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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29644 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of signaling thrombopoietin-MPL receptor complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | TPO / TpoR / cytokine / receptor / signaling / haematology | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thrombopoietin receptor activity / basophil homeostasis / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of lymphocyte proliferation / megakaryocyte differentiation / positive regulation of platelet formation / positive regulation of megakaryocyte differentiation ...thrombopoietin receptor activity / basophil homeostasis / monocyte homeostasis / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of lymphocyte proliferation / megakaryocyte differentiation / positive regulation of platelet formation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / eosinophil homeostasis / neutrophil homeostasis / megakaryocyte development / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin mediated immune response / cytokine activity / growth factor activity / hormone activity / platelet aggregation / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tsutsumi N / Jude KM / Gati C / Garcia KC | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structure of the thrombopoietin-MPL receptor complex is a blueprint for biasing hematopoiesis. 著者: Naotaka Tsutsumi / Zahra Masoumi / Sophie C James / Julie A Tucker / Hauke Winkelmann / William Grey / Lora K Picton / Lucie Moss / Steven C Wilson / Nathanael A Caveney / Kevin M Jude / ...著者: Naotaka Tsutsumi / Zahra Masoumi / Sophie C James / Julie A Tucker / Hauke Winkelmann / William Grey / Lora K Picton / Lucie Moss / Steven C Wilson / Nathanael A Caveney / Kevin M Jude / Cornelius Gati / Jacob Piehler / Ian S Hitchcock / K Christopher Garcia / 要旨: Thrombopoietin (THPO or TPO) is an essential cytokine for hematopoietic stem cell (HSC) maintenance and megakaryocyte differentiation. Here, we report the 3.4 Å resolution cryoelectron microscopy ...Thrombopoietin (THPO or TPO) is an essential cytokine for hematopoietic stem cell (HSC) maintenance and megakaryocyte differentiation. Here, we report the 3.4 Å resolution cryoelectron microscopy structure of the extracellular TPO-TPO receptor (TpoR or MPL) signaling complex, revealing the basis for homodimeric MPL activation and providing a structural rationalization for genetic loss-of-function thrombocytopenia mutations. The structure guided the engineering of TPO variants (TPO) with a spectrum of signaling activities, from neutral antagonists to partial- and super-agonists. Partial agonist TPO decoupled JAK/STAT from ERK/AKT/CREB activation, driving a bias for megakaryopoiesis and platelet production without causing significant HSC expansion in mice and showing superior maintenance of human HSCs in vitro. These data demonstrate the functional uncoupling of the two primary roles of TPO, highlighting the potential utility of TPO in hematology research and clinical HSC transplantation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29644.map.gz | 96.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29644-v30.xml emd-29644.xml | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29644_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29644.png | 100.3 KB | ||
マスクデータ | emd_29644_msk_1.map emd_29644_msk_2.map | 103 MB 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29644.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_29644_additional_1.map.gz emd_29644_additional_2.map.gz emd_29644_half_map_1.map.gz emd_29644_half_map_2.map.gz | 93.2 MB 51.6 MB 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29644 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29644_validation.pdf.gz | 782.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29644_full_validation.pdf.gz | 781.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29644_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29644_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29644 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29644 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g04MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.078 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29644_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_29644_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: deepEMhancer sharpened map
ファイル | emd_29644_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpen map
ファイル | emd_29644_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpen map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29644_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29644_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Thrombopoietin signaling complex with two thrombopoietin receptor...
全体 | 名称: Thrombopoietin signaling complex with two thrombopoietin receptor chains |
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要素 |
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-超分子 #1: Thrombopoietin signaling complex with two thrombopoietin receptor...
超分子 | 名称: Thrombopoietin signaling complex with two thrombopoietin receptor chains タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Thrombopoietin
分子 | 名称: Thrombopoietin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.381322 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDGSP APPACDLRVL SKLLRDSHVL HSRLSQCPEV HPLPTPVLLP AVDFSLGEWK TQMEETKAQD ILGAVTLLLE GVMAARGQL GPTCLSSLLG QLSGQVRLLL GALQSLLGTQ LPPQGRTTAH KDPNAIFLSF QHLLRGKVRF LMLVGGSTLC V RRAPPTTA VPS UniProtKB: Thrombopoietin |
-分子 #2: Thrombopoietin receptor
分子 | 名称: Thrombopoietin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 71.493445 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: (PCA)DVSLLASDS EPLKCFSRTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYPREKPR ACPLSSQSMP HFGTRYVCQF PDQEEV RLF FPLHLWVKNV FLNQTRTQRV LFVDSVGLPA PPSIIKAMGG SQPGELQISW EEPAPEISDF LRYELRYGPR DPKNSTG PT ...文字列: (PCA)DVSLLASDS EPLKCFSRTF EDLTCFWDEE EAAPSGTYQL LYAYPREKPR ACPLSSQSMP HFGTRYVCQF PDQEEV RLF FPLHLWVKNV FLNQTRTQRV LFVDSVGLPA PPSIIKAMGG SQPGELQISW EEPAPEISDF LRYELRYGPR DPKNSTG PT VIQLIATETC CPALQRPHSA SALDQSPCAQ PTMPWQDGPK QTSPSREASA LTAEGGSCLI SGLQPGNSYW LQLRSEPD G ISLGGSWGSW SLPVTVDLPG DAVALGLQCF TLDLKNVTCQ WQQQDHASSQ GFFYHSRARC CPRDRYPIWE NCEEEEKTN PGLQTPQFSR CHFKSRNDSI IHILVEVTTA PGTVHSYLGS PFWIHQAVRL PTPNLHWREI SSGHLELEWQ HPSSWAAQET CYQLRYTGE GHQDWKVLEP PLGARGGTLE LRPRSRYRLQ LRARLNGPTY QGPWSSWSDP TRVETATETA WISLVTALHL V LGLSAVLG LLLLRWQFPA HYRRLRHALW PSLPDLHRVL GQYLRDTAAL SPPKATVSDT CEEVEPSLLE ILPKSSERTP LP LCSSQAQ MDYRRLQPSC LGTMPLSVCP PMAESGSCCT THIANHSYLP LSYWQQPAAA GAAEDQVDPR LIDGKHHHHH HHH UniProtKB: Thrombopoietin receptor |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: alpha-D-mannopyranose
分子 | 名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MAN |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-MAN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 3s blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10494 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 46382 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |