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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30498 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of sodium-dependent bicarbonate transporter SbtA from Synechocystis sp. PCC 6803 | |||||||||
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![]() | bicarbonate transporter / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / Na+-dependent bicarbonate transporter superfamily / membrane / Slr1512 protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | |||||||||
![]() | Liu XY / Jiang YL | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of cyanobacterial bicarbonate transporter SbtA and its complex with PII-like SbtB. 著者: Xiao-Yu Liu / Wen-Tao Hou / Liang Wang / Bo Li / Yu Chen / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 219.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 559.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 559.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.013 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : bicarbonate transporter SbtA
全体 | 名称: bicarbonate transporter SbtA |
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要素 |
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-超分子 #1: bicarbonate transporter SbtA
超分子 | 名称: bicarbonate transporter SbtA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Slr1512 protein
分子 | 名称: Slr1512 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: PCC 6803 substr. Kazusa |
分子量 | 理論値: 39.671246 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ...文字列: MDFLSNFLTD FVGQLQSPTL AFLIGGMVIA ALGTQLVIPE AISTIIVFML LTKIGLTGGM AIRNSNLTEM LLPVAFSVIL GILIVFIAR FTLAKLPNVR TVDALATGGL FGAVSGSTMA AALTTLEESK ISYEAWAGAL YPFMDIPALV TAIVVANIYL N KRKRKSAA ASIEESFSKQ PVAAGDYGDQ TDYPRTRQEY LSQQEPEDNR VKIWPIIEES LQGPALSAML LGLALGIFTK PE SVYEGFY DPLFRGLLSI LMLIMGMEAW SRIGELRKVA QWYVVYSLIA PIVHGFIAFG LGMIAHYATG FSLGGVVVLA VIA ASSSDI SGPPTLRAGI PSANPSAYIG SSTAIGTPIA IGVCIPLFIG LAQTLGAG UniProtKB: Slr1512 protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7cye: |