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万見
- EMDB-29541: Structure of neck with portal vertex of capsid of Agrobacterium p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29541
タイトルStructure of neck with portal vertex of capsid of Agrobacterium phage Milano
マップデータ
試料
  • ウイルス: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Linking protein 2, gp128
    • タンパク質・ペプチド: Neck 1 protein, gp14
    • タンパク質・ペプチド: Neck 2 protein, gp15
    • タンパク質・ペプチド: Linking protein 1, gp16
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein, gp9
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein, gp10
    • タンパク質・ペプチド: Collar sheath protein, gp13
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein, gp7
    • タンパク質・ペプチド: Tail-terminator protein, gp18
    • タンパク質・ペプチド: Tail-tube, gp21
キーワードMyophage / redox trigger / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain / Bacteriophage SPP1, head-tail adaptor superfamily / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein / : / Phage capsid / Phage capsid family
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion-associated protein / Head completion protein / Virion-associated protein / Virion-associated protein / Major capsid protein / Portal protein / Virion-associated protein / Virion-associated protein / Head-to-tail connector complex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium phage Milano (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Sonani RR / Wang F / Esteves NC / Kelly RJ / Sebastian A / Kreutzberger MAB / Leiman PG / Scharf BE / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Neck and capsid architecture of the robust Agrobacterium phage Milano.
著者: Ravi R Sonani / Nathaniel C Esteves / Abigail A Horton / Rebecca J Kelly / Amanda L Sebastian / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Petr G Leiman / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is ...Large gaps exist in our understanding of how bacteriophages, the most abundant biological entities on Earth, assemble and function. The structure of the "neck" region, where the DNA-filled capsid is connected to the host-recognizing tail remains poorly understood. We describe cryo-EM structures of the neck, the neck-capsid and neck-tail junctions, and capsid of the Agrobacterium phage Milano. The Milano neck 1 protein connects the 12-fold symmetrical neck to a 5-fold vertex of the icosahedral capsid. Comparison of Milano neck 1 homologs leads to four proposed classes, likely evolved from the simplest one in siphophages to more complex ones in myo- and podophages. Milano neck is surrounded by the atypical collar, which covalently crosslinks the tail sheath to neck 1. The Milano capsid is decorated with three types of proteins, a minor capsid protein (mCP) and two linking proteins crosslinking the mCP to the major capsid protein. The extensive network of disulfide bonds within and between neck, collar, capsid and tail provides an exceptional structural stability to Milano.
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29541.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 600 pix.
= 648. Å		1.08 Å/pix.
x 600 pix.
= 648. Å		1.08 Å/pix.
x 600 pix.
= 648. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.26988322 - 0.48266962
平均 (標準偏差)-0.0010759807 (±0.03429753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 648.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29541_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29541_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Agrobacterium phage Milano

全体名称: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
要素
  • ウイルス: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Linking protein 2, gp128
    • タンパク質・ペプチド: Neck 1 protein, gp14
    • タンパク質・ペプチド: Neck 2 protein, gp15
    • タンパク質・ペプチド: Linking protein 1, gp16
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein, gp9
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein, gp10
    • タンパク質・ペプチド: Collar sheath protein, gp13
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein, gp7
    • タンパク質・ペプチド: Tail-terminator protein, gp18
    • タンパク質・ペプチド: Tail-tube, gp21

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超分子 #1: Agrobacterium phage Milano

超分子名称: Agrobacterium phage Milano / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2557550 / 生物種: Agrobacterium phage Milano / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)

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分子 #1: Linking protein 2, gp128

分子名称: Linking protein 2, gp128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 25 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 3.942762 KDa
配列文字列:
MVKLNCRPLC QAPTASRLVS PPCFICRGVA PSAPVTPG

+
分子 #2: Neck 1 protein, gp14

分子名称: Neck 1 protein, gp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 22.255439 KDa
配列文字列: MNLDTLLPLQ TIREHAKCDD NPRVTDDLLK LYREAAFEAA ELYTGLSFTP EKTIVEPIRL KGRRGKIILS ATPIAGRPVV FYGGGLGSP LELIPRPGSN VLFFPYGSPD RFQTWGDCHT CDVESQLMAT YVTGRRCENS VPAGIIIGIL KLIAWNINNP G DEVMSVRN ...文字列:
MNLDTLLPLQ TIREHAKCDD NPRVTDDLLK LYREAAFEAA ELYTGLSFTP EKTIVEPIRL KGRRGKIILS ATPIAGRPVV FYGGGLGSP LELIPRPGSN VLFFPYGSPD RFQTWGDCHT CDVESQLMAT YVTGRRCENS VPAGIIIGIL KLIAWNINNP G DEVMSVRN TLNANAQGLI GGTNNGAVIS GAQDEWFRYR RVLL

UniProtKB: Head-to-tail connector complex protein

+
分子 #3: Neck 2 protein, gp15

分子名称: Neck 2 protein, gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 16.052353 KDa
配列文字列:
MRTADRKHRV IVCSQQSDVD DEGRLLITRA GVIQGWAAIA PVKAIRFSQD GVSMQKDTMQ PTHDITMNYN PDVNVSVSAW VYEHRLKSP PRWFKVLSVV NVDECSRYMK IRCRLVETSD DVTPPVEEEK NSFGAVKIDI PL

UniProtKB: Head completion protein

+
分子 #4: Linking protein 1, gp16

分子名称: Linking protein 1, gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 22.913605 KDa
配列文字列: MDCRNLCGAA APSRLVQPGC FICRGVAVSI PPAAPGPATS VFDTPPSTFS LRPDGTIIAG TGIRGDHASV GTDGTIEMFI VPFIGDVTG SELTHPYAVE LQDGEELAIA FGVTLKSGYG ARITEYYDVS LFLENGGNSK ELTLQPANTK SGYVWSDGHG Y NITDSDGD ...文字列:
MDCRNLCGAA APSRLVQPGC FICRGVAVSI PPAAPGPATS VFDTPPSTFS LRPDGTIIAG TGIRGDHASV GTDGTIEMFI VPFIGDVTG SELTHPYAVE LQDGEELAIA FGVTLKSGYG ARITEYYDVS LFLENGGNSK ELTLQPANTK SGYVWSDGHG Y NITDSDGD LHTVQNVTRP VWFEMTEPGI VGVIMEARYK ATGLVSSSIS ITVNVTYAD

UniProtKB: Virion-associated protein

+
分子 #5: Major capsid protein, gp9

分子名称: Major capsid protein, gp9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 52.037324 KDa
配列文字列: MANKESELNG LDDIHSDIEK LSAHVEKFSD GMDEKYKELT ARFDGVKGDN DAIRKAVADA TKEYAELSAK HQFFTEELAA MKARLDTPI MRSQAELDDH DRKTAIQLQR NMHEFRGGDP KEFVADESNL VDLKAYRSAV RKMLKVGIES KERVIASMTD V ERKAFEAS ...文字列:
MANKESELNG LDDIHSDIEK LSAHVEKFSD GMDEKYKELT ARFDGVKGDN DAIRKAVADA TKEYAELSAK HQFFTEELAA MKARLDTPI MRSQAELDDH DRKTAIQLQR NMHEFRGGDP KEFVADESNL VDLKAYRSAV RKMLKVGIES KERVIASMTD V ERKAFEAS TIGPAFFTPQ VLALEVDCNI ECASLLDLYG QIEVSRSTFT YMKIADYGQL GEYTCDAKCD AEFGEPGNIR HL EGKTYDY RGVFCFNRKN LQEANYDFLS FMIGAAQRSH RINRNQALMI GKGVNEPKGW LTENCFPVFQ TLPVDVNGTS TPA FLAQDW RRFVTSFPAE YGEARSVMHQ NVFGYLAAMV DANGRFLFGD GDLTFTPDLV RERIRISNCL PDPTEGNTKG GTGQ DAFAA GSFVAAQAAW KTAFYAVEKR PMFFEQYEGG SSAWCVKYQF GAEDGGFVGC CEHGRILQIG

UniProtKB: Major capsid protein

+
分子 #6: Minor capsid protein, gp10

分子名称: Minor capsid protein, gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 14.54829 KDa
配列文字列:
MNFNVGVDFP SFIAWDGEES FPVKVDGFNQ FGFTFKTIAA LTAATTFNIF YHEPSDADPC VPGPAIRVPE VPFCDTVLLS EDGLAAVTL PETVTPDSFC AGTVPCMNGQ WISIAPATGS ETNAANVQIT VTMKGATR

UniProtKB: Virion-associated protein

+
分子 #7: Collar sheath protein, gp13

分子名称: Collar sheath protein, gp13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 24.490402 KDa
配列文字列: MYFFSVDPRN GASKSGDVCG SCCCESISAR PGEVNGVMVS YAAWSAPLRG HGLTNKTTFE IDGVSVTPPK VSNAFGRTKV GVVFEGTLS DLFPNPEGEQ VEYEISELNG PSNGVVELGA NGAFTYTPGA LFTGVDRFWF SINGNIGEYV ISVDPTTSEL P QPPFTTPV ...文字列:
MYFFSVDPRN GASKSGDVCG SCCCESISAR PGEVNGVMVS YAAWSAPLRG HGLTNKTTFE IDGVSVTPPK VSNAFGRTKV GVVFEGTLS DLFPNPEGEQ VEYEISELNG PSNGVVELGA NGAFTYTPGA LFTGVDRFWF SINGNIGEYV ISVDPTTSEL P QPPFTTPV YVPAARRSVD PRTHVLKFVL GVSPAAIPGD VYRLTVRQVA IDCDGNEFVH ISCYDISIGS CG

UniProtKB: Virion-associated protein

+
分子 #8: Portal protein, gp7

分子名称: Portal protein, gp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 45.840844 KDa
配列文字列: MLGIPLLTRK AALTPPAPSA NPAKIFIRRF FSAGVAKNVV SYSNVMAAQR AMEHPVAFRC LDKLGLTVQS VKWDVGKDPQ NTQVGDGGM SASQRKALQQ ILQRPNPTMS GAQLRYSAAL SWACFGRMAF KVSVMSDGSV NAIWPLGIPF LKQKFDRYGD V ESFQYGDE ...文字列:
MLGIPLLTRK AALTPPAPSA NPAKIFIRRF FSAGVAKNVV SYSNVMAAQR AMEHPVAFRC LDKLGLTVQS VKWDVGKDPQ NTQVGDGGM SASQRKALQQ ILQRPNPTMS GAQLRYSAAL SWACFGRMAF KVSVMSDGSV NAIWPLGIPF LKQKFDRYGD V ESFQYGDE AGKETIPSFT KVEKNDKGRP IKNYAFMIVK PSINGAMNFD VQNTPLQAIG VPVALYDALM ARAIDSADGT PN SKWLVTA SRDLDDGQAK EVKEGIEETK PGGDNGGEII FIAGTDVKVQ EMKNDLSDIH SKVPLDDQAR TIAGNFGIPI ALL GFAGAD GSKFANNYDE SRKAFFEDTI EPGYLTPLED GFSMFLCGAG YRVIFDRDSI PALRKSRADI AATYDKVTFI TEEE KREVT GWPAKKEGQT QNDDA

UniProtKB: Portal protein

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分子 #9: Tail-terminator protein, gp18

分子名称: Tail-terminator protein, gp18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 20.268541 KDa
配列文字列:
METKLTYGNR VTLPEFAKYI VAPAFHEIEG RAIPVTGVDD DASGTQATKL PFVLVGLRQG DTSGPATIAG NSTINLRDDF IVEFNMKKE RYRDRKGGET PFFSYYDYES IRDRLFNSMI EFSGEHGITF EFVSLDISTE GDVVYIEFRF RQNYEWCETV R EADTTIEA GRFSINLQGC

UniProtKB: Virion-associated protein

+
分子 #10: Tail-tube, gp21

分子名称: Tail-tube, gp21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium phage Milano (ファージ)
分子量理論値: 14.673427 KDa
配列文字列:
MACNKQNGVK NILITFTDCD TQEVIGPISH EQPDDTLPTY KNCAWTNTAL TNGYVQRSAS NATMTLPVVR DLRVPLAFYQ GCAQVDVQV EKFDGTVMTL TEGAVVEPEE SDGRSVTMNI VASEIDELLP PGSLAAA

UniProtKB: Virion-associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8fwg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10083
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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