQLTVLLLG KSSVGKSSLI NSLLGEAVVR VQAFKLQADT DITTTVVRQV AVGNSEVDGF RLKLIDTCGL E DPEAGDTV ...文字列:
MAQPPRPAEE YDDDVQEDED ELKEGELDDD ESHEAASEGG EAAAGDEEAE DDEQDEEDGD EDSQPWAGLN RLPERDDMLD ILNELRAEG RKQLTVLLLG KSSVGKSSLI NSLLGEAVVR VQAFKLQADT DITTTVVRQV AVGNSEVDGF RLKLIDTCGL E DPEAGDTV NLGALSKIAE DVRGVGIDVV LYCDRLDLYR VDPLDKAIID AISSTFGRGI WRRTVVALTH ANLVQTPPGT DY DSFVNGR VRLIRGAVRG PLFFRPSLPV ALVENSETCP VSSESGFRVL PDGEPWLVAL VSQLVDMAAA RRRPYKYHPR LSS KPSHRF RWLLPVAIAA EVLFYRRFLH PRLDDNQRRV EREEERVWAL RGQQRRALGL HRPHRPDKDA AWRLEQMYDD D

+
分子 #7: YlmG

分子名称: YlmG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.425592 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MATCAAVSLA TAVFQVAAKY VNKARDAVAS ALPSPSNIDG VQQDWRQQVK ELKKHTRVLG FVLPLAKAFA AESLTSVYAR TFERAAFGF AKMYLFCLFM RVLLSWFPSI DWNSQPWAFL RLITEPYLQI YRGILPPLFG QLDFTPLFGF LILQDVVELM S PVYTLGHA ...文字列:
MATCAAVSLA TAVFQVAAKY VNKARDAVAS ALPSPSNIDG VQQDWRQQVK ELKKHTRVLG FVLPLAKAFA AESLTSVYAR TFERAAFGF AKMYLFCLFM RVLLSWFPSI DWNSQPWAFL RLITEPYLQI YRGILPPLFG QLDFTPLFGF LILQDVVELM S PVYTLGHA KDTSMFW(TPO)(TPO)(TPO) DIMCYFDGH

+
分子 #8: Toc39

分子名称: Toc39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.025082 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MGASQESELD FVPRLSFLPI EWRSIGSAFG LKDKSGAAAN GRATFTVRQG VDAAELTSTG RVIDGQADVG ASLKLNTLAI GVSASNITF HSGLDDPTAA AAQRSSLIPS LKLTAAKQFK RDNYIAVSYD LKHQKPELSA CWTGEAGADR ATLLVNVDPV M RSVKLAAA ...文字列:
MGASQESELD FVPRLSFLPI EWRSIGSAFG LKDKSGAAAN GRATFTVRQG VDAAELTSTG RVIDGQADVG ASLKLNTLAI GVSASNITF HSGLDDPTAA AAQRSSLIPS LKLTAAKQFK RDNYIAVSYD LKHQKPELSA CWTGEAGADR ATLLVNVDPV M RSVKLAAA VRTPGPEWRK VLYNDETDLL EYPADDGARH TLYVQHEVRG RDLLHATRLG CRLDLGRLVN YVVDFVDYRI EE NIPSFVW NVPLLPQLYS LLVPADNDEQ VRHRITGWEL DVSHDFARSG LLPVVAISKT SKKLLGGGTL TASYDAAARE AGV SLSRKG VSVGARVARA EGAAGGLSAG WGRPSIHVAV EPLGLLQ

+
分子 #9: Toc10

分子名称: Toc10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.569109 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MKLVKTVSKL AGAAVGMLPA GQAGLAVKVA LGVAFAFWWT SGPGADEEMD AKAQQEPDRR SQYTRHYAFK GRGRKEFLRS DMKNDANEL VPTRGAAGL

+
分子 #10: Tic12

分子名称: Tic12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.662776 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MDEEPPFNLA LNVYKGPASI PHASAEVFGA FFLATNTALL AHMFPGKLFG SELHVRKWDP DYLASCCNEQ GMRREALSGK KPNLWLLGG GPRLVNDSWE RMWWNNLHWK RWKVPRTGPA FPQDMYWQ

+
分子 #11: Unknown fragment

分子名称: Unknown fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 2.188521 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
KFIFWAAMVY ATLYGNYE

+
分子 #12: Tic35

分子名称: Tic35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 35.63302 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MQLGQLRQPL RACQDQRLTR GVPLARRQLV VVSNWNPLGG KGGGNSKDKE DAARRALEQS LGQKKFGADA SKKTPAAKPA EPSKPAGED ASKNPLQNLF GGGGPKPPAG GGGGGGGDGG GGFFSGGNAE QPGGEEPIQD ELLKLLRGGW VLLSNLALFL V FSSFLHRS ...文字列:
MQLGQLRQPL RACQDQRLTR GVPLARRQLV VVSNWNPLGG KGGGNSKDKE DAARRALEQS LGQKKFGADA SKKTPAAKPA EPSKPAGED ASKNPLQNLF GGGGPKPPAG GGGGGGGDGG GGFFSGGNAE QPGGEEPIQD ELLKLLRGGW VLLSNLALFL V FSSFLHRS LNWFVQTELL VAVGAPQQAG ERVVGKFFEA IEWVERNILG WKLPGDEEAE DATSKVYEVL QNYTPAEAAY SF AQLKYKD LTHKERELFH KAYALRHFER RDGRPGDVDA AELQAVKDRL DPLEADRRAY AAAKAAGRLD EYWAAPGREA TYQ RIVGAP RIA

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分子 #13: Tic56

分子名称: Tic56 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.046527 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MSEPGAGPSD GQVVTRKIRL HKVMRPLDES SPSSQEQHMD RRLAEILPAI ADLPVPGPSG AGGSPADARA VEMRRLRGTQ QELAQMEAM ELATLFDMSK PHPLDNAAPA TPWKGELRPV PRKIVLSPYQ YEMINYQRML MRKNIWYYRD RMNVPRGPCP L HVVKEAWV ...文字列:
MSEPGAGPSD GQVVTRKIRL HKVMRPLDES SPSSQEQHMD RRLAEILPAI ADLPVPGPSG AGGSPADARA VEMRRLRGTQ QELAQMEAM ELATLFDMSK PHPLDNAAPA TPWKGELRPV PRKIVLSPYQ YEMINYQRML MRKNIWYYRD RMNVPRGPCP L HVVKEAWV SGIVDENTLF WGHGLYDWLP AKNIKLLLPM VRTPEVRFAT WIKRTFSLKP SLNRIREQRK EHRDPQEASL QV ELMR

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分子 #14: Tic100

分子名称: Tic100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 107.337312 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MASKKGTDAP AALTDPLKED PTVIRDEAQF PEPSLYFKVF E(SEP)EAGEPEAK IRADVNKLYD RWIEKYGRRW PEDGIN (TPO)ED MVWLAEEANK RKRAKPRPRG TVAAEKTEYE DEFMPDPTVG APVSAADAAK AARRAKKDRK KKKAAGGAEQ PAG PRTNYE ...文字列:
MASKKGTDAP AALTDPLKED PTVIRDEAQF PEPSLYFKVF E(SEP)EAGEPEAK IRADVNKLYD RWIEKYGRRW PEDGIN (TPO)ED MVWLAEEANK RKRAKPRPRG TVAAEKTEYE DEFMPDPTVG APVSAADAAK AARRAKKDRK KKKAAGGAEQ PAG PRTNYE KTVAGGKWV(TPO) DEFE(SEP)ADYEA GNLEKLWDMY LWDREGKPTM MPDTPAAQQE GEE(SEP)EDFDDF YT AYRPRDV D(SEP)EEAREAVW A(TPO)DEFE(SEP)DED N(TPO)E(SEP)EWAPEY VGAGLGLVAE DPLNPQYSLR HSN HPLAPF PGEPLKWASY VYPDFTTFEG LSKQSIPHGM GVMTFGTGTG AGFAMSQTRY GDKYEGEFQA GYAHGLGQFT SEAS GEVYI GEFFAGQRHG CGMTLDMKPY FYLLERGVDP VEAYRRTAGA IMKNVEVRTW YRGNKLGDAK EDEVVEINVL KDELD DPFE IALRNSLHDA KLRKWKAMSP QDKAMDRIVS IIERVQRRNP GRFGAYYRED EKGRVRPVLD (SEP)DGAD(TPO)DF D (SEP)VDMIQGVD(TPO) DGDLGPGWEG ATD(SEP)EENPMD PRIRELMAAE GMDDKLEDEG FKDTVLGSAI INPYTGL DM KTYLDGKERH QAELVSVYKA SREGRKYLNK VRKDKGGAAK DDESSYVEDD AASGHPGALL SREAEDDRLA RLYEQAGV S KEDERRVEGL AARWRRLLAA DEEEVLGGAV GAFRRPGNPL AAND(SEP)D(TPO)GFE (TPO)E(SEP)DMMEMCD IPE ILGTVQ EARQIVERAR MWRFKPYGEV GLRMAQDANG SPVSLMQEPL HYPHGTKFMA PGPLGLCHAV PDDPSLRQEM AKVA HNYAA IYRMYNFDWD PEPGTVQYKI DQRIRRAQEL RNNAMARYLA AADEVLRDGA APAGEGDQAL LLASTSTGAP EAFDG QGNA SGSGSSSALS SRGGSMFASM TLSRPAPMAG VVSLGRAARV VLGAFADAAK SVPMARPRLA RPSGRRQ

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分子 #15: Tic20-Venus-Flag

分子名称: Tic20-Venus-Flag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 60.260367 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MSALLSQASG FSGLALGSSA SSKRLCKPLC RRPAVCVQAA HRPASAVSSG VPSTGFGPVS PLQRRPTLPT RKLVVASSQS GGRAEDAEK QDWKFGRNEG PMTWPWKLMC AILYMLPWVD VTEKTVYFVE RFPAFVWTEY FSEPFEHWYN IHEYAPLFIF F ATYLGIVR ...文字列:
MSALLSQASG FSGLALGSSA SSKRLCKPLC RRPAVCVQAA HRPASAVSSG VPSTGFGPVS PLQRRPTLPT RKLVVASSQS GGRAEDAEK QDWKFGRNEG PMTWPWKLMC AILYMLPWVD VTEKTVYFVE RFPAFVWTEY FSEPFEHWYN IHEYAPLFIF F ATYLGIVR NKKIPHVARY HVMMGVMLDI VAMILIVTEE NLPTGVLWTP WSDLFYALMF WFIFLLVIYC LFFCFLGWYC EI PLISEGV YLQIEQAEQL GQNGDLGGSG GRMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGDA TYGKLTLKLI CTT GKLPVP WPTLVTTLGY GLQCFARYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDF KEDGN ILGHKLEYNY NSHNVYITAD KQKNGIKANF KIRHNIEDGG VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSYQS ALSKD PNEK RDHMVLLEFV TAAGITLGMD ELYKDYKDDD DKDYKDDDDK DYKDDDDK

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分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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分子 #17: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #19: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 82000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.0) / 使用した粒子像数: 595638
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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