+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29497 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | mTOR complex 1 (mTORC1) / Rag GTPase / Gtr GTPase / LAMTOR / GATOR1 / nutrient sensing / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GATOR1 complex / aorta morphogenesis / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / cardiac muscle tissue development / vacuolar membrane / ventricular septum development / negative regulation of kinase activity / roof of mouth development / positive regulation of autophagy ...GATOR1 complex / aorta morphogenesis / TORC1 signaling / Amino acids regulate mTORC1 / cardiac muscle tissue development / vacuolar membrane / ventricular septum development / negative regulation of kinase activity / roof of mouth development / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / small GTPase binding / lysosome / intracellular signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Tettoni SD / Egri SB / Doxsey DD / Ouch C / Chang J / Song K / Xu C / Shen K | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structure of the Schizosaccharomyces pombe Gtr-Lam complex reveals evolutionary divergence of mTORC1-dependent amino acid sensing. 著者: Steven D Tettoni / Shawn B Egri / Dylan D Doxsey / Kristen Veinotte / Christna Ouch / Jeng-Yih Chang / Kangkang Song / Chen Xu / Kuang Shen / 要旨: mTORC1 is a protein kinase complex that controls cellular growth in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted toward mTORC1 via the Rag/Gtr GTPases and their upstream ...mTORC1 is a protein kinase complex that controls cellular growth in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted toward mTORC1 via the Rag/Gtr GTPases and their upstream regulators. An important regulator is LAMTOR, which localizes Rag/Gtr on the lysosomal/vacuole membrane. In human cells, LAMTOR consists of five subunits, but in yeast, only three or four. Currently, it is not known how variation of the subunit stoichiometry may affect its structural organization and biochemical properties. Here, we report a 3.1 Å-resolution structural model of the Gtr-Lam complex in Schizosaccharomyces pombe. We found that SpGtr shares conserved architecture as HsRag, but the intersubunit communication that coordinates nucleotide loading on the two subunits differs. In contrast, SpLam contains distinctive structural features, but its GTP-specific GEF activity toward SpGtr is evolutionarily conserved. Our results revealed unique evolutionary paths of the protein components of the mTORC1 pathway. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29497.map.gz | 197.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-29497-v30.xml emd-29497.xml | 26.2 KB 26.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29497.png | 141.5 KB | ||
その他 | emd_29497_half_map_1.map.gz emd_29497_half_map_2.map.gz | 194.3 MB 194.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29497 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29497_validation.pdf.gz | 853.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_29497_full_validation.pdf.gz | 853.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29497_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29497_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fw5MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29497_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29497_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
+超分子 #1: Chimeric HsGATOR1-SpGtr-SpLam complex
+分子 #1: GATOR complex protein DEPDC5
+分子 #2: GATOR complex protein NPRL2
+分子 #3: GATOR complex protein NPRL3
+分子 #4: GTP-binding protein Gtr1
+分子 #5: GTP-binding protein Gtr2
+分子 #6: Schizosaccharomyces pombe LAM1, Human LAMTOR1 ortholog
+分子 #7: Schizosaccharomyces pombe LAM2, Human LAMTOR2 ortholog
+分子 #8: Schizosaccharomyces pombe LAM3, Human LAMTOR3 ortholog
+分子 #9: Schizosaccharomyces pombe LAM4, Human LAMTOR5 ortholog
+分子 #10: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #11: ALUMINUM FLUORIDE
+分子 #12: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 659887 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |