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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29860 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2 | |||||||||||||||
マップデータ | Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | SPNS2 / Sphingosine-1-phosphate / major facilitator superfamily / transporter / IMMUNE SYSTEM | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen H / Li X | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structural and functional insights into Spns2-mediated transport of sphingosine-1-phosphate. 著者: Hongwen Chen / Shahbaz Ahmed / Hongtu Zhao / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Yaxin Dai / Jae Hun Kim / Jeffrey G McDonald / Xiaochun Li / Chia-Hsueh Lee / 要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster homolog 2 (Spns2) is an S1P transporter that exports S1P to initiate lipid signaling cascades. Modulating Spns2 activity can be beneficial in treatments of cancer, inflammation, and immune diseases. However, the transport mechanism of Spns2 and its inhibition remain unclear. Here, we present six cryo-EM structures of human Spns2 in lipid nanodiscs, including two functionally relevant intermediate conformations that link the inward- and outward-facing states, to reveal the structural basis of the S1P transport cycle. Functional analyses suggest that Spns2 exports S1P via facilitated diffusion, a mechanism distinct from other MFS lipid transporters. Finally, we show that the Spns2 inhibitor 16d attenuates the transport activity by locking Spns2 in the inward-facing state. Our work sheds light on Spns2-mediated S1P transport and aids the development of advanced Spns2 inhibitors. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29860.map.gz | 97.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29860-v30.xml emd-29860.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29860_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29860.png | 47.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29860.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_29860_half_map_1.map.gz emd_29860_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29860 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29860_validation.pdf.gz | 898.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29860_full_validation.pdf.gz | 898.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29860_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29860_validation.cif.gz | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29860 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_29860_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_29860_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SPNS2 in complex with inhibitor 16d
全体 | 名称: SPNS2 in complex with inhibitor 16d |
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要素 |
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-超分子 #1: SPNS2 in complex with inhibitor 16d
超分子 | 名称: SPNS2 in complex with inhibitor 16d / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
分子 | 名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.770148 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EKRKAEEEKR KAAAAILSLG NVLNYLDRYT VAGVLLDIQQ HFGVKDRGAG LLQSVFICSF MVAAPIFGYL GDRFNRKVIL SCGIFFWSA VTFSSSFIPQ QYFWLLVLSR GLVGIGEASY STIAPTIIGD LFTKNTRTLM LSVFYFAIPL GSGLGYITGS S VKQAAGDW ...文字列: EKRKAEEEKR KAAAAILSLG NVLNYLDRYT VAGVLLDIQQ HFGVKDRGAG LLQSVFICSF MVAAPIFGYL GDRFNRKVIL SCGIFFWSA VTFSSSFIPQ QYFWLLVLSR GLVGIGEASY STIAPTIIGD LFTKNTRTLM LSVFYFAIPL GSGLGYITGS S VKQAAGDW HWALRVSPVL GMITGTLILI LVPATKRGHA DQLGDQLKAR TSWLRDMKAL IRNRSYVFSS LATSAVSFAT GA LGMWIPL YLHRAQVVQK TAETCNSPPC GAKDSLIFGA ITCFTGFLGV VTGAGATRWC RLKTQRADPL VCAVGMLGSA IFI CLIFVA AKSSIVGAYI CIFVGETLLF SNWAITADIL MYVVIPTRRA TAVALQSFTS HLLGDAGSPY LIGFISDLIR QSTK DSPLW EFLSLGYALM LCPFVVVLGG MFFLATALFF VSDRARAEQQ VNQLAMPPAS VKV UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 |
-分子 #2: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine
分子 | 名称: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: YUX |
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分子量 | 理論値: 343.506 Da |
Chemical component information | ChemComp-YUX: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |