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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31021 | |||||||||
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タイトル | Intact TRAPPII (state I). | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-glucan biosynthetic process / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...beta-glucan biosynthetic process / TRAPPI protein complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPII-mediated vesicle transport / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to phagophore assembly site / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / retrograde transport, endosome to Golgi / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / macroautophagy / trans-Golgi network / cell wall organization / protein-containing complex assembly / early endosome / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Mi CC / Sui SF | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structural basis for assembly of TRAPPII complex and specific activation of GTPase Ypt31/32. 著者: Chenchen Mi / Li Zhang / Guoqiang Huang / Guangcan Shao / Fan Yang / Xin You / Meng-Qiu Dong / Shan Sun / Sen-Fang Sui / 要旨: Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as ...Transport protein particle (TRAPP) complexes belong to the multiprotein tethering complex and exist in three forms-core TRAPP/TRAPPI, TRAPPII, and TRAPPIII. TRAPPII activates GTPase Ypt31/Ypt32 as the guanine nucleotide exchange factor in the trans-Golgi network to determine the maturation of Golgi cisternae into post-Golgi carriers in yeast. Here, we present cryo-EM structures of yeast TRAPPII in apo and Ypt32-bound states. All the structures show a dimeric architecture assembled by two triangle-shaped monomers, while the monomer in the apo state exhibits both open and closed conformations, and the monomer in the Ypt32-bound form only captures the closed conformation. Located in the interior of the monomer, Ypt32 binds with both core TRAPP/TRAPPI and Trs120 via its nucleotide-binding domain and binds with Trs31 via its hypervariable domain. Combined with functional analysis, the structures provide insights into the assembly of TRAPPII and the mechanism of the specific activation of Ypt31/Ypt32 by TRAPPII. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31021.map.gz | 19.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31021-v30.xml emd-31021.xml | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31021.png | 22.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31021.cif.gz | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31021 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31021_validation.pdf.gz | 355.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31021_full_validation.pdf.gz | 355.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31021_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31021_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Intact TRAPPII (state I).
+超分子 #1: Intact TRAPPII (state I).
+分子 #1: TRAPP-associated protein TCA17
+分子 #2: Trafficking protein particle complex subunit 33
+分子 #3: Trafficking protein particle complex subunit BET3
+分子 #4: Trafficking protein particle complex subunit BET5
+分子 #5: Trafficking protein particle complex subunit 23
+分子 #6: Trafficking protein particle complex subunit 31
+分子 #7: Trafficking protein particle complex subunit 20
+分子 #8: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130
+分子 #9: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120
+分子 #10: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36751 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |