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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31612 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PRV A-capid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 | Cryo-EM structure of PRV A-capsid != Suid alphaherpesvirus 1 Cryo-EM structure of PRV A-capsid
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng Q / Li S / Zha Z / Sun H | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures of pseudorabies virus capsids. 著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / ...著者: Guosong Wang / Zhenghui Zha / Pengfei Huang / Hui Sun / Yang Huang / Maozhou He / Tian Chen / Lina Lin / Zhenqin Chen / Zhibo Kong / Yuqiong Que / Tingting Li / Ying Gu / Hai Yu / Jun Zhang / Qingbing Zheng / Yixin Chen / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral ...Pseudorabies virus (PRV) is a major etiological agent of swine infectious diseases and is responsible for significant economic losses in the swine industry. Recent data points to human viral encephalitis caused by PRV infection, suggesting that PRV may be able to overcome the species barrier to infect humans. To date, there is no available therapeutic for PRV infection. Here, we report the near-atomic structures of the PRV A-capsid and C-capsid, and illustrate the interaction that occurs between these subunits. We show that the C-capsid portal complex is decorated with capsid-associated tegument complexes. The PRV capsid structure is highly reminiscent of other α-herpesviruses, with some additional structural features of β- and γ-herpesviruses. These results illustrate the structure of the PRV capsid and elucidate the underlying assembly mechanism at the molecular level. This knowledge may be useful for the development of oncolytic agents or specific therapeutics against this arm of the herpesvirus family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31612.map.gz | 7.2 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31612-v30.xml emd-31612.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31612.png | 34.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31612 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31612_validation.pdf.gz | 675.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31612_full_validation.pdf.gz | 675 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31612_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31612_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31612 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7fj3MC 7fj1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.117 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of PRV A-capsid
全体 | 名称: Cryo-EM structure of PRV A-capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Suid alphaherpesvirus 1
超分子 | 名称: Suid alphaherpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10345 / 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 146.101984 KDa |
配列 | 文字列: MERPAILPSG QILSNIEVHS HRALFDIFKR FRSDDNNLYG AEFDALLGTY CSTLSLVRFL ELGLSVACVC TKFPELSYVA EGTIQFEVQ QPMIARDGPH PADQPVHNYM IKRLDRRSLN AAFSIAVEAL GLISGENLDG THISSAMRLR AIQQLARNVQ A VLDSFERG ...文字列: MERPAILPSG QILSNIEVHS HRALFDIFKR FRSDDNNLYG AEFDALLGTY CSTLSLVRFL ELGLSVACVC TKFPELSYVA EGTIQFEVQ QPMIARDGPH PADQPVHNYM IKRLDRRSLN AAFSIAVEAL GLISGENLDG THISSAMRLR AIQQLARNVQ A VLDSFERG TADQMLRVLM EKAPPLSLLA PFTLYEGRLA DRVACAALVS ELKRRVRDDT FFLTKHERNK DAVLDRLSDL VN CTAPSVA VARMTHADTQ GRPVDGVLVT TAGVRQRLLH HVLTLADTHA DVPVTYGEMV IANTNLVTAL VMGKAVSNMD DVA RYLLGG EPAPDDGKPV GSARVRADLV VVGDRLVFLE ALEKRVYQAT QVPYPLVGNL DVTFVMPLGV FKPAADRYAR HAGS FAPTP GLPDPRTHPP RAVHFFNKDG VPCHVTFEHA MGTLCHPSFL DVDATLAALR QEPAEVQCAF GAYVADARPD ALVGL MQRF LEEWPGMMPV RPRWAAPAAA DQLLAPGNAD LRLELHPAFD FFVAPEVDVP GPFAVPQVMG QVRAMPRIIN GNIPLA LCP VDFRDARGFE LSVDRHRLAP ATVAAVRGAF RDANYPMVFY IIEAVIHGSE RTFCALARLV AQCIQSYWRN THNAAFV NN FYMVMYINTY LGNGELPEDC AAVYKDLLEH VHALRRLIGE FTLPGDPLGN QPQEELNHAL ADATLLPPLI WDCDPILY R DGLAERLPEL RVNGAHFQHI LWVEMAQVNF RNVGGGLVHN RPVRNENQPL HPHHDAEWSV LSKIYYYAVV PAFSRGNCC TMGVRYDRVY QLVQTMVVPE TDEEVGTDDP RHPLHPRNLV PNSLNVLFHN ACVAVDADAM LILQETVTNM AERTTPLLAS VAPDAGMAT VATRDMRTHD GSLHHGLLMM AYQPNDATLL EGAFFYPAPV NALFACADHL GAMRDVGAEV RAAAQHVPCV P HFLGANYY ATVRQPVAQH AAQSRADENT LSYALMAGYF KMSPVAFTHQ LRRQLHPGFA LTVVRQDRFA TENVLFAEKA SE SYFMGQM QVARTESGGG LHLQLTQPRA NVDLGVGFTA AYAAAALRAP VTDMGNLPQN LFATRGAPPM LDADADDYLR RTV NAGNRL APVPVFGQML PQVPAGLARG QQSVCEFIAT PVSVDLAYFR RACNPRGRAA GEVHGEEGLM FDHSHADPAH PHRA TANPW ASQRHSYADR LYNGQYNMSG PAYSPCFKFF TPAEAVAKSR GLARLIADTG AAASPTSNGE YQFKRPVGAG ELVED PCAL FQEAYPPLCA SDSALLRTPL GAEEHFAQYL IRDESPLKGC FQHASA |
-分子 #2: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.763766 KDa |
配列 | 文字列: MEVDIALPTL SPGDLSALQR CEGRVVFLET LRRHATLREV ALPCGGDVLA AMAAYRRRFA AVITRVTPHR MLATPLGVGG RGQSLVLQN TGPFDLTNGD HVCLVPPLLG DECLRLTSAN LELRFPMTLP LAQARELTAR VVARAAETLR GGAPARGADV V FSNGRRYQ ...文字列: MEVDIALPTL SPGDLSALQR CEGRVVFLET LRRHATLREV ALPCGGDVLA AMAAYRRRFA AVITRVTPHR MLATPLGVGG RGQSLVLQN TGPFDLTNGD HVCLVPPLLG DECLRLTSAN LELRFPMTLP LAQARELTAR VVARAAETLR GGAPARGADV V FSNGRRYQ LPPPHRDNAE AATRSLVLNM IFLLNEGAVI LLSLIPNLLT LGAQDGYANA VIQLGSATRE LGQLVRQPPP PL PQDHARR FCVFEALEAW IASASRLGDT LGTRPVARVC IFDGPPTVPP GEKAAVVEV |
-分子 #3: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 40.008594 KDa |
配列 | 文字列: MSVQIGNGLL MVVAPGTLTV GSARARLIRQ VTLADFCEPQ AERPGLVVLA LRHPADLAGA AYAATPPGKN HRDLEEAWLA LDEGGRGLG GDGIRASVVS LNFLVAAAEN ADDALRAHVT TNYRDRRTAA RLERFATVLR AMIRSHVFPH RALHVLGGLL G HVTQDRLA ...文字列: MSVQIGNGLL MVVAPGTLTV GSARARLIRQ VTLADFCEPQ AERPGLVVLA LRHPADLAGA AYAATPPGKN HRDLEEAWLA LDEGGRGLG GDGIRASVVS LNFLVAAAEN ADDALRAHVT TNYRDRRTAA RLERFATVLR AMIRSHVFPH RALHVLGGLL G HVTQDRLA SVTCVARGDQ EAARTNDMAA RRSQVHVPAC ALMDVDRELR LGGDDGLRFA YLVFVYTQRH RREALRVHVA VS RLPELGD ALSFLLAGTR VDNAIHGTDE ADAPAAPAAA AAFPAYLFND PRSARCPTGR LNTPAAEALP VWAPDMRGRA TRN SCMYAA YVRLGTVERV VRRAERCGSV DLPLAHMERF TWDVGAWEEC FF |
-分子 #4: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 11.509209 KDa |
配列 | 文字列: MSFDPNNPRT ITAQTLEGAL PVDILLRLNR ATGLQMDAAE AHAIVEDARR TLFIGTSLAL VNLRRAHDKH LVERQPMFAT SDYSSWARP TVGLKRTFCP RPPP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 8899 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |