+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30665 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of histamine H1 receptor Gq complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Histamine receptors / histamine receptor activity / cellular response to histamine / regulation of vascular permeability / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / visual learning / Olfactory Signaling Pathway ...Histamine receptors / histamine receptor activity / cellular response to histamine / regulation of vascular permeability / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / visual learning / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / regulation of synaptic plasticity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / memory / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / chemical synaptic transmission / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | He Y / Xia R / Wang N / Xu Z | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the human histamine H receptor/G complex. 著者: Ruixue Xia / Na Wang / Zhenmei Xu / Yang Lu / Jing Song / Anqi Zhang / Changyou Guo / Yuanzheng He / 要旨: Histamine receptors play important roles in various pathophysiological conditions and are effective targets for anti-allergy treatment, however the mechanism of receptor activation remain elusive. ...Histamine receptors play important roles in various pathophysiological conditions and are effective targets for anti-allergy treatment, however the mechanism of receptor activation remain elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human HR in complex with a G protein in an active conformation via a NanoBiT tethering strategy. The structure reveals that histamine activates receptor via interacting with the key residues of both transmembrane domain 3 (TM3) and TM6 to squash the binding pocket on the extracellular side and to open the cavity on the intracellular side for G engagement in a model of "squash to activate and expand to deactivate". The structure also reveals features for G coupling, including the interaction between intracellular loop 2 (ICL2) and the αN-β junction of G protein. The detailed analysis of our structure will provide a framework for understanding G-protein coupling selectivity and clues for designing novel antihistamines. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30665.map.gz | 33 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30665-v30.xml emd-30665.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30665_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30665.png | 69 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30665 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30665 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30665_validation.pdf.gz | 455.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30665_full_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30665_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30665_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30665 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30665 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GPCR/G-protein complex
全体 | 名称: GPCR/G-protein complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: GPCR/G-protein complex
超分子 | 名称: GPCR/G-protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 130 kDa/nm |
-分子 #1: Histamine H1 receptor
分子 | 名称: Histamine H1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.856035 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSLPNSSCLL EDKMCEGNKT TMASPQLMPL VVVLSTICLV TVGLNLLVLY AVRSERKLHT VGNLYIVSLS VADLIVGAVV MPMNILYLL MSKWSLGRPL CLFWLSMDYV ASTASIFSVF ILCIDRYRSV QQPLRYLKYR TKTRASATIL GAWFLSFLWV I PILGWNHF ...文字列: MSLPNSSCLL EDKMCEGNKT TMASPQLMPL VVVLSTICLV TVGLNLLVLY AVRSERKLHT VGNLYIVSLS VADLIVGAVV MPMNILYLL MSKWSLGRPL CLFWLSMDYV ASTASIFSVF ILCIDRYRSV QQPLRYLKYR TKTRASATIL GAWFLSFLWV I PILGWNHF MQQTSVRRED KCETDFYDVT WFKVMTAIIN FYLPTLLMLW FYAKIYKAVR QHCQHRELIN RSLPSFSEIK LR PENPKGD AKKPGKESPW EVLKRKPKDA GGGSVLKSPS QTPKEMKSPV VFSQEDDREV DKLYCFPLDI VHMQAAAEGS SRD YVAVNR SHGQLKTDEQ GLNTHGASEI SEDQMLGDSQ SFSRTDSDTT TETAPGKGKL RSGSNTGLDY IKFTWKRLRS HSRQ YVSGL HMNRERKAAK QLGFIMAAFI LCWIPYFIFF MVIAFCKNCC NEHLHMFTIW LGYINSTLNP LIYPLCNENF KKTFK RILH IRS |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.285734 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW ...文字列: SELDQLRQEA EQLKNQIRDA RKACADATLS QITNNIDPVG RIQMRTRRTL RGHLAKIYAM HWGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKV HAIPLRSSWV MTCAYAPSGN YVACGGLDNI CSIYNLKTRE GNVRVSRELA GHTGYLSCCR FLDDNQIVTS S GDTTCALW DIETGQQTTT FTGHTGDVMS LSLAPDTRLF VSGACDASAK LWDVREGMCR QTFTGHESDI NAICFFPNGN AF ATGSDDA TCRLFDLRAD QELMTYSHDN IICGITSVSF SKSGRLLLAG YDDFNCNVWD ALKADRAGVL AGHDNRVSCL GVT DDGMAV ATGSWDSFLK IWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.375332 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.090637 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: CTLSAEDKAA VERSKMIDRN LREDGEKARR ELKLLLLGTG ESGKSTFIKQ MRIIHGSGYS DEDKRGFTKL VYQNIFTAMQ AMIRAMDTL KIPYKHEHNK AHAQLVREVD VEKVSTFENP YVDAIRSLWS DPGIQECYDR RREYQLSDST KYYLNDLDRI A DSTYLPTQ ...文字列: CTLSAEDKAA VERSKMIDRN LREDGEKARR ELKLLLLGTG ESGKSTFIKQ MRIIHGSGYS DEDKRGFTKL VYQNIFTAMQ AMIRAMDTL KIPYKHEHNK AHAQLVREVD VEKVSTFENP YVDAIRSLWS DPGIQECYDR RREYQLSDST KYYLNDLDRI A DSTYLPTQ QDVLRVRVPT TGIIEYPFDL QSVIFRMVDV GGQRSERRKW IHCFENVTSI MFLVALSEYD QVLVESDNEN RM EESKALF RTIITYPWFQ NSSVILFLNK KDLLEEKIMY SHLVDYFPEY DGPQRDAQAA REFILKMFVD LNPDSDKILY SHF TCATDT ENIRFVFAAV KDTILQLNLK EYNLV |
-分子 #5: scFv16
分子 | 名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.679721 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAA |
-分子 #6: HISTAMINE
分子 | 名称: HISTAMINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HSM |
---|---|
分子量 | 理論値: 111.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-HSM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |