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- EMDB-29495: 40S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29495
タイトル40S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome
マップデータMain map for building the body of the 40S subunit.
試料
  • 複合体: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 4種
キーワードGiardia lamblia / Ribosome structure / Translation / parasite / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily ...Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Beta-grasp domain superfamily / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S29A / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 ...40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S29A / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S10B / Small ribosomal subunit protein eS1 / Ribosomal protein S12 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S14 / SSU ribosomal protein S7P / SSU ribosomal protein S12P / 40S ribosomal protein S7 / SSU ribosomal protein S19E / SSU ribosomal protein S17P / SSU ribosomal protein S8P
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Eiler DR / Wimberly BT / Bilodeau DY / Rissland OS / Kieft JS
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI149210 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128680 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The Giardia lamblia ribosome structure reveals divergence in several biological pathways and the mode of emetine function.
著者: Daniel R Eiler / Brian T Wimberly / Danielle Y Bilodeau / J Matthew Taliaferro / Philip Reigan / Olivia S Rissland / Jeffrey S Kieft /
要旨: Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure ...Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure of the G. lamblia 80S ribosome bound to tRNA, mRNA, and the antibiotic emetine by cryo-electron microscopy, to an overall resolution of 2.49 Å. The structure reveals rapidly evolving protein and nucleotide regions, differences in the peptide exit tunnel, and likely altered ribosome quality control pathways. Examination of translation initiation factor binding sites suggests these interactions are conserved despite a divergent initiation mechanism. Highlighting the potential of G. lamblia to resolve conserved biological principles; our structure reveals the interactions of the translation inhibitor emetine with the ribosome and mRNA, thus providing insight into the mechanism of action for this widely used antibiotic. Our work defines key questions in G. lamblia and motivates future experiments to explore the diversity of eukaryotic gene regulation.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29495.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map for building the body of the 40S subunit.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8211 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0895
最小 - 最大-1.459785 - 3.9904838
平均 (標準偏差)-0.0012536786 (±0.15223372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 369.495 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Main map for building the head of the 40S subunit.

ファイルemd_29495_additional_1.map
注釈Main map for building the head of the 40S subunit.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Main map for refinement of the 40S subunit.

ファイルemd_29495_additional_2.map
注釈Main map for refinement of the 40S subunit.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of focused refinement P191 J466 Focused Head 2p94.mrc

ファイルemd_29495_half_map_1.map
注釈Half map of focused refinement P191_J466_Focused_Head_2p94.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of focused refinement P191 J466 Focused Head 2p94.mrc

ファイルemd_29495_half_map_2.map
注釈Half map of focused refinement P191_J466_Focused_Head_2p94.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage ...

全体名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
要素
  • 複合体: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein SA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: SSU ribosomal protein S7P (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S10B
    • タンパク質・ペプチド: SSU ribosomal protein S17P
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: SSU ribosomal protein S19E (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: SSU ribosomal protein S8P (Fragment)
    • タンパク質・ペプチド: SSU ribosomal protein S12P
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S24
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S28
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S29A
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S27a
    • RNA: tRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: emetine
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage ...

超分子名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#34
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)

+
分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 470.516812 KDa
配列文字列: CAUCCGGUCG AUCCUGCCGG AGCGCGACGC UCUCCCCAAG GACGAAGCCA UGCAUGCCCG CUCACCCGGG ACGCGGCGGA CGGCUCAGG ACAACGGUUG CACCCCCCGC GGCGGUCCCU GCUAGCCGGA CACCGCUGGC AACCCGGCGC CAAGACGUGC G CGCAAGGG ...文字列:
CAUCCGGUCG AUCCUGCCGG AGCGCGACGC UCUCCCCAAG GACGAAGCCA UGCAUGCCCG CUCACCCGGG ACGCGGCGGA CGGCUCAGG ACAACGGUUG CACCCCCCGC GGCGGUCCCU GCUAGCCGGA CACCGCUGGC AACCCGGCGC CAAGACGUGC G CGCAAGGG CGGGCGCCCG CGGGCGAGCA GCGUGACGCA GCGACGGCCC GCCCGGGCUU CCGGGGCAUC ACCCGGUCGG CG CGGUCGC GGCGCGCCGA GGGCCCGACG CCUGGCGGAG AAUCAGGGUU CGACUCCGGA GAGCGGGCCU GCGAGACGGC CCG CACAUC CAAGGACGGC AGCAGGCGCG GAACUUGCCC AAUGCGCGGC GCGCGAGGCA GCGACGGGGA GCGCGCGAGC GAGG CGGGC CCACAGCCCC CGCCGCGGAG CCGAGGGCAA GGUCUGGUGC CAGCAGCCGC GGUAAUUCCA GCUCGGCGAG CGUCG CGCG GCGCUGCUGC AGUUGAAACG CCCGUAGUUG GCCCCCCGCC GCCACGAGGA AACGGGAGCG CUCCAGGCAG GCCCGU UGG ACCCGCCGCG UGGGACCGCG CAGCGGGCGC GGCGCGCCGC GGCAGCCCCG AGGAGAGCGG GCGGGGGCAC CGGUACC GG CCGGGGACGG GUGAAACAGG AUGAUCCCGC CGAGACCGCC GGCCGCGCAG GCGCCUGCCA AGACCGCCUC UGUCAAUC A AGGGCGAAGG CCGGGGGCUA GAAGGCGAUC AGACACCACC GUAUUCCCGG CCGUAAACGG UGCCGCCCCG CGGCCGGCG CGCGCGUCCC GCCGGCCGCC CAGGGAAACC GGGAGGCUCC GGGCUCUGGG GGGAGUAUGG CCGCAAGGCU GAAACUUGAA GGCAUUGAC GGAGGGGUAC CACCAGACGU GGAGUCUGCG GCUCAAUCUG ACCCAACGCG CGCACCUCAC CAGGCCCGGA C GCGCGGAG GACCGACAGC CGGGCGCGCU UUCGCGAUCG CGCGGGCGGU GGUGCAUGGC CGCUCCCAGC CCGUGGCGCG AG CCGUCUG CUCCAUUGCG ACAACGAGCG AGACCCCGGC CGCGGGCGCC GCGGGACGGC CCGCGCGAGC GGGAGGACGG CGG GGCGAU AGCAGGUCUG UGAUGCCCUC AGACGCCCUG GGCCGCACGC GCGCUACACU GGCGGGGCCA GCCGGCGCCC GCGA GGACG CGCGGAGCCC CCGCCGUGGC CGGGACCGCG GGCUGGAACG CCCCCGCGCA CCAGGAAUGU CUUGUAGGCG CCCGC CCCC ACCGCGCGCC GGACGCGUCC CUGCCCCUUG UACACACCGC CCGUCGCUCC UACCGACUGG GCGCGGCGGC GAGCGC CCC GGACGCGCGA AGGGCCGCGA GCCCCCGCGC CUGGAGGAAG GAGAAGUCGU AACAAGGUAU CCGUAGGUGA ACCUGCG GA UGGAUCCCU

GENBANK: GENBANK: CP110916.1

+
分子 #32: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 23.749051 KDa
配列文字列:
GGGUAAUUGG CGCAGUUGGU UAGCGCGCGG GUCUCAUAAU CCCGAGCUCG UGAGUUCGAU CCGCACAUUC CCCA

+
分子 #2: 40S ribosomal protein SA

分子名称: 40S ribosomal protein SA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 28.101803 KDa
配列文字列: MSTEKTSQAS KEYQLKEADV KKMLVATTHL GVRNIDRRMQ FYIFDRQKDG TFVFNLQKVW AKIVFAARIL VTIDDPAEIA VVANRPDAQ RAILKFCKYT HATAFPGRFI PGNFTNRMNP NYCEPRLLLV NDPVVDRQAI LEASYVNIPT ISLCNSDANL K FIDVAIPC ...文字列:
MSTEKTSQAS KEYQLKEADV KKMLVATTHL GVRNIDRRMQ FYIFDRQKDG TFVFNLQKVW AKIVFAARIL VTIDDPAEIA VVANRPDAQ RAILKFCKYT HATAFPGRFI PGNFTNRMNP NYCEPRLLLV NDPVVDRQAI LEASYVNIPT ISLCNSDANL K FIDVAIPC NNKTPMSIGL IYWLLAREVL RLKGSISRTE EWDVKPDLFV ALPEEIPDEE ESEDFYDDDE EEDEEFSAGN GN LFDEY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S3a

分子名称: 40S ribosomal protein S3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 28.413148 KDa
配列文字列: MAIGGNKTGK KKITQRKNPD PYLKKEWYPV IAPAHFKSRH IGQTPVTKTA GLRVATDVIN HRVYEVNLGD LNPGAEDLNG NTKFYLQTQ LVSDGKCLTN FHGMDITRHK YGSLFRKGCD CIDVFMDIPT TDGYLLRVFV IAFTDRFRFQ RRKNCHVKGR V IRMMRAGI ...文字列:
MAIGGNKTGK KKITQRKNPD PYLKKEWYPV IAPAHFKSRH IGQTPVTKTA GLRVATDVIN HRVYEVNLGD LNPGAEDLNG NTKFYLQTQ LVSDGKCLTN FHGMDITRHK YGSLFRKGCD CIDVFMDIPT TDGYLLRVFV IAFTDRFRFQ RRKNCHVKGR V IRMMRAGI YETLHNELGK VSIPVLVTKL SNFEVNAKLT EALQKITMCR DVMIRRVKVV KRPRNTMELL STMHDSNQVR NL AEGQSIQ Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: Ribosomal protein S2

分子名称: Ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 26.765695 KDa
配列文字列: MQAESAPRPE RPERGERGPR QMEEEEWHPS TKLGRLVKAG KIESLYDIFK YSLPIKETEI IDYFFPKSEL AEEVCNIMSV QKQTTAGQR TRFRAHVIVG NRDGFIGYGA GVSKEVANAI KKAAKNARLN IVPVRRGFWG GKLGDPHTVS SKLSGKCGSV R VRLIPAPR ...文字列:
MQAESAPRPE RPERGERGPR QMEEEEWHPS TKLGRLVKAG KIESLYDIFK YSLPIKETEI IDYFFPKSEL AEEVCNIMSV QKQTTAGQR TRFRAHVIVG NRDGFIGYGA GVSKEVANAI KKAAKNARLN IVPVRRGFWG GKLGDPHTVS SKLSGKCGSV R VRLIPAPR GAGIVASPTV AKVLEFAGVS DVFTRQSGHS RTLMNSVGAV YNALKSSYSI LTPDLWKKEQ LDHVQDIRTM SL AD

UniProtKB: Ribosomal protein S2

+
分子 #5: Ribosomal protein S3

分子名称: Ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 24.779148 KDa
配列文字列: MPRIVRRDEE NVYYSKYLND CIMEAELHEF FSRELVDAGY ASCSLCRTID SICVIIQCAE PEVVMGDNHY RLHKIEYLLA GRFMCDPKN FNIWVDKIIK RGLSAEIMVD NLRAKLEEAM PIRRAAYSII RTAMRAGAAG CEVIVAGKLR AQRARANKFK E GCLISTGH ...文字列:
MPRIVRRDEE NVYYSKYLND CIMEAELHEF FSRELVDAGY ASCSLCRTID SICVIIQCAE PEVVMGDNHY RLHKIEYLLA GRFMCDPKN FNIWVDKIIK RGLSAEIMVD NLRAKLEEAM PIRRAAYSII RTAMRAGAAG CEVIVAGKLR AQRARANKFK E GCLISTGH PKRIFLAEAT RHIKMRQGVI GVKVRIYNPN IRGAVMPDKI EIGAFSRQK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 30.464781 KDa
配列文字列: MARGVRKHLK RLNAPKHWLL DKMGGIWAPR PTNGPHGLRE CIPLILILRN RLHYANTYAE TSMILQDKNV LIDGKPRTDP TFPVGFMDV FEIPKVHKTF RVLYDVKGRF TLVPIQSNEA GFKLCRVQKI FLGDKGMPYL STHDARTIRF PHPDIKTNDT I KINLKTGK ...文字列:
MARGVRKHLK RLNAPKHWLL DKMGGIWAPR PTNGPHGLRE CIPLILILRN RLHYANTYAE TSMILQDKNV LIDGKPRTDP TFPVGFMDV FEIPKVHKTF RVLYDVKGRF TLVPIQSNEA GFKLCRVQKI FLGDKGMPYL STHDARTIRF PHPDIKTNDT I KINLKTGK IDEWYKFDIG KIVMVTGGRN CGRIGTIQAI DKHMGSYTMI RMKDTEGTEF LTRLCNVFVI GNDSPAVAIP TT KGIRPDI IKNRELRLRS IAKRGGGASY E

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #7: SSU ribosomal protein S7P (Fragment)

分子名称: SSU ribosomal protein S7P (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 21.058275 KDa
配列文字列: MSLEVALFNK WPLTDVKCQD ESLEAYISID NHSFVPHSAG RWSAKRFRKA KCPVVERLTN SLMMHGRNSG KKLMAMKTVG EAFELINLY TGKNPVQVLV DAVANSGPRE DSCRIGKGGQ VRRQSVDVSP LRRVNIGIYN IATGARKAAF RKVRPFAECL A EEIMNAAA ...文字列:
MSLEVALFNK WPLTDVKCQD ESLEAYISID NHSFVPHSAG RWSAKRFRKA KCPVVERLTN SLMMHGRNSG KKLMAMKTVG EAFELINLY TGKNPVQVLV DAVANSGPRE DSCRIGKGGQ VRRQSVDVSP LRRVNIGIYN IATGARKAAF RKVRPFAECL A EEIMNAAA GADKSYAISQ RNSVERIAVS NR

UniProtKB: SSU ribosomal protein S7P

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 28.084123 KDa
配列文字列: MPKGSFCKVN ISNPVTGANK SLMIEDFRKS QTIHGLRMAS EFDGAALGEE YAGCTFRITG GNDAQGFPMY QGVLKSQRAR LLLRQGAKC YLHRRNGERK RKSIRGCIVG PDLHALSVVL VDAGDKTLPG LTDVVVPKRL VPKRASKIRR LFGLPTTKVD P KDQMLVCE ...文字列:
MPKGSFCKVN ISNPVTGANK SLMIEDFRKS QTIHGLRMAS EFDGAALGEE YAGCTFRITG GNDAQGFPMY QGVLKSQRAR LLLRQGAKC YLHRRNGERK RKSIRGCIVG PDLHALSVVL VDAGDKTLPG LTDVVVPKRL VPKRASKIRR LFGLPTTKVD P KDQMLVCE LIKELGHEVT LKNGEKKLKY PKVQRVVTDE KYARKQRVIA EKKEIMRKSL QQLEEYKALL SRMGKQHNIR IY KPAKRTV E

UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 23.072963 KDa
配列文字列: MNFHLTRSIP SMTFPAQRKI RKPFEKLSEL EKQVAGTLLK LEDDPDLREM GLGTLYISSV KEIAVDGDKK AAVVYVPYPM LQSFQKNSE ALILKLEKNH SGHRFIIVAN RTIMKNAYVF TGKKSIRRPR SRTMTSVYNC ILDDICYPIH VIGKRTLYPA G SNPRLQVV ...文字列:
MNFHLTRSIP SMTFPAQRKI RKPFEKLSEL EKQVAGTLLK LEDDPDLREM GLGTLYISSV KEIAVDGDKK AAVVYVPYPM LQSFQKNSE ALILKLEKNH SGHRFIIVAN RTIMKNAYVF TGKKSIRRPR SRTMTSVYNC ILDDICYPIH VIGKRTLYPA G SNPRLQVV LPKAVYNEVS ERTKTYSAVY KALTERDTEF IFM

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 19.451555 KDa
配列文字列:
MGITHDKMYK RSKTGAVQGK WHKKRKYNLG RQPANTKLIV KVTSKKNEGQ KISTIRCRGG NIKRRALRLS HGSFAWGSAD ISHKARILQ VVYNSTSNEL VRTNTLVKGC VVQIDSAPFK SALSNDTLDK EILDQIRGDH ILARISSRPG QVGTADGYIL E GPELLFYQ KKLAPK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #11: Ribosomal protein S9

分子名称: Ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 21.699322 KDa
配列文字列: MPRISRHRNS SKTYSTPKKP FTKPRLDAEL KLCGEYGLKC KREIYRARYM LAKIRRTARN LLTLDENDIK RRFEGAALLR RLHMLGILD EEKDQLDYVL GLRIEDIFKR RLQSVIVESK LAKSVHHARN MIKARHISVG GQIVNIPSYM VRISNTSRVA I ADTSSLAP ...文字列:
MPRISRHRNS SKTYSTPKKP FTKPRLDAEL KLCGEYGLKC KREIYRARYM LAKIRRTARN LLTLDENDIK RRFEGAALLR RLHMLGILD EEKDQLDYVL GLRIEDIFKR RLQSVIVESK LAKSVHHARN MIKARHISVG GQIVNIPSYM VRISNTSRVA I ADTSSLAP NGKPGRTKRA AARRQSSGDN E

UniProtKB: Ribosomal protein S9

+
分子 #12: Ribosomal protein S10B

分子名称: Ribosomal protein S10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.406633 KDa
配列文字列:
MVHIPKAVYK AVYAHLYENA SLALKEYWRV GNVPGITYVD ENGKLCNPTY LHVNCIMQSL ESRGVVKDTF AWRHHYYLLT EKGEQFIRK ELDLTDDVLP TPYSKPSIKP PQYAQCFSSK GKPDRAPQPK PDEAK

UniProtKB: Ribosomal protein S10B

+
分子 #13: SSU ribosomal protein S17P

分子名称: SSU ribosomal protein S17P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 23.160898 KDa
配列文字列: MSATKDKQQS NAGAKVGGRH PLRPDPDRER RALERAETLR KAAYEMAENQ HERAYHKQSQ IFQGRFLRKD NARCLRFYKS IGMGYHTPI TAINGTYIDK KCPFTGNVSI RGRILRGVVH SAKMQRSIIV RRDYLHFVQK YKRYERRHKH VAAHLSPCFR V KEGDIVTI ...文字列:
MSATKDKQQS NAGAKVGGRH PLRPDPDRER RALERAETLR KAAYEMAENQ HERAYHKQSQ IFQGRFLRKD NARCLRFYKS IGMGYHTPI TAINGTYIDK KCPFTGNVSI RGRILRGVVH SAKMQRSIIV RRDYLHFVQK YKRYERRHKH VAAHLSPCFR V KEGDIVTI GECRPLSKTI RFNVIKVEPV SEAAKKRFSP F

UniProtKB: SSU ribosomal protein S17P

+
分子 #14: Ribosomal protein S13

分子名称: Ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 17.627873 KDa
配列文字列:
MGRMHSKGKG ISRSAIPYTR APAPWNKYTP EDVCEQICKL AKKGTPPSRI GLILRDQFAI GQVKNVTGSK IVRILKAKGL APEIPEDLY CMIKKAVAIR KHLERSRRDK DSKFRLILVE SRIHRLARYY RQARRLPPTF RYKSDQAAAL LATYA

UniProtKB: Ribosomal protein S13

+
分子 #15: Ribosomal protein S14

分子名称: Ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.755995 KDa
配列文字列:
MSRKVTYAPE NLPAKNNNSE AFAVCHIYAG KNDTFIHVTD LSGRETIGRV SGGMKVKRHC DEPSAYAAMQ ATQDLIEIIT DRGITAVHI KIRADGGTGK RVYGQGGSAA IRALVRGGIK IGRIEDSTPI PTDRTRHKGG RRGRRL

UniProtKB: Ribosomal protein S14

+
分子 #16: Ribosomal protein S15

分子名称: Ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 16.728102 KDa
配列文字列:
MTDQVKTRRR GLAQPNFRGV EVEKLATMKI TDILPKLNAR CRRRIGKHGL SMKHLRFVNK LRLRRAAQPS QKPKIVRTHL RDMIIFPEM IGMTVSVYNG RQFIPVEIKP PMVGRALREY SMSYKIVSHG KVGIGATRSS KFVPLR

UniProtKB: Ribosomal protein S15

+
分子 #17: Ribosomal protein S16

分子名称: Ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 17.634584 KDa
配列文字列:
MAKGNRRDLL ERNDIEVRER DKYTVHTLGK KKNSVAVAFV KAGKGDILVN NVPLALVRPE ILRTKVSEPI MILGESLFKG LDMNIKVAG GGHVSQIYAV RQAISRGVLA SVKDEAARSE LRAKLVSYDR QLVVSDPRRC EAKKFGGRGA RARRQKSYR

UniProtKB: Ribosomal protein S16

+
分子 #18: Ribosomal protein S17

分子名称: Ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.757351 KDa
配列文字列:
MGKVRTKTIK RAARKIVENN YESLKPKDFQ NNKAICSKRN VAIIPSKRLR NKVAGYVTTL MNRVVKGPVH GISLRLQEEE RERRDNYAP KKSEFDVENI TVSGATQQMI DSIGFKCMST SLKVIDPTMR KRARDTRE

UniProtKB: Ribosomal protein S17

+
分子 #19: Ribosomal protein S18

分子名称: Ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 17.510338 KDa
配列文字列:
MTTIVQPNDY RDLLRMFNTN IQGKVVLECA LVGIKGIGRR FANVALKKAN IDVHKRAGEL TAAEEDALMK VLEDPLSHGI PAWMLNRNN DFESGKDMHI LVNTIASTHR ADLERLRKTR CERGVRHHHN LKVRGQHTKS TGRRGHVVGV QRKKK

UniProtKB: Ribosomal protein S18

+
分子 #20: SSU ribosomal protein S19E (Fragment)

分子名称: SSU ribosomal protein S19E (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 17.816758 KDa
配列文字列:
VRQRIHIKLK YWSINQLLGM SSVTRVPADV FINSFAAHLK NRGIIKCPAF TDYVKTGVSR QYAPRDADWF YIKAASVIRH FYISGSHSI GVAGLARKYS SLQKGKTTPH HTKRASCKVI RSIVSQFLGQ KLLIAGERGR HISPNGRKMV EDFAEGLQK

UniProtKB: SSU ribosomal protein S19E

+
分子 #21: Ribosomal protein S20

分子名称: Ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 14.073192 KDa
配列文字列:
MAESVSTGGV NLADHKDGKD MHQKYTIIVV GKDLKLVERY VKSIVKEGRA FGISGPCRAP VRRLTITTRK SPCGEGTNTW HRFELRMYK RTFWVTCGGN DISTILSKTV VIPGIQVTVE VEEPDNE

UniProtKB: Ribosomal protein S20

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 9.686149 KDa
配列文字列:
MQSDDIGMKN SSGVVVDAYI PRKCSATNRL IGPKDHAAVQ LSVARVNDKG KMIENNYVTF AFCGAIRSRG GVDSAFMLLA QEHGLMERL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S21

+
分子 #23: SSU ribosomal protein S8P (Fragment)

分子名称: SSU ribosomal protein S8P (Fragment) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 14.770346 KDa
配列文字列:
MVRINVLRDA LKSICNAQRI GKKQVIVRPS SKVIIEFLQL MQKNGYISDF AVVDNHRSNR IVVNLIGRLN KAGVISPRFD IPANDIEKW VVNLLPSRLF GHIILTTSQG IMDHIEAQHR QIGGKVIGYF Y

UniProtKB: SSU ribosomal protein S8P

+
分子 #24: SSU ribosomal protein S12P

分子名称: SSU ribosomal protein S12P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.89784 KDa
配列文字列:
MSKTSGLYTA RKLRTVRRVN RWADKKYRKA HLGTWLKANP LEGACMARGI VTQKIGISAK QPNSAVRKAV RVQLTKNSKK ITAFVPRDG SITYIDNNDE VLVAGFGRAG RAVGDIPGCR FKVIKVAGIG LLALFLRKRE KRAR

UniProtKB: SSU ribosomal protein S12P

+
分子 #25: Ribosomal protein S24

分子名称: Ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 14.872646 KDa
配列文字列:
MPEITVKVRK VLNNPLLQRQ QCVVDVLHPG CTYESKEAIK AKVAQQLKVA DQKNIVLYGF KTSFGGGHTV GFCNAYQNMD ALMKYEPGF RKIRCGLIEA PKPVSRKQLK NLKNRRLKKR GTEKATVTLG AKK

UniProtKB: Ribosomal protein S24

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 10.121098 KDa
配列文字列:
MSSKKWTKKA VKEKVDYPTL FADEAAMNEA LKFIKNSKCI THTQICERLR VSVALAKRVM RQLVKSGDFA IVSKSSRMTI FKNMTKKE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 12.791023 KDa
配列文字列:
MPVKRRNNGR SKYNCGHTNI VRCQNCHRCV PKDKVIKRFT IRNIVDNTIA DDVLNACVIQ GFAIPKLYNK VQYCVSCSIH NHIVRVRSR EDRKIRTPPK RFPRNSSQKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #28: Ribosomal protein S27

分子名称: Ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 14.117312 KDa
配列文字列:
MTPFSRFGEH CQLNINHAVY TLKLQTNPNK FKFKSELRGA KVSMNVDLLY PDPVEEQRKH KLKRLVQGPN SYFLEIKCAG CQDIVVVYS HANTPVFCPG CTSQISIPTG GKCAFTSQVE RYRQK

UniProtKB: Ribosomal protein S27

+
分子 #29: Ribosomal protein S28

分子名称: Ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 7.358642 KDa
配列文字列:
MPEPINARVI EVLGRTSSRG GITQVKVEFM TGEKRQIIRN VIGPVRKDDI LVLMESEREA RRLR

UniProtKB: Ribosomal protein S28

+
分子 #30: Ribosomal protein S29A

分子名称: Ribosomal protein S29A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.49978 KDa
配列文字列:
MRSALDTGVA ADRIGRPQTF AELRVDKVDD IGTQRHIEHL GPRKLRNLGS CGAEDLDSRV HPSTIFWPTE ADNINLASGV PKKGPSMRE TEFCTHIAHK RECRICGNYN SVYRKYGLFI CRRCFKENAG KIGFVKLH

UniProtKB: Ribosomal protein S29A

+
分子 #31: Ribosomal protein S27a

分子名称: Ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 15.134745 KDa
配列文字列:
MLVIVRLQDQ TLPFELPAGA RASQLSNLLS SSGMAFSLHT QGRVLSEAAE LNDKMVIDAF VPADGAGKDK KRKKKAHKTP KKIKHEPKK VRLACLKYYT IKGDTAEPTR EYCPNCGPGI RIARHADRCH CGRCGFAK

UniProtKB: Ribosomal protein S27a

+
分子 #33: Ribosomal protein S12

分子名称: Ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 14.378715 KDa
配列文字列:
MADTTRENFL KETFKRIHNM DGLVTGHRQV FKYLERKRAK ICFLASDCEE KQYADIVECL CKEYKVHLCK KFTRRTLGEL TGQVRCLAD SDKIIKVVPA SACVIHNFVG MSSGDVDSFL TKLDEQ

UniProtKB: Ribosomal protein S12

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
分子量理論値: 7.932407 KDa
配列文字列:
MARAHGGLTS AGKVRKCTPK KEKKEKPRPP RGRAYKRLLY NKNFVDDTLI HNGRRLGPNN LLIRQKLGF

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #35: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 23 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #36: emetine

分子名称: emetine / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: YAT
分子量理論値: 480.639 Da
Chemical component information

ChemComp-34G:
emetine / (2R,3S,11bR)-2-[[(1S)-6,7-ジメトキシ-1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン-1-イル]メ(以下略)

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #38: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 743 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xy3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 289618
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る