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万見
- EMDB-30832: CALHM1 close state with ordered CTH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30832
タイトルCALHM1 close state with ordered CTH
マップデータEM map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: CALHM1
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / voltage-gated calcium channel activity / monoatomic cation channel activity / plasma membrane / Calcium homeostasis modulator 1
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ren Y / Yang X / Shen YQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91954119 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the heptameric calcium homeostasis modulator 1 channel.
著者: Yue Ren / Yang Li / Yaojie Wang / Tianlei Wen / Xuhang Lu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang /
要旨: Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage- and Ca-gated ATP channel that plays an important role in neuronal signaling. However, as the previously reported CALHM structures are all in the ...Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage- and Ca-gated ATP channel that plays an important role in neuronal signaling. However, as the previously reported CALHM structures are all in the ATP-conducting state, the gating mechanism of ATP permeation is still elusive. Here, we report cryo-EM reconstructions of two Danio rerio CALHM1 heptamers with ordered or flexible long C-terminal helices at resolutions of 3.2 Å and 2.9 Å, respectively, and one D. rerio CALHM1 octamer with flexible long C-terminal helices at a resolution of 3.5 Å. Structural analysis shows that the heptameric CALHM1s are in an ATP-nonconducting state with a central pore diameter of approximately 6.6 Å. Compared with those inside the octameric CALHM1, the N-helix inside the heptameric CALHM1 is in the "down" position to avoid steric clashing with the adjacent TM1 helix. Molecular dynamics simulations show that as the N-helix moves from the "down" position to the "up" position, the pore size of ATP molecule permeation increases significantly. Our results provide important information for elucidating the mechanism of ATP molecule permeation in the CALHM1 channel.
履歴
登録2020年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月5日-
マップ公開2022年1月5日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dse
  • 表面レベル: 0.209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7dse
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.209 / ムービー #1: 0.209
最小 - 最大-0.65123194 - 1.5689428
平均 (標準偏差)-0.002079409 (±0.056512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 263.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z263.640263.640263.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.6511.569-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CALHM1

全体名称: CALHM1
要素
  • 細胞器官・細胞要素: CALHM1
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CALHM1

超分子名称: CALHM1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

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分子 #1: Calcium homeostasis modulator 1

分子名称: Calcium homeostasis modulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 41.213645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LEQKLISEED LRSDKFRIMV QFLQANQESF MNGICGIMAL ASAQMYSSFE FTCPCLPDYN YAYGIGILIV PPIWFFLLGY VMNNNISVL TEEWKRPVGK RSKDPAVLRY MFSSMTQRAL IAPAVWIAVT LMDGKSFLCA FSPTADLSEF VNESYQSLSQ K ELLKIQAK ...文字列:
LEQKLISEED LRSDKFRIMV QFLQANQESF MNGICGIMAL ASAQMYSSFE FTCPCLPDYN YAYGIGILIV PPIWFFLLGY VMNNNISVL TEEWKRPVGK RSKDPAVLRY MFSSMTQRAL IAPAVWIAVT LMDGKSFLCA FSPTADLSEF VNESYQSLSQ K ELLKIQAK IPCKDIFEEH EIISREAATR YIRCLSQACG WTFLMVITLV AFLVRAIRPC FTQAAFLKTK YWSHYIDTER KL FDETCKE HAKSFAKVCI QQYFESISGE IVSQLPQSPA KKGKGNKDED GEKQKSDEER LLGIRKEGDM NKVLWNWHTC KPP LLLSKR TEEMNGHAHL DTHSLTDERH TKKKAVVYYS KV

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab into from cryosparc v2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12671
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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