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- EMDB-30123: Structure of HSV2 viron capsid portal vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30123
タイトルStructure of HSV2 viron capsid portal vertex
マップデータ
試料Human alphaherpesvirus 2 != Human herpesvirus 2

Human alphaherpesvirus 2

  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: coiled coils
    • タンパク質・ペプチド: Coiled coils
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus ...T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / viral penetration into host nucleus / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid triplex subunit 2 / Small capsomere-interacting protein / Capsid triplex subunit 1 / Capsid vertex component 1 / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase
類似検索 - 構成要素
生物種HHV-2 (ヘルペスウイルス) / Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.39 Å
データ登録者Wang XX / Wang N
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of the portal vertex reveal essential protein-protein interactions for Herpesvirus assembly and maturation.
著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong ...著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
履歴
登録2020年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2021年3月24日-
現状2021年3月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
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  • 原子モデル: PDB-6m6g
  • 表面レベル: 0.009
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6m6g
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30123.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30123.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.024774332 - 0.03486511
平均 (標準偏差)0.0003303116 (±0.0033459745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-174-174-174
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 472.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z472.500472.500472.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1219875
NX/NY/NZ141223232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-174-174-174
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0250.0350.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 2

全体名称: Human alphaherpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: coiled coils
    • タンパク質・ペプチド: Coiled coils
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid vertex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Large tegument protein deneddylase

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超分子 #1: Human herpesvirus 2

超分子名称: Human herpesvirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10310 / 生物種: Human herpesvirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 149.398422 KDa
配列文字列: MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA AVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN ...文字列:
MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA AVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC DTSFFLGKAG HR REAIEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAAIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LDMQEEQLEA NRETLDELES APQTTRVRAD LVAIGDRLVF LEALEKRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPAMER FAAHAGDLVP APGHPEPRAF PPRQLFFWGK DHQVLRLSME NAVGTVCHPS LMNIDAAVGG VNHDP VEAA NPYGAYVAAP AGPGADMQQR FLNAWRQRLA HGRVRWVAEC QMTAEQFMQP DNANLALELH PAFDFFAGVA DVELPG GEV PPAGPGAIQA TWRVVNGNLP LALCPVAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFEDRSY PAVFYLLQAA IHGNEHV FC ALARLVTQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YIVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLPGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDG LMRHAALDRH RDCRIDAGGH EPVYAAACNV ATADFNRNDG RLLHNTQARA ADAADDRPH RPADWTVHHK IYYYVLVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVKRMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTANMRIF DGALHAGVLL MAPQHLDHTI QNGEYFYVLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLARHVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HARESAAGEN ALTYALMAGY FKMSPVALYH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVAATGTVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPLPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVATDI NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVIAL MYDHGQSDPA RPFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTAA DITA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPI TCASDPALLR SARDGEAHAR ETHFTQ YLI YDASPLKGLS L

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分子 #2: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 12.117615 KDa
配列文字列:
MAAPQFHRPS TITADNVRAL GTRGLVLATN NAQFIMDNSY PHPHGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGVTHAN NTFAPQPMFA GDAAAEWLR PSFGLKRTYS PFVVRDPKTP STP

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分子 #3: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 34.373785 KDa
配列文字列: MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR ...文字列:
MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR TPGELPDLNV LYYNGARLSL VADVQQLASV NTELRSLVLN MVYSITEGTT LILTLIPRLL ALSAQDGYVN AL LQMQSVT REAAQLIHPE APMLMQDGER RLPLYEALVA WLAHAGQLGD ILALAPAVRV CTFDGAAVVQ SGDMAPVIRY P

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分子 #4: coiled coils

分子名称: coiled coils / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 7.166825 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #5: Coiled coils

分子名称: Coiled coils / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 7.42214 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #6: Triplex capsid protein 1

分子名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 50.566648 KDa
配列文字列: MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ...文字列:
MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ALGSGRAESG CARAGLVSFN FLVAACAAAY DARDAAEAVR AHITTNYGGT RAGARLDRFS ECLRAMVHTH VF PHEVMRF FGGLVSWVTQ DELASVTAVC SGPQEATHTG HPGRPRSAVT IPACAFVDLD AELCLGGPGA AFLYLVFTYR QCR DQELCC VYVVKSQLPP RGLEAALERL FGRLRITNTI HGAEDMTPPP PNRNVDFPLA VLAASSQSPR CSASQVTNPQ FVDR LYRWQ PDLRGRPTAR TCTYAAFAEL GVMPDDSPRC LHRTERFGAV GVPVVILEGV VWRPGGWRAC A

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分子 #7: Capsid vertex component 1

分子名称: Capsid vertex component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 74.793859 KDa
配列文字列: MNAHFANEVQ YDLTRDPSSP ASLIHVIISS ECLAAAGVPL SALVRGRPDG GAAANFRVET QTRAHATGDC TPWRSAFAAY VPADAVGAI LAPVIPAHPD LLPRVPSAGG LFVSLPVACD AQGVYDPYTV AALRLAWGPW ATCARVLLFS YDELVPPNTR Y AADGARLM ...文字列:
MNAHFANEVQ YDLTRDPSSP ASLIHVIISS ECLAAAGVPL SALVRGRPDG GAAANFRVET QTRAHATGDC TPWRSAFAAY VPADAVGAI LAPVIPAHPD LLPRVPSAGG LFVSLPVACD AQGVYDPYTV AALRLAWGPW ATCARVLLFS YDELVPPNTR Y AADGARLM RLCRHFCRYV ARLGAAAPAA ATEAAAHLSL GMGESGTPTP QASSVSGGAG PAVVGTPDPP ISPEEQLTAP GG DTATAED VSITQENEEI LALVQRAVQD VTRRHPVRAR PKHAASGVAS GLRQGALVHQ AVSGGALGAS DAEAVLAGLE PPG GGRFAS RGGPRAAGED VLNDVLTLVP GTAKPRSLVE WLDRGWEALA GGDRPDWLWS RRSISVVLRH HYGTKQRFVV VSYE NSVAW GGRRARPPRL SSELATALTE ACAAERVVRP HQLSPAAQTA LLRRFPALEG PLRHPRPVLQ PFDIAAEVAF VARIQ IACL RALGHSIRAA LQGGPRIFQR LRYDFGPHQS EWLGEVTRRF PVLLENLMRA LEGTAPDAFF HTAYALAVLA HLGGQG GRG RRRRLVPLSD DIPARFADSD AHYAFDYYST SGDTLRLTNR PIAVVIDGDV NGREQSKCRF MEGSPSTAPH RVCEQYL PG ESYAYLCLGF NRRLCGLVVF PGGFAFTINT AAYLSLADPV ARAVGLRFCR GAATGPGLVR

+
分子 #8: Capsid vertex component 2

分子名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 63.63782 KDa
配列文字列: MDPYYPFDAL DVWEHRRFIV ADSRSFITPE FPRDFWMLPV FNIPRETAAE RAAVLQAQRT AAAAALENAA LQAAELPVDI ERRIRPIEQ QVHHIADALE ALETAAAAAE EADAARDAEA RGEGAADGAA PSPTAGPAAA EMEVQIVRND PPLRYDTNLP V DLLHMVYA ...文字列:
MDPYYPFDAL DVWEHRRFIV ADSRSFITPE FPRDFWMLPV FNIPRETAAE RAAVLQAQRT AAAAALENAA LQAAELPVDI ERRIRPIEQ QVHHIADALE ALETAAAAAE EADAARDAEA RGEGAADGAA PSPTAGPAAA EMEVQIVRND PPLRYDTNLP V DLLHMVYA GRGAAGSSGV VFGTWYRTIQ ERTIADFPLT TRSADFRDGR MSKTFMTALV LSLQSCGRLY VGQRHYSAFE CA VLCLYLL YRTTHESSPD RDRAPVAFGD LLARLPRYLA RLAAVIGDES GRPQYRYRDD KLPKAQFAAA GGRYEHGALA THV VIATLV RHGVLPAAPG DVPRDTSTRV NPDDVAHRDD VNRAAAAFLA RGHNLFLWED QTLLRATANT ITALAVLRRL LANG NVYAD RLDNRLQLGM LIPGAVPAEA IARGASGLDS GAIKSGDNNL EALCVNYVLP LYQADPTVEL TQLFPGLAAL CLDAQ AGRP LASTRRVVDM SSGARQAALV RLTALELINR TRTNTTPVGE IINAHDALGI QYEQGPGLLA QQARIGLASN TKRFAT FNV GSDYDLLYFL CLGFIPQYLS VA

+
分子 #9: Large tegument protein deneddylase

分子名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: HHV-2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 330.425906 KDa
配列文字列: MIPAALPHPT MKRQGDRDIV VTGVRNQFAT DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL LFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRAAA GSGPPRMCS IIELPNFLEY PAARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPTAGLLE TQCPAHTFFA GPWAMRPLSY TLLTIGPLGM G LYRDGDTA ...文字列:
MIPAALPHPT MKRQGDRDIV VTGVRNQFAT DLEPGGSVSC MRSSLSFLSL LFDVGPRDVL SAEAIEGCLV EGGEWTRAAA GSGPPRMCS IIELPNFLEY PAARGGLRCV FSRVYGEVGF FGEPTAGLLE TQCPAHTFFA GPWAMRPLSY TLLTIGPLGM G LYRDGDTA YLFDPHGLPA GTPAFIAKVR AGDVYPYLTY YAHDRPKVRW AGAMVFFVPS GPGAVAPADL TAAALHLYGA SE TYLQDEP FVERRVAITH PLRGEIGGLG ALFVGVVPRG DGEGSGPVVP ALPAPTHVQT PGADRPPEAP RGASGPPDTP QAG HPNRPP DDVWAAALEG TPPAKPSAPD AAASGPPHAA PPPQTPAGDA AEEAEDLRVL EVGAVPVGRH RARYSTGLPK RRRP TWTPP SSVEDLTSGE RPAPKAPPAK AKKKSAPKKK APVAAEVPAS SPTPIAATVP PAPDTPPQSG QGGGDDGPAS PSSPS VLET LGARRPPEPP GADLAQLFEV HPNVAATAVR LAARDAALAR EVAACSQLTI NALRSPYPAH PGLLELCVIF FFERVL AFL IENGARTHTQ AGVAGPAAAL LDFTLRMLPR KTAVGDFLAS TRMSLADVAA HRPLIQHVLD ENSQIGRLAL AKLVLVA RD VIRETDAFYG DLADLDLQLR AAPPANLYAR LGEWLLERSR AHPNTLFAPA TPTHPEPLLH RIQALAQFAR GEEMRVEA E AREMREALDA LARGVDSVSQ RAGPLTVMPV PAAPGAGGRA PCPPALGPEA IQARLEDVRI QARRAIESAV KEYFHRGAV YSAKALQASD SHDCRFHVAS AAVVPMVQLL ESLPAFDQHT RDVAQRAALP PPPPLATSPQ AILLRDLLQR GQPLDAPEDL AAWLSVLTD AATQGLIERK PLEELARSIH GINDQQARRS SGLAELQRFD ALDAALAQQL DSDAAFVPAT GPAPYVDGGG L SPEATRMA EDALRQARAM EAAKMTAELA PEARSRLRER AHALEAMLND ARERAKVAHD AREKFLHKLQ GVLRPLPDFV GL KACPAVL ATLRASLPAG WTDLADAVRG PPPEVTAALR ADLWGLLGQY REALEHPTPD TATALAGLHP AFVVVLKTLF ADA PETPVL VQFFSDHAPT IAKAVSNAIN AGSAAVATAS PAATVDAAVR AHGALADAVS ALGAAARDPA SPLSFLAVLA DSAA GYVKA TRLALEARGA IDELTTLGSA AADLVVQARR ACAQPEGDHA ALIDAAARAT TAARESLAGH EAGFGGLLHA EGTAG DHSP SGRALQELGK VIGATRRRAD ELEAAVADLT AKMAAQRARG SSERWAAGVE AALDRVENRA EFDVVELRRL QALAGT HGY NPRDFRKRAE QALAANAEAV TLALDTAFAF NPYTPENQRH PMLPPLAAIH RLGWSAAFHA AAETYADMFR VDAEPLA RL LRIAEGLLEM AQAGDGFIDY HEAVGRLADD MTSVPGLRRY VPFFQHGYAD YVELRDRLDA IRADVHRALG GVPLDLAA A AEQISAARND PEATAELVRT GVTLPCPSED ALVACAAALE RVDQSPVKNT AYAEYVAFVT RQDTAETKDA VVRAKQQRA EATERVMAGL REALAARERR AQIEAEGLAN LKTMLKVVAV PATVAKTLDQ ARSVAEIADQ VEVLLDQTEK TRELDVPAVI WLEHAQRTF ETHPLSAARG DGPGPLARHA GRLGALFDTR RRVDALRRSL EEAEAEWDEV WGRFGRVRGG AWKSPEGFRA M HEQLRALQ DTTNTVSGLR AQPAYERLSA RYQGVLGAKG AERAEAVEEL GARVTKHTAL CARLRDEVVR RVPWEMNFDA LG GLLAEFD AAAADLAPWA VEEFRGAREL IQYRMGLYSA YARAGGQTGA GAESAPAPLL VDLRALDARA RASSSPEGHE VDP QLLRRR GEAYLRAGGD PGPLVLREAV SALDLPFATS FLAPDGTPLQ YALCFPAVTD KLGALLMRPE AACVRPPLPT DVLE SAPTV TAMYVLTVVN RLQLALSDAQ AANFQLFGRF VRHRQATWGA SMDAAAELYV ALVATTLTRE FGCRWAQLGW ASGAA APRP PPGPRGSQRH CVAFNENDVL VALVAGVPEH IYNFWRLDLV RQHEYMHLTL ERAFEDAAES MLFVQRLTPH PDARIR VLP TFLDGGPPTR GLLFGTRLAD WRRGKLSETD PLAPWRSALE LGTQRRDVPA LGKLSPAQAL AAVSVLGRMC LPSAALA AL WTCMFPDDYT EYDSFDALLA ARLESGQTLG PAGGREASLP EAPHALYRPT GQHVAVLAAA THRTPAARVT AMDLVLAA V LLGAPVVVAL RNTTAFSRES ELELCLTLFD SRPGGPDAAL RDVVSSDIET WAVGLLHTDL NPIENACLAA QLPRLSALI AERPLADGPP CLVLVDISMT PVAVLWEAPE PPGPPDVRFV GSEATEELPF VATAGDVLAA SAADADPFFA RAILGRPFDA SLLTGELFP GHPVYQRPLA DEAGPSAPTA ARDPRDLAGG DGGSGPEDPA APPARQADPG VLAPTLLTDA TTGEPVPPRM W AWIHGLEE LASDDAGGPT PNPAPALLPP PATDQSVPTS QYAPRPIGPA ATARETRPSV PPQQNTGRVP VAPRDDPRPS PP TPSPPAD AALPPPAFSG SAAAFSAAVP RVRRSRRTRA KSRAPRASAP PEGWRPPALP APVAPVAASA RPPDQPPTPE SAP PAWVSA LPLPPGPASA RGAFPAPTLA PIPPPPAEGA VVPGGDRRRG RRQTTAGPSP TPPRGPAAGP PRRLTRPAVA SLSA SLNSL PSPRDPADHA AAVSAAAAAV PPSPGLAPPT SAVQTSPPPL APGPVAPSEP LCGWVVPGGP VARRPPPQSP ATKPA ARTR IRARSVPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPQPPLPQPP LPPVTRTLTP QSRDSV PTP ESPTHTNTHL PVSAVTSWAS SLALHVDSAP PPASLLQTLH ISSDDEHSDA DSLRFSDSDD TEALDPLPPE PHLPPAD EP PGPLAADHLQ SPHSQFGPLP VQANAVLSRR YVRSTGRSAL AVLIRACRRI QQQLQRTRRA LFQRSNAVLT SLHHVRML L G

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12001
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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