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- EMDB-29511: CryoEM structure of Human ABCB6 Transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29511
タイトルCryoEM structure of Human ABCB6 Transporter
マップデータ
試料
  • 複合体: Two chains make the complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family B member 6
キーワードTransporter / ABC transporter / Mitochondrial transporter / ATPase / phorphyrin transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process / heme transport ...Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process / heme transport / melanosome assembly / ABC-type heme transporter activity / heme transmembrane transport / melanosome membrane / multivesicular body membrane / mitochondrial envelope / endolysosome membrane / vacuolar membrane / skin development / efflux transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / brain development / transmembrane transport / early endosome membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular iron ion homeostasis / endosome / Golgi membrane / lysosomal membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family B member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shaik MM / Myasnikov A
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Human ABCB6 Transporter
著者: Shaik MM / Myasnikov A
履歴
登録2023年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 288 pix.
= 311.04 Å		1.08 Å/pix.
x 288 pix.
= 311.04 Å		1.08 Å/pix.
x 288 pix.
= 311.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-1.3644162 - 2.7335339
平均 (標準偏差)0.005453707 (±0.07848466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 311.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two chains make the complex

全体名称: Two chains make the complex
要素
  • 複合体: Two chains make the complex
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family B member 6

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超分子 #1: Two chains make the complex

超分子名称: Two chains make the complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family B member 6

分子名称: ATP-binding cassette sub-family B member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type heme transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.971133 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVTVGNYCEA EGPVGPAWMQ DGLSPCFFFT LVPSTRMALG TLALVLALPC RRRERPAGAD SLSWGAGPRI SPYVLQLLLA TLQAALPLA GLAGRVGTAR GAPLPSYLLL ASVLESLAGA CGLWLLVVER SQARQRLAMG IWIKFRHSPG LLLLWTVAFA A ENLALVSW ...文字列:
MVTVGNYCEA EGPVGPAWMQ DGLSPCFFFT LVPSTRMALG TLALVLALPC RRRERPAGAD SLSWGAGPRI SPYVLQLLLA TLQAALPLA GLAGRVGTAR GAPLPSYLLL ASVLESLAGA CGLWLLVVER SQARQRLAMG IWIKFRHSPG LLLLWTVAFA A ENLALVSW NSPQWWWARA DLGQQVQFSL WVLRYVVSGG LFVLGLWAPG LRPQSYTLQV HEEDQDVERS QVRSAAQQST WR DFGRKLR LLSGYLWPRG SPALQLVVLI CLGLMGLERA LNVLVPIFYR NIVNLLTEKA PWNSLAWTVT SYVFLKFLQG GGT GSTGFV SNLRTFLWIR VQQFTSRRVE LLIFSHLHEL SLRWHLGRRT GEVLRIADRG TSSVTGLLSY LVFNVIPTLA DIII GIIYF SMFFNAWFGL IVFLCMSLYL TLTIVVTEWR TKFRRAMNTQ ENATRARAVD SLLNFETVKY YNAESYEVER YREAI IKYQ GLEWKSSASL VLLNQTQNLV IGLGLLAGSL LCAYFVTEQK LQVGDYVLFG TYIIQLYMPL NWFGTYYRMI QTNFID MEN MFDLLKEETE VKDLPGAGPL RFQKGRIEFE NVHFSYADGR ETLQDVSFTV MPGQTLALVG PSGAGKSTIL RLLFRFY DI SSGCIRIDGQ DISQVTQASL RSHIGVVPQD TVLFNDTIAD NIRYGRVTAG NDEVEAAAQA AGIHDAIMAF PEGYRTQV G ERGLKLSGGE KQRVAIARTI LKAPGIILLD EATSALDTSN ERAIQASLAK VCANRTTIVV AHRLSTVVNA DQILVIKDG CIVERGRHEA LLSRGGVYAD MWQLQQGQEE TSEDTKPQTM ERDYKDDDDK

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family B member 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
0.03 percentC24H46O11DDM
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5133 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 77.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 61200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 900000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: MODEL BUILD USING ITASSER SERVER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 9.03) / 使用した粒子像数: 58000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 9.03)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 9.03)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 60000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 9.03)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 200
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8fwk:
CryoEM structure of Human ABCB6 Transporter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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