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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31330 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM map of the DDX42-SF3b complex core region | |||||||||
マップデータ | The EM map of the DDX42-SF3b complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | DDX32 / SF3B1 / SF3b / U2 snRNP / SPLICING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / SAGA complex / U2 snRNP / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / Cajal body / regulation of DNA repair / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / protein localization / regulation of apoptotic process / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Zhan X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome 著者: Zhang X / Zhan X / Bian T / Yang F / Li P / Lu Y / Xing Z / Fan R / Zhang QC / Shi Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31330.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31330-v30.xml emd-31330.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31330.png | 87.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31330.cif.gz | 7.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31330 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31330 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31330_validation.pdf.gz | 584 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31330_full_validation.pdf.gz | 583.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31330_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31330_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31330 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31330 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7evnMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31330.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The EM map of the DDX42-SF3b complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The DDX42-SF3b core complex
全体 | 名称: The DDX42-SF3b core complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The DDX42-SF3b core complex
超分子 | 名称: The DDX42-SF3b core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Splicing factor 3B subunit 5
分子 | 名称: Splicing factor 3B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 10.149369 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTDRYTIHSQ LEHLQSKYIG TGHADTTKWE WLVNQHRDSY CSYMGHFDLL NYFAIAENES KARVRFNLME KMLQPCGPPA DKPEEN UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 5 |
-分子 #2: Splicing factor 3B subunit 1
分子 | 名称: Splicing factor 3B subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.747867 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MKSVNDQPSG NLPFLKPDDI QYFDKLLVDV DESTLSPEEQ KERKIMKLLL KIKNGTPPMR KAALRQITD KAREFGAGPL FNQILPLLMS PTLEDQERHL LVKVIDRILY KLDDLVRPYV HKILVVIEPL LIDEDYYARV E GREIISNL ...文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MKSVNDQPSG NLPFLKPDDI QYFDKLLVDV DESTLSPEEQ KERKIMKLLL KIKNGTPPMR KAALRQITD KAREFGAGPL FNQILPLLMS PTLEDQERHL LVKVIDRILY KLDDLVRPYV HKILVVIEPL LIDEDYYARV E GREIISNL AKAAGLATMI STMRPDIDNM DEYVRNTTAR AFAVVASALG IPSLLPFLKA VCKSKKSWQA RHTGIKIVQQ IA ILMGCAI LPHLRSLVEI IEHGLVDEQQ KVRTISALAI AALAEAATPY GIESFDSVLK PLWKGIRQHR GKGLAAFLKA IGY LIPLMD AEYANYYTRE VMLILIREFQ SPDEEMKKIV LKVVKQCCGT DGVEANYIKT EILPPFFKHF WQHRMALDRR NYRQ LVDTT VELANKVGAA EIISRIVDDL KDEAEQYRKM VMETIEKIMG NLGAADIDHK LEEQLIDGIL YAFQEQTTED SVMLN GFGT VVNALGKRVK PYLPQICGTV LWRLNNKSAK VRQQAADLIS RTAVVMKTCQ EEKLMGHLGV VLYEYLGEEY PEVLGS ILG ALKAIVNVIG MHKMTPPIKD LLPRLTPILK NRHEKVQENC IDLVGRIADR GAEYVSAREW MRICFELLEL LKAHKKA IR RATVNTFGYI AKAIGPHDVL ATLLNNLKVQ ERQNRVCTTV AIAIVAETCS PFTVLPALMN EYRVPELNVQ NGVLKSLS F LFEYIGEMGK DYIYAVTPLL EDALMDRDLV HRQTASAVVQ HMSLGVYGFG CEDSLNHLLN YVWPNVFETS PHVIQAVMG ALEGLRVAIG PCRMLQYCLQ GLFHPARKVR DVYWKIYNSI YIGSQDALIA HYPRIYNDDK NTYIRYELDY IL UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 1 |
-分子 #3: PHD finger-like domain-containing protein 5A
分子 | 名称: PHD finger-like domain-containing protein 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.427524 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAKHHPDLIF CRKQAGVAIG RLCEKCDGKC VICDSYVRPC TLVRICDECN YGSYQGRCVI CGGPGVSDAY YCKECTIQEK DRDGCPKIV NLGSSKTDLF YERKKYGFKK R UniProtKB: PHD finger-like domain-containing protein 5A |
-分子 #4: Splicing factor 3B subunit 3
分子 | 名称: Splicing factor 3B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 138.949188 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAMFLYNLT LQRATGISFA IHGNFSGTKQ QEIVVSRGKI LELLRPDPNT GKVHTLLTV EVFGVIRSLM AFRLTGGTKD YIVVGSDSGR IVILEYQPSK NMFEKIHQET FGKSGCRRIV PGQFLAVDPK G RAVMISAI ...文字列: WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGS AAAMFLYNLT LQRATGISFA IHGNFSGTKQ QEIVVSRGKI LELLRPDPNT GKVHTLLTV EVFGVIRSLM AFRLTGGTKD YIVVGSDSGR IVILEYQPSK NMFEKIHQET FGKSGCRRIV PGQFLAVDPK G RAVMISAI EKQKLVYILN RDAAARLTIS SPLEAHKANT LVYHVVGVDV GFENPMFACL EMDYEEADND PTGEAAANTQ QT LTFYELD LGLNHVVRKY SEPLEEHGNF LITVPGGSDG PSGVLICSEN YITYKNFGDQ PDIRCPIPRR RNDLDDPERG MIF VCSATH KTKSMFFFLA QTEQGDIFKI TLETDEDMVT EIRLKYFDTV PVAAAMCVLK TGFLFVASEF GNHYLYQIAH LGDD DEEPE FSSAMPLEEG DTFFFQPRPL KNLVLVDELD SLSPILFCQI ADLANEDTPQ LYVACGRGPR SSLRVLRHGL EVSEM AVSE LPGNPNAVWT VRRHIEDEFD AYIIVSFVNA TLVLSIGETV EEVTDSGFLG TTPTLSCSLL GDDALVQVYP DGIRHI RAD KRVNEWKTPG KKTIVKCAVN QRQVVIALTG GELVYFEMDP SGQLNEYTER KEMSADVVCM SLANVPPGEQ RSRFLAV GL VDNTVRIISL DPSDCLQPLS MQALPAQPES LCIVEMGGTE KQDELGERGS IGFLYLNIGL QNGVLLRTVL DPVTGDLS D TRTRYLGSRP VKLFRVRMQG QEAVLAMSSR SWLSYSYQSR FHLTPLSYET LEFASGFASE QCPEGIVAIS TNTLRILAL EKLGAVFNQV AFPLQYTPRK FVIHPESNNL IIIETDHNAY TEATKAQRKQ QMAEEMVEAA GEDERELAAE MAAAFLNENL PESIFGAPK AGNGQWASVI RVMNPIQGNT LDLVQLEQNE AAFSVAVCRF SNTGEDWYVL VGVAKDLILN PRSVAGGFVY T YKLVNNGE KLEFLHKTPV EEVPAAIAPF QGRVLIGVGK LLRVYDLGKK KLLRKCENKH IANYISGIQT IGHRVIVSDV QE SFIWVRY KRNENQLIIF ADDTYPRWVT TASLLDYDTV AGADKFGNIC VVRLPPNTND EVDEDPTGNK ALWDRGLLNG ASQ KAEVIM NYHVGETVLS LQKTTLIPGG SESLVYTTLS GGIGILVPFT SHEDHDFFQH VEMHLRSEHP PLCGRDHLSF RSYY FPVKN VIDGDLCEQF NSMEPNKQKN VSEELDRTPP EVSKKLEDIR TRYAF UniProtKB: UNIPROTKB: Q15393 |
-分子 #5: ATP-dependent RNA helicase DDX42
分子 | 名称: ATP-dependent RNA helicase DDX42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 105.261625 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MNWNKGGPGT KRGFGFGGFA ISAGKKEEPK LPQQSHSAFG ATSSSSGFGK SAPPQLPSFY KIGSKRANF DEENAYFEDE EEDSSNVDLP YIPAENSPTR QQFHSKPVDS DSDDDPLEAF MAEVEDQAAR DMKRLEEKDK E RKNVKGIR ...文字列: MASDYKDDDD KASDEVDAGT MNWNKGGPGT KRGFGFGGFA ISAGKKEEPK LPQQSHSAFG ATSSSSGFGK SAPPQLPSFY KIGSKRANF DEENAYFEDE EEDSSNVDLP YIPAENSPTR QQFHSKPVDS DSDDDPLEAF MAEVEDQAAR DMKRLEEKDK E RKNVKGIR DDIEEEDDQE AYFRYMAENP TAGVVQEEEE DNLEYDSDGN PIAPTKKIID PLPPIDHSEI DYPPFEKNFY NE HEEITNL TPQQLIDLRH KLNLRVSGAA PPRPGSSFAH FGFDEQLMHQ IRKSEYTQPT PIQCQGVPVA LSGRDMIGIA KTG SGKTAA FIWPMLIHIM DQKELEPGDG PIAVIVCPTR ELCQQIHAEC KRFGKAYNLR SVAVYGGGSM WEQAKALQEG AEIV VCTPG RLIDHVKKKA TNLQRVSYLV FDEADRMFDM GFEYQVRSIA SHVRPDRQTL LFSATFRKKI EKLARDILID PIRVV QGDI GEANEDVTQI VEILHSGPSK WNWLTRRLVE FTSSGSVLLF VTKKANAEEL ANNLKQEGHN LGLLHGDMDQ SERNKV ISD FKKKDIPVLV ATDVAARGLD IPSIKTVINY DVARDIDTHT HRIGRTGRAG EKGVAYTLLT PKDSNFAGDL VRNLEGA NQ HVSKELLDLA MQNAWFRKSR FKGGKGKKLN IGGGGLGYRE RPGLGSENMD RGNNNVMSNY EAYKPSTGAM GDRLTAMK A AFQSQYKSHF VAASLSNQKA GSSAAGASGW TSAGSLNSVP TNSAQQGHNS PDSPVTSAAK GIPGFGNTGN ISGAPVTYP SAGAQGVNNT ASGNNSREGT GGSNGKRERY TENRGSSRHS HGETGNRHSD SPRHGDGGRH GDGYRHPESS SRHTDGHRHG ENRHGGSAG RHGENRGAND GRNGESRKEA FNRESKMEPK MEPKVDSSKM DKVDSKTDKT ADGFAVPEPP KRKKSRWDS UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase DDX42 |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 234800 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |