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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29607 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | HIV-2 Gag Capsid from Immature Virus-like Particles | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Postprocessed masked map. | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Retrovirus / Lentivirus / Gag / Capsid / HIV-2 / lattice / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Talledge N / Zhang W / Mansky LM | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023 タイトル: HIV-2 Immature Particle Morphology Provides Insights into Gag Lattice Stability and Virus Maturation. 著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M ...著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M Mansky / Wei Zhang / 要旨: Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus ...Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) immature particles possess a distinct and extensive Gag lattice morphology. To better understand the nature of the continuously curved hexagonal Gag lattice, we have used the single particle cryo-electron microscopy method to determine the HIV-2 Gag lattice structure for immature virions. The reconstruction map at 5.5 Å resolution revealed a stable, wineglass-shaped Gag hexamer structure with structural features consistent with other lentiviral immature Gag lattice structures. Cryo-electron tomography provided evidence for nearly complete ordered Gag lattice structures in HIV-2 immature particles. We also solved a 1.98 Å resolution crystal structure of the carboxyl-terminal domain (CTD) of the HIV-2 capsid (CA) protein that identified a structured helix 12 supported via an interaction of helix 10 in the absence of the SP1 region of Gag. Residues at the helix 10-12 interface proved critical in maintaining HIV-2 particle release and infectivity. Taken together, our findings provide the first 3D organization of HIV-2 immature Gag lattice and important insights into both HIV Gag lattice stabilization and virus maturation. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29607.map.gz | 13.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29607-v30.xml emd-29607.xml | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29607_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29607.png | 143.3 KB | ||
マスクデータ | emd_29607_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29607.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_29607_additional_1.map.gz emd_29607_half_map_1.map.gz emd_29607_half_map_2.map.gz | 218.7 MB 190.3 MB 190.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29607 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29607_validation.pdf.gz | 909.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29607_full_validation.pdf.gz | 908.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29607_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29607_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29607 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29607 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fzcMC 7tv2C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed masked map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29607_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed unmasked map.
ファイル | emd_29607_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed unmasked map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map even set.
ファイル | emd_29607_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map even set. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map odd set.
ファイル | emd_29607_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map odd set. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)
全体 | 名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: HIV-2 VLPs generated by Gag co-overexpressed with HIV-2 Env in Hek293T cells and purified from media supernatant NCBI-ID: 11720 生物種: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 2100.0 Å |
-分子 #1: Spacer peptide 2
分子 | 名称: Spacer peptide 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.109822 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SPRTLNAWVK LVEEKKFGAE VVPGFQALSE GCTPYDINQM LNCVGDHQAA MQIIREIINE EAAEWDVQHP IPGPLPAGQL REPRGSDIA GTTSTVEEQI QWMFRPQNPV PVGNIYRRWI QIGLQKCVRM YNPTNILDIK QGPKEPFQSY VDRFYKSLRA E QTDPAVKN ...文字列: SPRTLNAWVK LVEEKKFGAE VVPGFQALSE GCTPYDINQM LNCVGDHQAA MQIIREIINE EAAEWDVQHP IPGPLPAGQL REPRGSDIA GTTSTVEEQI QWMFRPQNPV PVGNIYRRWI QIGLQKCVRM YNPTNILDIK QGPKEPFQSY VDRFYKSLRA E QTDPAVKN WMTQTLLVQN ANPDCKLVLK GLGMNPTLEE MLTACQGVGG PGQKARLMAE ALKEVI UniProtKB: Gag polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCL pH 8.0, 1mM EDTA | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Leica ACE600 Glow Discharger. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2 Grid Plunger.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 2508 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |