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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31560 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5 | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ClpP / Bacillus subtilis / Hydrolase | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kim L / Lee B-G | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 6件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Structural insights into ClpP protease side exit pore-opening by a pH drop coupled with substrate hydrolysis. 著者: Leehyeon Kim / Byung-Gil Lee / Minki Kim / Min Kyung Kim / Do Hoon Kwon / Hyunmin Kim / Heike Brötz-Oesterhelt / Soung-Hun Roh / Hyun Kyu Song / 要旨: The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. ...The ClpP serine peptidase is a tetradecameric degradation molecular machine involved in many physiological processes. It becomes a competent ATP-dependent protease when coupled with Clp-ATPases. Small chemical compounds, acyldepsipeptides (ADEPs), are known to cause the dysregulation and activation of ClpP without ATPases and have potential as novel antibiotics. Previously, structural studies of ClpP from various species revealed its structural details, conformational changes, and activation mechanism. Although product release through side exit pores has been proposed, the detailed driving force for product release remains elusive. Herein, we report crystal structures of ClpP from Bacillus subtilis (BsClpP) in unforeseen ADEP-bound states. Cryo-electron microscopy structures of BsClpP revealed various conformational states under different pH conditions. To understand the conformational change required for product release, we investigated the relationship between substrate hydrolysis and the pH-lowering process. The production of hydrolyzed peptides from acidic and basic substrates by proteinase K and BsClpP lowered the pH values. Our data, together with those of previous findings, provide insight into the molecular mechanism of product release by the ClpP self-compartmentalizing protease. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31560.map.gz | 117.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31560-v30.xml emd-31560.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31560.png | 118.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31560.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31560 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31560 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31560_validation.pdf.gz | 576.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31560_full_validation.pdf.gz | 576.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31560_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31560_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31560 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31560 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31560.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5
全体 | 名称: Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5 |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of apo BsClpP at pH 6.5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
-分子 #1: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子 | 名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 22.404664 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: NLIPTVIEQT NRGERAYDIY SRLLKDRIIM LGSAIDDNVA NSIVSQLLFL AAEDPEKEIS LYINSPGGSI TAGMAIYDTM QFIKPKVST ICIGMAASMG AFLLAAGEKG KRYALPNSEV MIHQPLGGAQ GQATEIEIAA KRILLLRDKL NKVLAERTGQ P LEVIERDT ...文字列: NLIPTVIEQT NRGERAYDIY SRLLKDRIIM LGSAIDDNVA NSIVSQLLFL AAEDPEKEIS LYINSPGGSI TAGMAIYDTM QFIKPKVST ICIGMAASMG AFLLAAGEKG KRYALPNSEV MIHQPLGGAQ GQATEIEIAA KRILLLRDKL NKVLAERTGQ P LEVIERDT DRDNFKSAEE ALEYGLIDKI LTHTEDKKHH HHHH UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |