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万見
- EMDB-29419: Cryo-EM structure of engineered hepatitis C virus E1E2 ectodomain... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29419
タイトルCryo-EM structure of engineered hepatitis C virus E1E2 ectodomain in complex with antibodies AR4A, HEPC74, and IGH520
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520
    • タンパク質・ペプチド: HCV E2 ectodomain, SYNZIP2 scaffold fusion
    • タンパク質・ペプチド: HEPC74 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HEPC74 light chain
    • タンパク質・ペプチド: HCV E1 ectodomain, SYNZIP1 scaffold fusion
    • タンパク質・ペプチド: AR4A light chain
    • タンパク質・ペプチド: AR4A heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHCV / E1E2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepacivirus C (ウイルス) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Metcalf MC / Ofek G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI168048-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of engineered hepatitis C virus E1E2 ectodomain in complex with neutralizing antibodies.
著者: Matthew C Metcalf / Benjamin M Janus / Rui Yin / Ruixue Wang / Johnathan D Guest / Edwin Pozharski / Mansun Law / Roy A Mariuzza / Eric A Toth / Brian G Pierce / Thomas R Fuerst / Gilad Ofek /
要旨: Hepatitis C virus (HCV) is a major global health burden as the leading causative agent of chronic liver disease and hepatocellular carcinoma. While the main antigenic target for HCV-neutralizing ...Hepatitis C virus (HCV) is a major global health burden as the leading causative agent of chronic liver disease and hepatocellular carcinoma. While the main antigenic target for HCV-neutralizing antibodies is the membrane-associated E1E2 surface glycoprotein, the development of effective vaccines has been hindered by complications in the biochemical preparation of soluble E1E2 ectodomains. Here, we present a cryo-EM structure of an engineered, secreted E1E2 ectodomain of genotype 1b in complex with neutralizing antibodies AR4A, HEPC74, and IGH520. Structural characterization of the E1 subunit and C-terminal regions of E2 reveal an overall architecture of E1E2 that concurs with that observed for non-engineered full-length E1E2. Analysis of the AR4A epitope within a region of E2 that bridges between the E2 core and E1 defines the structural basis for its broad neutralization. Our study presents the structure of an E1E2 complex liberated from membrane via a designed scaffold, one that maintains all essential structural features of native E1E2. The study advances the understanding of the E1E2 heterodimer structure, crucial for the rational design of secreted E1E2 antigens in vaccine development.
履歴
登録2023年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29419.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.889 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0825
最小 - 最大-1.0854912 - 1.576691
平均 (標準偏差)-0.00015701722 (±0.020844437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 320.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Half map A for local refinement map

ファイルemd_29419_additional_1.map
注釈Half map A for local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened local refinement map

ファイルemd_29419_additional_2.map
注釈Sharpened local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Half map B for local refinement map

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注釈Half map B for local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-sharpened local refinement map

ファイルemd_29419_additional_4.map
注釈Non-sharpened local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Merged primary and local refinement map

ファイルemd_29419_additional_5.map
注釈Merged primary and local refinement map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Non-sharpened primary map

ファイルemd_29419_additional_6.map
注釈Non-sharpened primary map
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half map B for primary map

ファイルemd_29419_half_map_1.map
注釈Half map B for primary map
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軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map A for primary map

ファイルemd_29419_half_map_2.map
注釈Half map A for primary map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520

全体名称: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520
要素
  • 複合体: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520
    • タンパク質・ペプチド: HCV E2 ectodomain, SYNZIP2 scaffold fusion
    • タンパク質・ペプチド: HEPC74 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: HEPC74 light chain
    • タンパク質・ペプチド: HCV E1 ectodomain, SYNZIP1 scaffold fusion
    • タンパク質・ペプチド: AR4A light chain
    • タンパク質・ペプチド: AR4A heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520

超分子名称: HCV E1E2 ectodomain in complex with AR4A, HEPC74, and IGH520
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: HCV E2 ectodomain, SYNZIP2 scaffold fusion

分子名称: HCV E2 ectodomain, SYNZIP2 scaffold fusion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 42.975371 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STHVTGGTAS HTTRHFASLF SSGASQRVQL INTNGSWHIN RTALNCNDSL HTGFLAALFY THKFNASGCP ERMAHCRPID EFAQGWGPI TYAEGHGSDQ RPYCWHYAPR QCGTIPASQV CGPVYCFTPS PVVVGTTDRF GAPTYTWGEN ETDVLILNNT R PPQGNWFG ...文字列:
STHVTGGTAS HTTRHFASLF SSGASQRVQL INTNGSWHIN RTALNCNDSL HTGFLAALFY THKFNASGCP ERMAHCRPID EFAQGWGPI TYAEGHGSDQ RPYCWHYAPR QCGTIPASQV CGPVYCFTPS PVVVGTTDRF GAPTYTWGEN ETDVLILNNT R PPQGNWFG CTWMNSTGFT KTCGGPPCNI GGVGNNTLTC PTDCFRKHPE ATYTKCGSGP WLTPRCLVDY PYRLWHYPCT VN FTIFKVR MYVGGVEHRL NAACNWTRGE RCDLQDRDRS ELSPLLLSTT EWQILPCSFT TLPALSTGLI HLHQNIVDVQ YLY GIGSAV VSFAIPGGLV AQLENEVASL ENENETLKKK NLHKKDLIAY LEKEIANLRK KIEHHHHHH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: HEPC74 heavy chain

分子名称: HEPC74 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.644807 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCTTSGGTYI NYAISWVRQA PGQGLEWVGG MSPISNTPKY AQKFQGRVTI TADESTSTTY MELSSLRPE DTAVYYCARD LLKYCGGGNC HSLLVDPWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCTTSGGTYI NYAISWVRQA PGQGLEWVGG MSPISNTPKY AQKFQGRVTI TADESTSTTY MELSSLRPE DTAVYYCARD LLKYCGGGNC HSLLVDPWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK SCDKTAGWSH PQ FEKGGGS GGGSGGSSAW SHPQFEK

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分子 #3: HEPC74 light chain

分子名称: HEPC74 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.470111 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPST LSASVGDRVT ISCRASQSIS SWLAWYQQKP GRAPKLLIYK ASSLETGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ HYNTYLFTFG PGTKVDLKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIVMTQSPST LSASVGDRVT ISCRASQSIS SWLAWYQQKP GRAPKLLIYK ASSLETGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ HYNTYLFTFG PGTKVDLKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: HCV E1 ectodomain, SYNZIP1 scaffold fusion

分子名称: HCV E1 ectodomain, SYNZIP1 scaffold fusion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 22.951379 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEVRNASGLY HVTNDCSNAS IVYETTDMIM HTPGCVPCVR EDNSSRCWVA LTPTLAARNA SVPTVAIRRH VDLLVGAAAF CSAMYVGDL CGSVFLVSQL FTFSPRRHET VQDCNCSIYP GHVSGHRMAW DMMMNWSPTA ALVVSQLLRI PQAVVDMVAP G GRNAYLRK ...文字列:
YEVRNASGLY HVTNDCSNAS IVYETTDMIM HTPGCVPCVR EDNSSRCWVA LTPTLAARNA SVPTVAIRRH VDLLVGAAAF CSAMYVGDL CGSVFLVSQL FTFSPRRHET VQDCNCSIYP GHVSGHRMAW DMMMNWSPTA ALVVSQLLRI PQAVVDMVAP G GRNAYLRK KIARLKKDNL QLERDEQNLE KIIANLRDEI ARLENEVA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: AR4A light chain

分子名称: AR4A light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.743781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGVPTQVLGL LLLWLTDARC EIELTLTQSP GTLSLSPGER ATLSCRASQS VSNNYLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASSRATG IPDRFSGSG SGTGFTLIIS RLEPEDFAVY YCQQYGSSSI TFGQGTRLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYREAKV ...文字列:
MGVPTQVLGL LLLWLTDARC EIELTLTQSP GTLSLSPGER ATLSCRASQS VSNNYLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASSRATG IPDRFSGSG SGTGFTLIIS RLEPEDFAVY YCQQYGSSSI TFGQGTRLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #6: AR4A heavy chain

分子名称: AR4A heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.862697 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS EVQLLEQSGP EVKKPGDSLR ISCKMSGDSL VTTWIGWVRQ KPGQGLEWMG IINPGDSSTN IYPGDSATR YGPSFQGQVT ISIDKSTSTA YLQWNNVKAS DTGIYYCARH VPVPISGTFL WREREMHDFG YFDDWGQGTL V IVSSASTK ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS EVQLLEQSGP EVKKPGDSLR ISCKMSGDSL VTTWIGWVRQ KPGQGLEWMG IINPGDSSTN IYPGDSATR YGPSFQGQVT ISIDKSTSTA YLQWNNVKAS DTGIYYCARH VPVPISGTFL WREREMHDFG YFDDWGQGTL V IVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SL GTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC AGWSHPQFEK GGGSGGGSGG SSAWSHPQFE K

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2620845
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / 使用した粒子像数: 143576
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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