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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31766 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / V(D)J recombination / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell ...: / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / V(D)J recombination / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / isotype switching / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / uracil DNA N-glycosylase activity / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / ribosomal small subunit binding / viral release from host cell / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / positive regulation of viral genome replication / monoatomic ion transport / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / B cell differentiation / post-translational protein modification / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / virion component / nuclear estrogen receptor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / cell cycle / base-excision repair / protein homooligomerization / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / fibrillar center / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host extracellular space / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / DNA repair / protein serine kinase activity / DNA-templated transcription / DNA damage response / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang D / Xu J / Liu Q / Xiang Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into the HIV-1 Vpr mediated ubiquitination through the Cullin-RING E3 ubiquitin ligase 著者: Wang D / Xu J / Liu Q / Xiang Y | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31766.map.gz | 111.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31766-v30.xml emd-31766.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31766.png | 118.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31766 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31766 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v7cMC 7v7bC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
全体 | 名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex |
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要素 |
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-超分子 #1: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
超分子 | 名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 0.66 kDa/nm |
-分子 #1: DDB1- and CUL4-associated factor 1
分子 | 名称: DDB1- and CUL4-associated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 169.194781 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYR KGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALV NAYVMTSREP PLNTAACRLL LDIMPGLETA VVFQEKEGIV ENLFKWAREA DQPLRTYSTG LLGGAMENQD I AANYRDEN ...文字列: MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYR KGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALV NAYVMTSREP PLNTAACRLL LDIMPGLETA VVFQEKEGIV ENLFKWAREA DQPLRTYSTG LLGGAMENQD I AANYRDEN SQLVAIVLRR LRELQLQEVA LRQENKRPSP RKLSSEPLLP LDEEAVDMDY GDMAVDVVDG DQEEASGDME IS FHLDSGH KTSSRVNSTT KPEDGGLKKN KSAKQGDREN FRKAKQKLGF SSSDPDRMFV ELSNSSWSEM SPWVIGTNYT LYP MTPAIE QRLILQYLTP LGEYQELLPI FMQLGSRELM MFYIDLKQTN DVLLTFEALK HLASLLLHNK FATEFVAHGG VQKL LEIPR PSMAATGVSM CLYYLSYNQD AMERVCMHPH NVLSDVVNYT LWLMECSHAS GCCHATMFFS ICFSFRAVLE LFDRY DGLR RLVNLISTLE ILNLEDQGAL LSDDEIFASR QTGKHTCMAL RKYFEAHLAI KLEQVKQSLQ RTEGGILVHP QPPYKA CSY THEQIVEMME FLIEYGPAQL YWEPAEVFLK LSCVQLLLQL ISIACNWKTY YARNDTVRFA LDVLAILTVV PKIQLQL AE SVDVLDEAGS TVSTVGISII LGVAEGEFFI HDAEIQKSAL QIIINCVCGP DNRISSIGKF ISGTPRRKLP QNPKSSEH T LAKMWNVVQS NNGIKVLLSL LSIKMPITDA DQIRALACKA LVGLSRSSTV RQIISKLPLF SSCQIQQLMK EPVLQDKRS DHVKFCKYAA ELIERVSGKP LLIGTDVSLA RLQKADVVAQ SRISFPEKEL LLLIRNHLIS KGLGETATVL TKEADLPMTA ASHSSAFTP VTAAASPVSL PRTPRIANGI ATRLGSHAAV GASAPSAPTA HPQPRPPQGP LALPGPSYAG NSPLIGRISF I RERPSPCN GRKIRVLRQK SDHGAYSQSP AIKKQLDRHL PSPPTLDSII TEYLREQHAR CKNPVATCPP FSLFTPHQCP EP KQRRQAP INFTSRLNRR ASFPKYGGVD GGCFDRHLIF SRFRPISVFR EANEDESGFT CCAFSARERF LMLGTCTGQL KLY NVFSGQ EEASYNCHNS AITHLEPSRD GSLLLTSATW SQPLSALWGM KSVFDMKHSF TEDHYVEFSK HSQDRVIGTK GDIA HIYDI QTGNKLLTLF NPDLANNYKR NCATFNPTDD LVLNDGVLWD VRSAQAIHKF DKFNMNISGV FHPNGLEVII NTEIW DLRT FHLLHTVPAL DQCRVVFNHT GTVMYGAMLQ ADDEDDLMEE RMKSPFGSSF RTFNATDYKP IATIDVKRNI FDLCTD TKD CYLAVIENQG SMDALNMDTV CRLYEVGRQR LAEDEDEEED QEEEEQEEED DDEDDDDTDD LDELDTDQLL EAELEED DN NENAGEDGDN DFSPSDEELA NLLEEGEDGE DEDSDADEEV ELILGDTDSS DNSDLEDDII LSLNE |
-分子 #2: DNA damage-binding protein 1
分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 127.097469 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH |
-分子 #3: Protein Vpr
分子 | 名称: Protein Vpr / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 11.396878 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEQAPEDQGP QREPYNEWTL ELLEELKSEA VRHFPRIWLH NLGQHIYETY GDTWAGVEAI IRILQQLLFI HFRIGCRHSR IGVTRQRRA RNGASRS |
-分子 #4: Uracil-DNA glycosylase
分子 | 名称: Uracil-DNA glycosylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.136654 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: FGESWKKHLS GEFGKPYFIK LMGFVAEERK HYTVYPPPHQ VFTWTQMCDI KDVKVVILGQ DPYHGPNQAH GLCFSVQRPV PPPPSLENI YKELSTDIED FVHPGHGDLS GWAKQGVLLL NAVLTVRAHQ ANSHKERGWE QFTDAVVSWL NQNSNGLVFL L WGSYAQKK ...文字列: FGESWKKHLS GEFGKPYFIK LMGFVAEERK HYTVYPPPHQ VFTWTQMCDI KDVKVVILGQ DPYHGPNQAH GLCFSVQRPV PPPPSLENI YKELSTDIED FVHPGHGDLS GWAKQGVLLL NAVLTVRAHQ ANSHKERGWE QFTDAVVSWL NQNSNGLVFL L WGSYAQKK GSAIDRKRHH VLQTAHPSPL SVYRGFFGCR HFSKTNELLQ KSGKKPIDWK EL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 145568 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7v7c: |