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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29912 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM 3D map of the Mycobacterium tuberculosis Hsp70 protein DnaK bound to the nucleotide exchange factor GrpE | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | heat shock protein 70 / nucleotide exchange factor / protein folding and refolding / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenyl-nucleotide exchange factor activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / hydrolase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao X / Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the M. tuberculosis DnaK-GrpE complex reveals how key DnaK roles are controlled. 著者: Xiansha Xiao / Allison Fay / Pablo Santos Molina / Amanda Kovach / Michael S Glickman / Huilin Li / 要旨: The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide ...The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide exchange factor GrpE. It has been unclear how GrpE couples DnaK's nucleotide exchange with substrate release. Here we report a cryo-EM analysis of GrpE bound to an intact Mtb DnaK, revealing an asymmetric 1:2 DnaK-GrpE complex. The GrpE dimer ratchets to modulate both DnaK nucleotide-binding domain and the substrate-binding domain. We further show that the disordered GrpE N-terminus is critical for substrate release, and that the DnaK-GrpE interface is essential for protein folding activity both in vitro and in vivo. Therefore, the Mtb GrpE dimer allosterically regulates DnaK to concomitantly release ADP in the nucleotide-binding domain and substrate peptide in the substrate-binding domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29912.map.gz | 114.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29912-v30.xml emd-29912.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29912.png | 66.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29912.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29912 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29912_validation.pdf.gz | 324.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29912_full_validation.pdf.gz | 323.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29912_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29912_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29912 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29912 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gb3MC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
全体 | 名称: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE
超分子 | 名称: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-分子 #1: Chaperone protein DnaK
分子 | 名称: Chaperone protein DnaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 66.91068 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARAVGIDLG TTNSVVSVLE GGDPVVVANS EGSRTTPSIV AFARNGEVLV GQPAKNQAVT NVDRTVRSVK RHMGSDWSIE IDGKKYTAP EISARILMKL KRDAEAYLGE DITDAVITTP AYFNDAQRQA TKDAGQIAGL NVLRIVNEPT AAALAYGLDK G EKEQRILV ...文字列: MARAVGIDLG TTNSVVSVLE GGDPVVVANS EGSRTTPSIV AFARNGEVLV GQPAKNQAVT NVDRTVRSVK RHMGSDWSIE IDGKKYTAP EISARILMKL KRDAEAYLGE DITDAVITTP AYFNDAQRQA TKDAGQIAGL NVLRIVNEPT AAALAYGLDK G EKEQRILV FDLGGGTFDV SLLEIGEGVV EVRATSGDNH LGGDDWDQRV VDWLVDKFKG TSGIDLTKDK MAMQRLREAA EK AKIELSS SQSTSINLPY ITVDADKNPL FLDEQLTRAE FQRITQDLLD RTRKPFQSVI ADTGISVSEI DHVVLVGGST RMP AVTDLV KELTGGKEPN KGVNPDEVVA VGAALQAGVL KGEVKDVLLL DVTPLSLGIE TKGGVMTRLI ERNTTIPTKR SETF TTADD NQPSVQIQVY QGEREIAAHN KLLGSFELTG IPPAPRGIPQ IEVTFDIDAN GIVHVTAKDK GTGKENTIRI QEGSG LSKE DIDRMIKDAE AHAEEDRKRR EEADVRNQAE TLVYQTEKFV KEQREAEGGS KVPEDTLNKV DAAVAEAKAA LGGSDI SAI KSAMEKLGQE SQALGQAIYE AAQAASQATG AAHPGGEPGG AHPGSADDVV DAEVVDDGRE AK UniProtKB: Chaperone protein DnaK |
-分子 #2: Protein GrpE
分子 | 名称: Protein GrpE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 24.559555 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTDGNQKPDG NSGEQVTVTD KRRIDPETGE VRHVPPGDMP GGTAAADAAH TEDKVAELTA DLQRVQADFA NYRKRALRDQ QAAADRAKA SVVSQLLGVL DDLERARKHG DLESGPLKSV ADKLDSALTG LGLVAFGAEG EDFDPVLHEA VQHEGDGGQG S KPVIGTVM ...文字列: MTDGNQKPDG NSGEQVTVTD KRRIDPETGE VRHVPPGDMP GGTAAADAAH TEDKVAELTA DLQRVQADFA NYRKRALRDQ QAAADRAKA SVVSQLLGVL DDLERARKHG DLESGPLKSV ADKLDSALTG LGLVAFGAEG EDFDPVLHEA VQHEGDGGQG S KPVIGTVM RQGYQLGEQV LRHALVGVVD TVVVDAAELE SVDDGTAVAD TAENDQADQG NSADTSGEQA ESEPSGS UniProtKB: Protein GrpE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 15720 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |