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- EMDB-31766: CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31766
タイトルCryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein Vpr
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J recombination ...: / histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J recombination / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / isotype switching / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / uracil DNA N-glycosylase activity / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / ribosomal small subunit binding / viral release from host cell / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of viral genome replication / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / monoatomic ion transport / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / B cell differentiation / post-translational protein modification / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / virion component / nuclear estrogen receptor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / base-excision repair / protein homooligomerization / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host extracellular space / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / cell cycle / phosphorylation / DNA repair / protein serine kinase activity / DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / host cell nucleus / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Lissencephaly type-1-like homology motif / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like ...Retroviral VpR/VpX protein / VPR/VPX protein / VPRBP/DCAF1 family / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Lissencephaly type-1-like homology motif / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Vpr / Uracil-DNA glycosylase / DNA damage-binding protein 1 / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang D / Xu J / Liu Q / Xiang Y
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925023 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21827810 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31861143027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470721 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the HIV-1 Vpr mediated ubiquitination through the Cullin-RING E3 ubiquitin ligase
著者: Wang D / Xu J / Liu Q / Xiang Y
履歴
登録2021年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31766.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.039512962 - 2.0156863
平均 (標準偏差)0.002345064 (±0.034470778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 343.74402 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex

全体名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
要素
  • 複合体: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex
    • タンパク質・ペプチド: DDB1- and CUL4-associated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein Vpr
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase

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超分子 #1: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex

超分子名称: DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 0.66 kDa/nm

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分子 #1: DDB1- and CUL4-associated factor 1

分子名称: DDB1- and CUL4-associated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 169.194781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYR KGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALV NAYVMTSREP PLNTAACRLL LDIMPGLETA VVFQEKEGIV ENLFKWAREA DQPLRTYSTG LLGGAMENQD I AANYRDEN ...文字列:
MTTVVVHVDS KAELTTLLEQ WEKEHGSGQD MVPILTRMSQ LIEKETEEYR KGDPDPFDDR HPGRADPECM LGHLLRILFK NDDFMNALV NAYVMTSREP PLNTAACRLL LDIMPGLETA VVFQEKEGIV ENLFKWAREA DQPLRTYSTG LLGGAMENQD I AANYRDEN SQLVAIVLRR LRELQLQEVA LRQENKRPSP RKLSSEPLLP LDEEAVDMDY GDMAVDVVDG DQEEASGDME IS FHLDSGH KTSSRVNSTT KPEDGGLKKN KSAKQGDREN FRKAKQKLGF SSSDPDRMFV ELSNSSWSEM SPWVIGTNYT LYP MTPAIE QRLILQYLTP LGEYQELLPI FMQLGSRELM MFYIDLKQTN DVLLTFEALK HLASLLLHNK FATEFVAHGG VQKL LEIPR PSMAATGVSM CLYYLSYNQD AMERVCMHPH NVLSDVVNYT LWLMECSHAS GCCHATMFFS ICFSFRAVLE LFDRY DGLR RLVNLISTLE ILNLEDQGAL LSDDEIFASR QTGKHTCMAL RKYFEAHLAI KLEQVKQSLQ RTEGGILVHP QPPYKA CSY THEQIVEMME FLIEYGPAQL YWEPAEVFLK LSCVQLLLQL ISIACNWKTY YARNDTVRFA LDVLAILTVV PKIQLQL AE SVDVLDEAGS TVSTVGISII LGVAEGEFFI HDAEIQKSAL QIIINCVCGP DNRISSIGKF ISGTPRRKLP QNPKSSEH T LAKMWNVVQS NNGIKVLLSL LSIKMPITDA DQIRALACKA LVGLSRSSTV RQIISKLPLF SSCQIQQLMK EPVLQDKRS DHVKFCKYAA ELIERVSGKP LLIGTDVSLA RLQKADVVAQ SRISFPEKEL LLLIRNHLIS KGLGETATVL TKEADLPMTA ASHSSAFTP VTAAASPVSL PRTPRIANGI ATRLGSHAAV GASAPSAPTA HPQPRPPQGP LALPGPSYAG NSPLIGRISF I RERPSPCN GRKIRVLRQK SDHGAYSQSP AIKKQLDRHL PSPPTLDSII TEYLREQHAR CKNPVATCPP FSLFTPHQCP EP KQRRQAP INFTSRLNRR ASFPKYGGVD GGCFDRHLIF SRFRPISVFR EANEDESGFT CCAFSARERF LMLGTCTGQL KLY NVFSGQ EEASYNCHNS AITHLEPSRD GSLLLTSATW SQPLSALWGM KSVFDMKHSF TEDHYVEFSK HSQDRVIGTK GDIA HIYDI QTGNKLLTLF NPDLANNYKR NCATFNPTDD LVLNDGVLWD VRSAQAIHKF DKFNMNISGV FHPNGLEVII NTEIW DLRT FHLLHTVPAL DQCRVVFNHT GTVMYGAMLQ ADDEDDLMEE RMKSPFGSSF RTFNATDYKP IATIDVKRNI FDLCTD TKD CYLAVIENQG SMDALNMDTV CRLYEVGRQR LAEDEDEEED QEEEEQEEED DDEDDDDTDD LDELDTDQLL EAELEED DN NENAGEDGDN DFSPSDEELA NLLEEGEDGE DEDSDADEEV ELILGDTDSS DNSDLEDDII LSLNE

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分子 #2: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.097469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACIL EYKQSGESID IITRAHGNVQ DRIGRPSETG IIGIIDPECR MIGLRLYDGL FKVIPLDRDN KELKAFNIRL E ELHVIDVK FLYGCQAPTI CFVYQDPQGR HVKTYEVSLR EKEFNKGPWK QENVEAEASM VIAVPEPFGG AIIIGQESIT YH NGDKYLA IAPPIIKQST IVCHNRVDPN GSRYLLGDME GRLFMLLLEK EEQMDGTVTL KDLRVELLGE TSIAECLTYL DNG VVFVGS RLGDSQLVKL NVDSNEQGSY VVAMETFTNL GPIVDMCVVD LERQGQGQLV TCSGAFKEGS LRIIRNGIGI HEHA SIDLP GIKGLWPLRS DPNRETDDTL VLSFVGQTRV LMLNGEEVEE TELMGFVDDQ QTFFCGNVAH QQLIQITSAS VRLVS QEPK ALVSEWKEPQ AKNISVASCN SSQVVVAVGR ALYYLQIHPQ ELRQISHTEM EHEVACLDIT PLGDSNGLSP LCAIGL WTD ISARILKLPS FELLHKEMLG GEIIPRSILM TTFESSHYLL CALGDGALFY FGLNIETGLL SDRKKVTLGT QPTVLRT FR SLSTTNVFAC SDRPTVIYSS NHKLVFSNVN LKEVNYMCPL NSDGYPDSLA LANNSTLTIG TIDEIQKLHI RTVPLYES P RKICYQEVSQ CFGVLSSRIE VQDTSGGTTA LRPSASTQAL SSSVSSSKLF SSSTAPHETS FGEEVEVHNL LIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVR LYEWTTEKEL RTECNHYNNI MALYLKTKGD FILVGDLMRS VLLLAYKPME GNFEEIARDF NPNWMSAVEI L DDDNFLGA ENAFNLFVCQ KDSAATTDEE RQHLQEVGLF HLGEFVNVFC HGSLVMQNLG ETSTPTQGSV LFGTVNGMIG LV TSLSESW YNLLLDMQNR LNKVIKSVGK IEHSFWRSFH TERKTEPATG FIDGDLIESF LDISRPKMQE VVANLQYDDG SGM KREATA DDLIKVVEEL TRIH

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分子 #3: Protein Vpr

分子名称: Protein Vpr / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 11.396878 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEQAPEDQGP QREPYNEWTL ELLEELKSEA VRHFPRIWLH NLGQHIYETY GDTWAGVEAI IRILQQLLFI HFRIGCRHSR IGVTRQRRA RNGASRS

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分子 #4: Uracil-DNA glycosylase

分子名称: Uracil-DNA glycosylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.136654 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FGESWKKHLS GEFGKPYFIK LMGFVAEERK HYTVYPPPHQ VFTWTQMCDI KDVKVVILGQ DPYHGPNQAH GLCFSVQRPV PPPPSLENI YKELSTDIED FVHPGHGDLS GWAKQGVLLL NAVLTVRAHQ ANSHKERGWE QFTDAVVSWL NQNSNGLVFL L WGSYAQKK ...文字列:
FGESWKKHLS GEFGKPYFIK LMGFVAEERK HYTVYPPPHQ VFTWTQMCDI KDVKVVILGQ DPYHGPNQAH GLCFSVQRPV PPPPSLENI YKELSTDIED FVHPGHGDLS GWAKQGVLLL NAVLTVRAHQ ANSHKERGWE QFTDAVVSWL NQNSNGLVFL L WGSYAQKK GSAIDRKRHH VLQTAHPSPL SVYRGFFGCR HFSKTNELLQ KSGKKPIDWK EL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 145568
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7v7c:
CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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