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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29287 | |||||||||||||||
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タイトル | Human PTH1R in complex with LA-PTH and Gs | |||||||||||||||
マップデータ | sharpened consensus map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR / agonist / hormone / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 parathyroid hormone receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / bone resorption ...parathyroid hormone receptor activity / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / chondrocyte differentiation / bone resorption / cell maturation / skeletal system development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / intracellular calcium ion homeostasis / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / G alpha (q) signalling events / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cary BP / Belousoff MJ / Piper SJ / Wootten D / Sexton PM | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Molecular insights into peptide agonist engagement with the PTH receptor. 著者: Brian P Cary / Elliot J Gerrard / Matthew J Belousoff / Madeleine M Fletcher / Yan Jiang / Isabella C Russell / Sarah J Piper / Denise Wootten / Patrick M Sexton / 要旨: The parathyroid hormone (PTH) 1 receptor (PTH1R) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates skeletal development and calcium homeostasis. Here, we describe cryo-EM structures of the PTH1R ...The parathyroid hormone (PTH) 1 receptor (PTH1R) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates skeletal development and calcium homeostasis. Here, we describe cryo-EM structures of the PTH1R in complex with fragments of the two hormones, PTH and PTH-related protein, the drug abaloparatide, as well as the engineered tool compounds, long-acting PTH (LA-PTH) and the truncated peptide, M-PTH(1-14). We found that the critical N terminus of each agonist engages the transmembrane bundle in a topologically similar fashion, reflecting similarities in measures of Gαs activation. The full-length peptides induce subtly different extracellular domain (ECD) orientations relative to the transmembrane domain. In the structure bound to M-PTH, the ECD is unresolved, demonstrating that the ECD is highly dynamic when unconstrained by a peptide. High resolutions enabled identification of water molecules near peptide and G protein binding sites. Our results illuminate the action of orthosteric agonists of the PTH1R. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29287.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29287-v30.xml emd-29287.xml | 29.7 KB 29.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29287_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29287.png | 77.4 KB | ||
マスクデータ | emd_29287_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29287_additional_1.map.gz emd_29287_additional_2.map.gz emd_29287_half_map_1.map.gz emd_29287_half_map_2.map.gz | 62.2 MB 62.4 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29287 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29287 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29287_validation.pdf.gz | 942.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29287_full_validation.pdf.gz | 941.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29287_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29287_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29287 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29287 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened consensus map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29287_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened focused (receptor) refinement
ファイル | emd_29287_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened focused (receptor) refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened consensus map
ファイル | emd_29287_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened consensus map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_29287_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_29287_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human PTH1R in complex with LA-PTH and Gs
全体 | 名称: Human PTH1R in complex with LA-PTH and Gs |
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要素 |
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-超分子 #1: Human PTH1R in complex with LA-PTH and Gs
超分子 | 名称: Human PTH1R in complex with LA-PTH and Gs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 45.683434 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.413863 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.375332 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR |
-分子 #4: Nanobody35
分子 | 名称: Nanobody35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 13.885439 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS |
-分子 #5: Long-acting PTH
分子 | 名称: Long-acting PTH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 4.324043 KDa |
配列 | 文字列: AVAEIQLMHQ RAKWIQDARR RAFLHKLIAE IHTAEY |
-分子 #6: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
分子 | 名称: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 69.513758 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASG KLYPESEEDK EAPTGSRYRG RPCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE L VPGHNRTW ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASG KLYPESEEDK EAPTGSRYRG RPCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE L VPGHNRTW ANYSECVKFL TNETREREVF DRLGMIYTVG YSVSLASLTV AVLILAYFRR LHCTRNYIHM HLFLSFMLRA VS IFVKDAV LYSGATLDEA ERLTEEELRA IAQAPPPPAT AAAGYAGCRV AVTFFLYFLA TNYYWILVEG LYLHSLIFMA FFS EKKYLW GFTVFGWGLP AVFVAVWVSV RATLANTGCW DLSSGNKKWI IQVPILASIV LNFILFINIV RVLATKLRET NAGR CDTRQ QYRKLLKSTL VLMPLFGVHY IVFMATPYTE VSGTLWQVQM HYEMLFNSFQ GFFVAIIYCF CNGEVQAEIK KSWSR WTLA LDFKRKARSG SSSYSYGPMV SHTSVTNVGP RVGLGLPLSP RLLPTATTNG HPQLPGHAKP GTPALETLET TPPAMA APK DDGFLNGSCS GLDEEASGPE RPPALLQEEW ETVMPAGLEV LFQGPHHHHH HHH |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.51 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Buffer also contained 2 micromolar LA-PTH peptide. | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA current, negative polarity | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5172 / 平均露光時間: 5.03 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |