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- EMDB-31526: human NTCP in complex with YN69083 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31526
タイトルhuman NTCP in complex with YN69083 Fab
マップデータpostprocess map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human NTCP in complex with YN69083
    • 複合体: NTCP
      • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter
    • 複合体: Fab Light chain,Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity ...bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatic sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Park JH / Iwamoto M / Yun JH / Uchikubo-Kamo T / Son D / Jin Z / Yoshida H / Ohki M / Ishimoto N / Mizutani K ...Park JH / Iwamoto M / Yun JH / Uchikubo-Kamo T / Son D / Jin Z / Yoshida H / Ohki M / Ishimoto N / Mizutani K / Oshima M / Muramatsu M / Wakita T / Shirouzu M / Liu K / Uemura T / Nomura N / Iwata S / Watashi K / Tame JRH / Nishizawa T / Lee W / Park SY
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the HBV receptor and bile acid transporter NTCP.
著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi ...著者: Jae-Hyun Park / Masashi Iwamoto / Ji-Hye Yun / Tomomi Uchikubo-Kamo / Donghwan Son / Zeyu Jin / Hisashi Yoshida / Mio Ohki / Naito Ishimoto / Kenji Mizutani / Mizuki Oshima / Masamichi Muramatsu / Takaji Wakita / Mikako Shirouzu / Kehong Liu / Tomoko Uemura / Norimichi Nomura / So Iwata / Koichi Watashi / Jeremy R H Tame / Tomohiro Nishizawa / Weontae Lee / Sam-Yong Park /
要旨: Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe ...Around 250 million people are infected with hepatitis B virus (HBV) worldwide, and 15 million may also carry the satellite virus hepatitis D virus (HDV), which confers even greater risk of severe liver disease. The HBV receptor has been identified as sodium taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP), which interacts directly with the first 48 amino acid residues of the N-myristoylated N-terminal preS1 domain of the viral large protein. Despite the pressing need for therapeutic agents to counter HBV, the structure of NTCP remains unsolved. This 349-residue protein is closely related to human apical sodium-dependent bile acid transporter (ASBT), another member of the solute carrier family SLC10. Crystal structures have been reported of similar bile acid transporters from bacteria, and these models are believed to resemble closely both NTCP and ASBT. Here we have used cryo-electron microscopy to solve the structure of NTCP bound to an antibody, clearly showing that the transporter has no equivalent of the first transmembrane helix found in other SLC10 proteins, and that the N terminus is exposed on the extracellular face. Comparison of our structure with those of related proteins indicates a common mechanism of bile acid transport, but the NTCP structure displays an additional pocket formed by residues that are known to interact with preS1, presenting new opportunities for structure-based drug design.
履歴
登録2021年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年7月13日-
現状2022年7月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31526.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.017
最小 - 最大-0.114744335 - 0.18000707
平均 (標準偏差)0.0002782215 (±0.0032938956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 215.54 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31526_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap1

ファイルemd_31526_half_map_1.map
注釈halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap2

ファイルemd_31526_half_map_2.map
注釈halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human NTCP in complex with YN69083

全体名称: human NTCP in complex with YN69083
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human NTCP in complex with YN69083
    • 複合体: NTCP
      • タンパク質・ペプチド: Sodium/bile acid cotransporter
    • 複合体: Fab Light chain,Fab Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain

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超分子 #1: human NTCP in complex with YN69083

超分子名称: human NTCP in complex with YN69083 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 89 KDa

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超分子 #2: NTCP

超分子名称: NTCP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab Light chain,Fab Heavy chain

超分子名称: Fab Light chain,Fab Heavy chain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Sodium/bile acid cotransporter

分子名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.529355 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGAPMEAHN ASAPFNFTLP PNFGKRPTDL ALSVILVFML FFIMLSLGCT MEFSKIKAHL WKPKGLAIAL VAQYGIMPLT AFVLGKVFR LKNIEALAIL VCGCSPGGNL SNVFSLAMKG DMNLSIVMTT CSTFCALGMM PLLLYIYSRG IYDGDLKDKV P YKGIVISL ...文字列:
GPGAPMEAHN ASAPFNFTLP PNFGKRPTDL ALSVILVFML FFIMLSLGCT MEFSKIKAHL WKPKGLAIAL VAQYGIMPLT AFVLGKVFR LKNIEALAIL VCGCSPGGNL SNVFSLAMKG DMNLSIVMTT CSTFCALGMM PLLLYIYSRG IYDGDLKDKV P YKGIVISL VLVLIPCTIG IVLKSKRPQY MRYVIKGGMI IILLCSVAVT VLSAINVGKS IMFAMTPLLI ATSSLMPFIG FL LGYVLSA LFCLNGRCRR TVSMETGCQN VQLCSTILNV AFPPEVIGPL FFFPLLYMIF QLGEGLLLIA IFWCYEKFKT PKD KTKMIY TAATTEETIP GALGNGTYKG EDCSPCTA

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分子 #2: Fab Light chain

分子名称: Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.3829 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMTQSPAI MSASPGQKVT ITCSASSSVN YMHWYQQKLG SSPKLWIYDT SKLALGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAASYFCHQ WSSYPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
DIVMTQSPAI MSASPGQKVT ITCSASSSVN YMHWYQQKLG SSPKLWIYDT SKLALGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAASYFCHQ WSSYPRTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #3: Fab Heavy chain

分子名称: Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.418123 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKTSGYTFT NYWMKWVKQR PGQGLEWIGE INPSNGGTNY NGKFKSKASL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTIL VYDAYYVFAM DYWGLGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列:
EVQLQQPGAE LVKPGASVKL SCKTSGYTFT NYWMKWVKQR PGQGLEWIGE INPSNGGTNY NGKFKSKASL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTIL VYDAYYVFAM DYWGLGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVPRDCGCKP CICTVPEVSS VF IFPPKPK DVLTITLT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClSodium chloride
0.005 %LMNGLauryl maltose-neopentyl glycol
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 302 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 688462
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4n7x


Chain - Chain ID: A
得られたモデル

PDB-7fci:
human NTCP in complex with YN69083 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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