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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29725 | |||||||||
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タイトル | Vaccine-elicited human antibody 2C06 in complex with HIV-1 envelope trimer BG505 DS-SOSIP | |||||||||
マップデータ | CryoSPARC refined map with C1 symmetry | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibody-antigen complex vaccine-elicited antibody fusion peptide strain specific / ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang S / Morano NC / Shapiro L / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: HIV-1 neutralizing antibodies elicited in humans by a prefusion-stabilized envelope trimer form a reproducible class targeting fusion peptide. 著者: Shuishu Wang / Flavio Matassoli / Baoshan Zhang / Tracy Liu / Chen-Hsiang Shen / Tatsiana Bylund / Timothy Johnston / Amy R Henry / I-Ting Teng / Prabhanshu Tripathi / Jordan E Becker / Anita ...著者: Shuishu Wang / Flavio Matassoli / Baoshan Zhang / Tracy Liu / Chen-Hsiang Shen / Tatsiana Bylund / Timothy Johnston / Amy R Henry / I-Ting Teng / Prabhanshu Tripathi / Jordan E Becker / Anita Changela / Ridhi Chaudhary / Cheng Cheng / Martin Gaudinski / Jason Gorman / Darcy R Harris / Myungjin Lee / Nicholas C Morano / Laura Novik / Sijy O'Dell / Adam S Olia / Danealle K Parchment / Reda Rawi / Jesmine Roberts-Torres / Tyler Stephens / Yaroslav Tsybovsky / Danyi Wang / David J Van Wazer / Tongqing Zhou / Nicole A Doria-Rose / Richard A Koup / Lawrence Shapiro / Daniel C Douek / Adrian B McDermott / Peter D Kwong / 要旨: Elicitation of antibodies that neutralize the tier-2 neutralization-resistant isolates that typify HIV-1 transmission has been a long-sought goal. Success with prefusion-stabilized envelope trimers ...Elicitation of antibodies that neutralize the tier-2 neutralization-resistant isolates that typify HIV-1 transmission has been a long-sought goal. Success with prefusion-stabilized envelope trimers eliciting autologous neutralizing antibodies has been reported in multiple vaccine-test species, though not in humans. To investigate elicitation of HIV-1 neutralizing antibodies in humans, here, we analyze B cells from a phase I clinical trial of the "DS-SOSIP"-stabilized envelope trimer from strain BG505, identifying two antibodies, N751-2C06.01 and N751-2C09.01 (named for donor-lineage.clone), that neutralize the autologous tier-2 strain, BG505. Though derived from distinct lineages, these antibodies form a reproducible antibody class that targets the HIV-1 fusion peptide. Both antibodies are highly strain specific, which we attribute to their partial recognition of a BG505-specific glycan hole and to their binding requirements for a few BG505-specific residues. Prefusion-stabilized envelope trimers can thus elicit autologous tier-2 neutralizing antibodies in humans, with initially identified neutralizing antibodies recognizing the fusion-peptide site of vulnerability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29725.map.gz | 210.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29725-v30.xml emd-29725.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29725_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29725.png | 65.1 KB | ||
その他 | emd_29725_half_map_1.map.gz emd_29725_half_map_2.map.gz | 391.4 MB 391.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29725 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29725 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g4mMC 8g4tC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC refined map with C1 symmetry | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: CryoSPARC half map A
ファイル | emd_29725_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoSPARC half map B
ファイル | emd_29725_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoSPARC half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HIV envelope trimer in complex with three copies of antibody Fab
全体 | 名称: HIV envelope trimer in complex with three copies of antibody Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV envelope trimer in complex with three copies of antibody Fab
超分子 | 名称: HIV envelope trimer in complex with three copies of antibody Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.986969 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRV UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.162525 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAIEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: antibody heavy chain
分子 | 名称: antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.166135 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGFTFS SYAMHWVRQA PGKGLEYVSA ISGNGDSTYY ADSVRGRFTI SRDNSKNTLY LQMSSLRAE DTAVYYCVKQ AAYCTRTSCY YFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCSASGFTFS SYAMHWVRQA PGKGLEYVSA ISGNGDSTYY ADSVRGRFTI SRDNSKNTLY LQMSSLRAE DTAVYYCVKQ AAYCTRTSCY YFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KGLEVLFQ |
-分子 #4: antibody light chain
分子 | 名称: antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.415037 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQGVS SKLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYHNWPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQGVS SKLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYHNWPYTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS + 0.005%(w/v) DDM |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 58.06 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8g4m: |