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万見
- EMDB-30939: Lamprey serum virus-like lectin-LSVL -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30939
タイトルLamprey serum virus-like lectin-LSVL
マップデータ
試料
  • 組織: lamprey serum virus-like lectin-LSVL
    • タンパク質・ペプチド: Serum lectin
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードLamprey / serum / LSVL / innate immunity / ANTIMICROBIAL PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lethenteron camtschaticum (魚類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Peng Y
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of lamprey serum virus-like lectin with high binding capacity, involved in initiation and regulation of innate immunity
著者: Qingwei L / Peng Y
履歴
登録2021年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_30939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0521
最小 - 最大-0.09379877 - 0.20229246
平均 (標準偏差)0.001149745 (±0.008649251)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 334.47424 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : lamprey serum virus-like lectin-LSVL

全体名称: lamprey serum virus-like lectin-LSVL
要素
  • 組織: lamprey serum virus-like lectin-LSVL
    • タンパク質・ペプチド: Serum lectin
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: lamprey serum virus-like lectin-LSVL

超分子名称: lamprey serum virus-like lectin-LSVL / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lethenteron camtschaticum (魚類)

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分子 #1: Serum lectin

分子名称: Serum lectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lethenteron camtschaticum (魚類)
分子量理論値: 36.481047 KDa
配列文字列: MEASRLLLLL LLPLLLLFCN SVAAACSCTD SCSDAKESES KCGCKHEEET KQLPRSCKEI KLKTKTKEDG VYCLQTKSGQ FYQAFCDMN TNGGGWTLVA SVHENNIAAK CAIGDRWSSQ LGSNPAVGFV DGDRSWANLN TFGRVESATD DDYKNPGYFD V DAEDISVW ...文字列:
MEASRLLLLL LLPLLLLFCN SVAAACSCTD SCSDAKESES KCGCKHEEET KQLPRSCKEI KLKTKTKEDG VYCLQTKSGQ FYQAFCDMN TNGGGWTLVA SVHENNIAAK CAIGDRWSSQ LGSNPAVGFV DGDRSWANLN TFGRVESATD DDYKNPGYFD V DAEDISVW HVPNGTPLAQ WKISSIFRYH TATEFLTPLG GNLYFLYKIF YPLVYGSGTC PASNGPAIPI VYDFGNTISV AS QVCPACL GGTLQGYVHL RVFNNERAPF ALCSGLRVLD NCNTEHYCIG GAGYVPEQTP RQCGDFSAFD WSGIGTHVEW SAS KSLLEA AVFIFYR

UniProtKB: Serum lectin

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225296
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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