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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | V. cholerae TniQ-Cascade complex with Type III-B crRNA | |||||||||
![]() | CAST Type I-F with Type III-B crRNA | |||||||||
![]() |
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![]() | Type I-F CAST / DNA Transposition / CRISPR Transposon / ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
![]() | Chou CW / Finkelstein IJ / Hu K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: V. cholerae TniQ-Cascade complex with Type III-B crRNA 著者: Chou CW / Finkelstein IJ / Hu K | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 290.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 115.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 285 MB 285 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fukMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CAST Type I-F with Type III-B crRNA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_29459_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_29459_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Type I-F TniQ-Cascade with Type III-B crRNA
全体 | 名称: Type I-F TniQ-Cascade with Type III-B crRNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Type I-F TniQ-Cascade with Type III-B crRNA
超分子 | 名称: Type I-F TniQ-Cascade with Type III-B crRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: Type III-B crRNA
分子 | 名称: Type III-B crRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: metagenome (メタゲノム) |
分子量 | 理論値: 19.333586 KDa |
配列 | 文字列: CUUAGAAAAG UACAGCGCGG CUGAAAUCAU CAUUAAAGCG GUUCACUGCC GCACAGGCAG |
-分子 #2: Cas7
分子 | 名称: Cas7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 39.886031 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF ...文字列: MKLPTNLAYE RSIDPSDVCF FVVWPDDRKT PLTYNSRTLL GQMEAASLAY DVSGQPIKSA TAEALAQGNP HQVDFCHVPY GASHIECSF SVSFSSELRQ PYKCNSSKVK QTLVQLVELY ETKIGWTELA TRYLMNICNG KWLWKNTRKA YCWNIVLTPW P WNGEKVGF EDIRTNYTSR QDFKNNKNWS AIVEMIKTAF SSTDGLAIFE VRATLHLPTN AMVRPSQVFT EKESGSKSKS KT QNSRVFQ STTIDGERSP ILGAFKTGAA IATIDDWYPE ATEPLRVGRF GVHREDVTCY RHPSTGKDFF SILQQAEHYI EVL SANKTP AQETINDMHF LMANLIKGGM FQHKGD UniProtKB: Cas7 |
-分子 #3: CRISPR-associated protein Cas8
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Cas8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 72.29493 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG ...文字列: MQTLKELIAS NPDDLTTELK RAFRPLTPHI AIDGNELDAL TILVNLTDKT DDQKDLLDRA KCKQKLRDEK WWASCINCVN YRQSHNPKF PDIRSEGVIR TQALGELPSF LLSSSKIPPY HWSYSHDSKY VNKSAFLTNE FCWDGEISCL GELLKDADHP L WNTLKKLG CSQKTCKAMA KQLADITLTT INVTLAPNYL TQISLPDSDT SYISLSPVAS LSMQSHFHQR LQDENRHSAI TR FSRTTNM GVTAMTCGGA FRMLKSGAKF SSPPHHRLNS KRSWLTSEHV QSLKQYQRLN KSLIPENSRI ALRRKYKIEL QNM VRSWFA MQDHTLDSNI LIQHLNHDLS YLGATKRFAY DPAMTKLFTE LLKRELSNSI NNGEQHTNGS FLVLPNIRVC GATA LSSPV TVGIPSLTAF FGFVHAFERN INRTTSSFRV ESFAICVHQL HVEKRGLTAE FVEKGDGTIS APATRDDWQC DVVFS LILN TNFAQHIDQD TLVTSLPKRL ARGSAKIAID DFKHINSFST LETAIESLPI EAGRWLSLYA QSNNNLSDLL AAMTED HQL MASCVGYHLL EEPKDKPNSL RGYKHAIAEC IIGLINSITF SSETDPNTIF WSLKNYQNYL VVQPRSINDE TTDKSSL UniProtKB: CRISPR-associated protein Cas8 |
-分子 #4: Cas6
分子 | 名称: Cas6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.13043 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR ...文字列: MKWYYKTITF LPELCNNESL AAKCLRVLHG FNYQYETRNI GVSFPLWCDA TVGKKISFVS KNKIELDLLL KQHYFVQMEQ LQYFHISNT VLVPEDCTYV SFRRCQSIDK LTAAGLARKI RRLEKRALSR GEQFDPSSFA QKEHTAIAHY HSLGESSKQT N RNFRLNIR MLSEQPREGN SIFSSYGLSN SENSFQPVPL I UniProtKB: Cas6 |
-分子 #5: TniQ
分子 | 名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45.597867 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD ...文字列: MFLQRPKPYS DESLESFFIR VANKNGYGDV HRFLEATKRF LQDIDHNGYQ TFPTDITRIN PYSAKNSSSA RTASFLKLAQ LTFNEPPEL LGLAINRTNM KYSPSTSAVV RGAEVFPRSL LRTHSIPCCP LCLRENGYAS YLWHFQGYEY CHSHNVPLIT T CSCGKEFD YRVSGLKGIC CKCKEPITLT SRENGHEAAC TVSNWLAGHE SKPLPNLPKS YRWGLVHWWM GIKDSEFDHF SF VQFFSNW PRSFHSIIED EVEFNLEHAV VSTSELRLKD LLGRLFFGSI RLPERNLQHN IILGELLCYL ENRLWQDKGL IAN LKMNAL EATVMLNCSL DQIASMVEQR ILKPNRKSKP NSPLDVTDYL FHFGDIFCLW LAEFQSDEFN RSFYVSRW UniProtKB: TniQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 39.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1235 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8fuk: |