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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31802 | ||||||||||||
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タイトル | LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / ABC transporter / lipoprotein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space ...lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bei WW / Luo QS / Shi HG | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of LolCDE reveal the molecular mechanism of bacterial lipoprotein sorting in Escherichia coli. 著者: Weiwei Bei / Qingshan Luo / Huigang Shi / Haizhen Zhou / Min Zhou / Xinzheng Zhang / Yihua Huang / 要旨: Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer ...Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer membrane (OM) via the localization of lipoproteins (Lol) export pathway. The ATP-binding cassette (ABC) transporter LolCDE initiates the Lol pathway by selectively extracting and transporting lipoproteins for trafficking. Here, we report cryo-EM structures of LolCDE in apo, lipoprotein-bound, and AMPPNP-bound states at a resolution of 3.5 to 4.2 Å. Structure-based disulfide crosslinking, photo-crosslinking, and functional complementation assay verify the apo-state structure and reveal the molecular details regarding substrate selectivity and substrate entry route. Our studies snapshot 3 functional states of LolCDE in a transport cycle, providing deep insights into the mechanisms that underlie LolCDE-mediated lipoprotein sorting in E. coli. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31802.map.gz | 33 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31802-v30.xml emd-31802.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31802_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31802.png | 113.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31802.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31802 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31802 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31802_validation.pdf.gz | 557.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31802_full_validation.pdf.gz | 556.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31802_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31802_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31802 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31802 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs
全体 | 名称: LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs |
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要素 |
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-超分子 #1: LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs
超分子 | 名称: LolCD(E171Q)E with bound AMPPNP in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
分子 | 名称: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 43.295516 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYQPVALFIG LRYMRGRAAD RFGRFVSWLS TIGITLGVMA LVTVLSVMNG FERELQNNIL GLMPQAILSS EHGSLNPQQL PETAVKLDG VNRVAPITTG DVVLQSARSV AVGVMLGIDP AQKDPLTPYL VNVKQTDLEP GKYNVILGEQ LASQLGVNRG D QIRVMVPS ...文字列: MYQPVALFIG LRYMRGRAAD RFGRFVSWLS TIGITLGVMA LVTVLSVMNG FERELQNNIL GLMPQAILSS EHGSLNPQQL PETAVKLDG VNRVAPITTG DVVLQSARSV AVGVMLGIDP AQKDPLTPYL VNVKQTDLEP GKYNVILGEQ LASQLGVNRG D QIRVMVPS ASQFTPMGRI PSQRLFNVIG TFAANSEVDG YEMLVNIEDA SRLMRYPAGN ITGWRLWLDE PLKVDSLSQQ KL PEGSKWQ DWRDRKGELF QAVRMEKNMM GLLLSLIVAV AAFNIITSLG LMVMEKQGEV AILQTQGLTP RQIMMVFMVQ GAS AGIIGA ILGAALGALL ASQLNNLMPI IGVLLDGAAL PVAIEPLQVI VIALVAMAIA LLSTLYPSWR AAATQPAEAL RYE UniProtKB: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC |
-分子 #2: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
分子 | 名称: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 25.470307 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNKILLQCDN LCKRYQEGSV QTDVLHNVSF SVGEGEMMAI VGSSGSGKST LLHLLGGLDT PTSGDVIFNG QPMSKLSSAA KAELRNQKL GFIYQFHHLL PDFTALENVA MPLLIGKKKP AEINSRALEM LKAVGLDHRA NHRPSELSGG ERQRVAIARA L VNNPRLVL ...文字列: MNKILLQCDN LCKRYQEGSV QTDVLHNVSF SVGEGEMMAI VGSSGSGKST LLHLLGGLDT PTSGDVIFNG QPMSKLSSAA KAELRNQKL GFIYQFHHLL PDFTALENVA MPLLIGKKKP AEINSRALEM LKAVGLDHRA NHRPSELSGG ERQRVAIARA L VNNPRLVL ADQPTGNLDA RNADSIFQLL GELNRLQGTA FLVVTHDLQL AKRMSRQLEM RDGRLTAELS LMGAE UniProtKB: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD |
-分子 #3: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
分子 | 名称: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 45.385977 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAMPLSLLIG LRFSRGRRRG GMVSLISVIS TIGIALGVAV LIVGLSAMNG FERELNNRIL AVVPHGEIEA VDQPWTNWQE ALDHVQKVP GIAAAAPYIN FTGLVESGAN LRAIQVKGVN PQQEQRLSAL PSFVQGDAWR NFKAGEQQII IGKGVADALK V KQGDWVSI ...文字列: MAMPLSLLIG LRFSRGRRRG GMVSLISVIS TIGIALGVAV LIVGLSAMNG FERELNNRIL AVVPHGEIEA VDQPWTNWQE ALDHVQKVP GIAAAAPYIN FTGLVESGAN LRAIQVKGVN PQQEQRLSAL PSFVQGDAWR NFKAGEQQII IGKGVADALK V KQGDWVSI MIPNSNPEHK LMQPKRVRLH VAGILQLSGQ LDHSFAMIPL ADAQQYLDMG SSVSGIALKM TDVFNANKLV RD AGEVTNS YVYIKSWIGT YGYMYRDIQM IRAIMYLAMV LVIGVACFNI VSTLVMAVKD KSGDIAVLRT LGAKDGLIRA IFV WYGLLA GLFGSLCGVI IGVVVSLQLT PIIEWIEKLI GHQFLSSDIY FIDFLPSELH WLDVFYVLVT ALLLSLLASW YPAR RASNI DPARVLSGQ UniProtKB: Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ChemComp-ANP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |