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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31403 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transcription initiation / Pseudomonas aeruginosa / SutA / transcription activation / sigmaS / RNA polymerase / RNAP beta lobe / TRANSLATION / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of cellular response to heat / DNA-templated transcription initiation ...regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of cellular response to heat / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | He DW / You LL | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Pseudomonas aeruginosa SutA wedges RNAP lobe domain open to facilitate promoter DNA unwinding. 著者: Dingwei He / Linlin You / Xiaoxian Wu / Jing Shi / Aijia Wen / Zhi Yan / Wenhui Mu / Chengli Fang / Yu Feng / Yu Zhang / 要旨: Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme ...Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme comprising the stress-responsive σ factor σ (RNAP-σ). SutA shows no homology to previously characterized RNAP-binding proteins. The structure and mode of action of SutA remain unclear. Here we determined cryo-EM structures of Pae RNAP-σ holoenzyme, Pae RNAP-σ holoenzyme complexed with SutA, and Pae RNAP-σ transcription initiation complex comprising SutA. The structures show SutA pinches RNAP-β protrusion and facilitates promoter unwinding by wedging RNAP-β lobe open. Our results demonstrate that SutA clears an energetic barrier to facilitate promoter unwinding of RNAP-σ holoenzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31403.map.gz | 8.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31403-v30.xml emd-31403.xml | 26.7 KB 26.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31403_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31403.png | 99.1 KB | ||
マスクデータ | emd_31403_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-31403.cif.gz | 8.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31403 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31403_validation.pdf.gz | 412.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31403_full_validation.pdf.gz | 412.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31403_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31403_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31403 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_31403_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex
+超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation complex
+超分子 #2: Pseudomonas aeruginosa SutA transcription activation
+超分子 #3: DNA
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: Transcriptional factor SutA
+分子 #6: RNA polymerase sigma factor RpoS
+分子 #7: DNA (70-MER)
+分子 #8: DNA (70-MER)
+分子 #9: ZINC ION
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 13 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 4 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |