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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31033 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab(1 down RBD, state1) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang XF / Zhu YQ | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2022 タイトル: A potent human monoclonal antibody with pan-neutralizing activities directly dislocates S trimer of SARS-CoV-2 through binding both up and down forms of RBD 著者: Wang X / Hu A / Chen X / Zhang Y / Yu F / Yue S / Li A / Zhang J / Pan Z / Yang Y / Lin Y / Gao L / Zhou J / Zhao J / Li F / Shi Y / Huang F / Yang X / Peng Y / Tu L / Zhang H / Zheng H / He ...著者: Wang X / Hu A / Chen X / Zhang Y / Yu F / Yue S / Li A / Zhang J / Pan Z / Yang Y / Lin Y / Gao L / Zhou J / Zhao J / Li F / Shi Y / Huang F / Yang X / Peng Y / Tu L / Zhang H / Zheng H / He J / Zhang H / Xu L / Huang Q / Zhu Y / Deng K / Ye L | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31033.map.gz | 129.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31033-v30.xml emd-31033.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31033.png | 91.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31033 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31033 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31033_validation.pdf.gz | 428.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31033_full_validation.pdf.gz | 427.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31033_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31033_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31033 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31033 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.095 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with 35B5 Fab(1 down RBD, state1)
全体 | 名称: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with 35B5 Fab(1 down RBD, state1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with 35B5 Fab(1 down RBD, state1)
超分子 | 名称: Complex of the SARS-CoV-2 S-6P with 35B5 Fab(1 down RBD, state1) タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 124.152539 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF ...文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YY VGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFGEVFN ATR FASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YKLP DDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQ PYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILD ITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQDVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEHVNNS YECDIPI GA GICASYQTQT NSPRRARSVA SQSIIAYTMS LGAENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDS T ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL TGIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKV TLADAGFIKQ YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYRF NGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD P PEAEVQID RLITGRLQSL QTYVTQQLIR AAEIRASANL AATKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VT YVPAQEK NFTTAPAICH DGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELD S |
-分子 #2: Light chain of 35B5 Fab
分子 | 名称: Light chain of 35B5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.80249 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PFTFGPGTKV DIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALQT PFTFGPGTKV DIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE |
-分子 #3: Heavy chain of 35B5 Fab
分子 | 名称: Heavy chain of 35B5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.139314 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLLESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG VSWNSGTIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LHMRSLRAE DTALYYCAKA VEMVRGLMGL GADPEYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列: QVQLLESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTFD DYAMHWVRQA PGKGLEWVSG VSWNSGTIGY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLY LHMRSLRAE DTALYYCAKA VEMVRGLMGL GADPEYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCDKTH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 62600 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) |