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- EMDB-29078: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29078
タイトルHuman IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport
マップデータ
試料
  • 複合体: Intraflagellar transport complex A (IFT-A)
    • 複合体: IFT-A_TULP3
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 19
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 140 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Tubby-related protein 3
  • リガンド: ZINC ION
キーワードIFT-A complex / TULP3 / cilia / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle A binding / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / ganglion development / intraciliary anterograde transport / bronchus morphogenesis / intraciliary transport particle A / cone photoreceptor outer segment / digestive system development ...intraciliary transport particle A binding / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / ear morphogenesis / ganglion development / intraciliary anterograde transport / bronchus morphogenesis / intraciliary transport particle A / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / photoreceptor cell outer segment organization / neural tube patterning / embryonic neurocranium morphogenesis / protein localization to ciliary membrane / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / intraciliary retrograde transport / establishment of protein localization to organelle / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / gonad development / spinal cord dorsal/ventral patterning / regulation of cilium assembly / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / embryonic brain development / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / embryonic cranial skeleton morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / nervous system process / non-motile cilium / embryonic heart tube development / embryonic forelimb morphogenesis / motile cilium / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / limb development / anterior/posterior pattern specification / ciliary base / embryonic digit morphogenesis / receptor clustering / axoneme / photoreceptor outer segment / cilium assembly / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / centriole / phosphatidylinositol binding / ciliary basal body / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / G protein-coupled receptor binding / bone development / cell morphogenesis / brain development / cilium / heart development / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / nucleolus / enzyme binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubby, N-terminal / Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / Tubby-like, C-terminal / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat ...Tubby, N-terminal / Tubby N-terminal / Tubby, C-terminal / Tubby, C-terminal, conserved site / Tub family / Tub family signature 1. / Tub family signature 2. / Tubby-like, C-terminal / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubby-related protein 3 / WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Jiang M / Palicharla VR / Miller D / Hwang SH / Zhu H / Hixson P / Mukhopadhyay S / Sun J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL143037 米国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport.
著者: Meiqin Jiang / Vivek Reddy Palicharla / Darcie Miller / Sun-Hee Hwang / Hanwen Zhu / Patricia Hixson / Saikat Mukhopadhyay / Ji Sun /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT ...Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT subunits lead to numerous ciliopathies involving multiple tissues. However, how IFT complexes assemble and mediate cargo transport lacks mechanistic understanding due to missing high-resolution structural information of the holo-complexes. Here we report cryo-EM structures of human IFT-A complexes in the presence and absence of TULP3 at overall resolutions of 3.0-3.9 Å. IFT-A adopts a "lariat" shape with interconnected core and peripheral subunits linked by structurally vital zinc-binding domains. TULP3, the cargo adapter, interacts with IFT-A through its N-terminal region, and interface mutations disrupt cargo transport. We also determine the molecular impacts of disease mutations on complex formation and ciliary transport. Our work reveals IFT-A architecture, sheds light on ciliary transport and IFT train formation, and enables the rationalization of disease mutations in ciliopathies.
履歴
登録2022年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 572.16 Å		1.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 572.16 Å		1.49 Å/pix.
x 384 pix.
= 572.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-0.1861535 - 5.6907415
平均 (標準偏差)0.019571407 (±0.06332822)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 572.16003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_29078_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_29078_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_29078_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29078_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29078_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Intraflagellar transport complex A (IFT-A)

全体名称: Intraflagellar transport complex A (IFT-A)
要素
  • 複合体: Intraflagellar transport complex A (IFT-A)
    • 複合体: IFT-A_TULP3
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 19
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 140 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Tubby-related protein 3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Intraflagellar transport complex A (IFT-A)

超分子名称: Intraflagellar transport complex A (IFT-A) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: IFT-A_TULP3

超分子名称: IFT-A_TULP3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: WD repeat-containing protein 35

分子名称: WD repeat-containing protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 133.705641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFFYLSKKIS IPNNVKLQCV SWNKEQGFIA CGGEDGLLKV LKLETQTDDA KLRGLAAPSN LSMNQTLEGH SGSVQVVTWN EQYQKLTTS DENGLIIVWM LYKGSWIEEM INNRNKSVVR SMSWNADGQK ICIVYEDGAV IVGSVDGNRI WGKDLKGIQL S HVTWSADS ...文字列:
MFFYLSKKIS IPNNVKLQCV SWNKEQGFIA CGGEDGLLKV LKLETQTDDA KLRGLAAPSN LSMNQTLEGH SGSVQVVTWN EQYQKLTTS DENGLIIVWM LYKGSWIEEM INNRNKSVVR SMSWNADGQK ICIVYEDGAV IVGSVDGNRI WGKDLKGIQL S HVTWSADS KVLLFGMANG EIHIYDNQGN FMIKMKLSCL VNVTGAISIA GIHWYHGTEG YVEPDCPCLA VCFDNGRCQI MR HENDQNP VLIDTGMYVV GIQWNHMGSV LAVAGFQKAA MQDKDVNIVQ FYTPFGEHLG TLKVPGKEIS ALSWEGGGLK IAL AVDSFI YFANIRPNYK WGYCSNTVVY AYTRPDRPEY CVVFWDTKNN EKYVKYVKGL ISITTCGDFC ILATKADENH PQEE NEMET FGATFVLVLC NSIGTPLDPK YIDIVPLFVA MTKTHVIAAS KEAFYTWQYR VAKKLTALEI NQITRSRKEG RERIY HVDD TPSGSMDGVL DYSKTIQGTR DPICAITASD KILIVGRESG TIQRYSLPNV GLIQKYSLNC RAYQLSLNCN SSRLAI IDI SGVLTFFDLD ARVTDSTGQQ VVGELLKLER RDVWDMKWAK DNPDLFAMME KTRMYVFRNL DPEEPIQTSG YICNFED LE IKSVLLDEIL KDPEHPNKDY LINFEIRSLR DSRALIEKVG IKDASQFIED NPHPRLWRLL AEAALQKLDL YTAEQAFV R CKDYQGIKFV KRLGKLLSES MKQAEVVGYF GRFEEAERTY LEMDRRDLAI GLRLKLGDWF RVLQLLKTGS GDADDSLLE QANNAIGDYF ADRQKWLNAV QYYVQGRNQE RLAECYYMLE DYEGLENLAI SLPENHKLLP EIAQMFVRVG MCEQAVTAFL KCSQPKAAV DTCVHLNQWN KAVELAKNHS MKEIGSLLAR YASHLLEKNK TLDAIELYRK ANYFFDAAKL MFKIADEEAK K GSKPLRVK KLYVLSALLI EQYHEQMKNA QRGKVKGKSS EATSALAGLL EEEVLSTTDR FTDNAWRGAE AYHFFILAQR QL YEGCVDT ALKTALHLKD YEDIIPPVEI YSLLALCACA SRAFGTCSKA FIKLKSLETL SSEQKQQYED LALEIFTKHT SKD NRKPEL DSLMEGGEGK LPTCVATGSP ITEYQFWMCS VCKHGVLAQE ISHYSFCPLC HSPVG

UniProtKB: WD repeat-containing protein 35

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分子 #2: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141.993703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK ...文字列:
MRAVLTWRDK AEHCINDIAF KPDGTQLILA AGSRLLVYDT SDGTLLQPLK GHKDTVYCVA YAKDGKRFAS GSADKSVIIW TSKLEGILK YTHNDAIQCV SYNPITHQLA SCSSSDFGLW SPEQKSVSKH KSSSKIICCS WTNDGQYLAL GMFNGIISIR N KNGEEKVK IERPGGSLSP IWSICWNPSS RWESFWMNRE NEDAEDVIVN RYIQEIPSTL KSAVYSSQGS EAEEEEPEED DD SPRDDNL EERNDILAVA DWGQKVSFYQ LSGKQIGKDR ALNFDPCCIS YFTKGEYILL GGSDKQVSLF TKDGVRLGTV GEQ NSWVWT CQAKPDSNYV VVGCQDGTIS FYQLIFSTVH GLYKDRYAYR DSMTDVIVQH LITEQKVRIK CKELVKKIAI YRNR LAIQL PEKILIYELY SEDLSDMHYR VKEKIIKKFE CNLLVVCANH IILCQEKRLQ CLSFSGVKER EWQMESLIRY IKVIG GPPG REGLLVGLKN GQILKIFVDN LFAIVLLKQA TAVRCLDMSA SRKKLAVVDE NDTCLVYDID TKELLFQEPN ANSVAW NTQ CEDMLCFSGG GYLNIKASTF PVHRQKLQGF VVGYNGSKIF CLHVFSISAV EVPQSAPMYQ YLDRKLFKEA YQIACLG VT DTDWRELAME ALEGLDFETA KKAFIRVQDL RYLELISSIE ERKKRGETNN DLFLADVFSY QGKFHEAAKL YKRSGHEN L ALEMYTDLCM FEYAKDFLGS GDPKETKMLI TKQADWARNI KEPKAAVEMY ISAGEHVKAI EICGDHGWVD MLIDIARKL DKAEREPLLL CATYLKKLDS PGYAAETYLK MGDLKSLVQL HVETQRWDEA FALGEKHPEF KDDIYMPYAQ WLAENDRFEE AQKAFHKAG RQREAVQVLE QLTNNAVAES RFNDAAYYYW MLSMQCLDIA QDPAQKDTML GKFYHFQRLA ELYHGYHAIH R HTEDPFSV HRPETLFNIS RFLLHSLPKD TPSGISKVKI LFTLAKQSKA LGAYRLARHA YDKLRGLYIP ARFQKSIELG TL TIRAKPF HDSEELVPLC YRCSTNNPLL NNLGNVCINC RQPFIFSASS YDVLHLVEFY LEEGITDEEA ISLIDLEVLR PKR DDRQLE IANNSSQILR LVETKDSIGD EDPFTAKLSF EQGGSEFVPV VVSRLVLRSM SRRDVLIKRW PPPLRWQYFR SLLP DASIT MCPSCFQMFH SEDYELLVLQ HGCCPYCRRC KDDPGP

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 122 homolog

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分子 #3: WD repeat-containing protein 19

分子名称: WD repeat-containing protein 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 151.760391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRIFSLLEK TWLGAPIQFA WQKTSGNYLA VTGADYIVKI FDRHGQKRSE INLPGNCVAM DWDKDGDVLA VIAEKSSCIY LWDANTNKT SQLDNGMRDQ MSFLLWSKVG SFLAVGTVKG NLLIYNHQTS RKIPVLGKHT KRITCGCWNA ENLLALGGED K MITVSNQE ...文字列:
MKRIFSLLEK TWLGAPIQFA WQKTSGNYLA VTGADYIVKI FDRHGQKRSE INLPGNCVAM DWDKDGDVLA VIAEKSSCIY LWDANTNKT SQLDNGMRDQ MSFLLWSKVG SFLAVGTVKG NLLIYNHQTS RKIPVLGKHT KRITCGCWNA ENLLALGGED K MITVSNQE GDTIRQTQVR SEPSNMQFFL MKMDDRTSAA ESMISVVLGK KTLFFLNLNE PDNPADLEFQ QDFGNIVCYN WY GDGRIMI GFSCGHFVVI STHTGELGQE IFQARNHKDN LTSIAVSQTL NKVATCGDNC IKIQDLVDLK DMYVILNLDE ENK GLGTLS WTDDGQLLAL STQRGSLHVF LTKLPILGDA CSTRIAYLTS LLEVTVANPV EGELPITVSV DVEPNFVAVG LYHL AVGMN NRAWFYVLGE NAVKKLKDME YLGTVASICL HSDYAAALFE GKVQLHLIES EILDAQEERE TRLFPAVDDK CRILC HALT SDFLIYGTDT GVVQYFYIED WQFVNDYRHP VSVKKIFPDP NGTRLVFIDE KSDGFVYCPV NDATYEIPDF SPTIKG VLW ENWPMDKGVF IAYDDDKVYT YVFHKDTIQG AKVILAGSTK VPFAHKPLLL YNGELTCQTQ SGKVNNIYLS THGFLSN LK DTGPDELRPM LAQNLMLKRF SDAWEMCRIL NDEAAWNELA RACLHHMEVE FAIRVYRRIG NVGIVMSLEQ IKGIEDYN L LAGHLAMFTN DYNLAQDLYL ASSCPIAALE MRRDLQHWDS ALQLAKHLAP DQIPFISKEY AIQLEFAGDY VNALAHYEK GITGDNKEHD EACLAGVAQM SIRMGDIRRG VNQALKHPSR VLKRDCGAIL ENMKQFSEAA QLYEKGLYYD KAASVYIRSK NWAKVGDLL PHVSSPKIHL QYAKAKEADG RYKEAVVAYE NAKQWQSVIR IYLDHLNNPE KAVNIVRETQ SLDGAKMVAR F FLQLGDYG SAIQFLVMSK CNNEAFTLAQ QHNKMEIYAD IIGSEDTTNE DYQSIALYFE GEKRYLQAGK FFLLCGQYSR AL KHFLKCP SSEDNVAIEM AIETVGQAKD ELLTNQLIDH LLGENDGMPK DAKYLFRLYM ALKQYREAAQ TAIIIAREEQ SAG NYRNAH DVLFSMYAEL KSQKIKIPSE MATNLMILHS YILVKIHVKN GDHMKGARML IRVANNISKF PSHIVPILTS TVIE CHRAG LKNSAFSFAA MLMRPEYRSK IDAKYKKKIE GMVRRPDISE IEEATTPCPF CKFLLPECEL LCPGCKNSIP YCIAT GRHM LKDDWTVCPH CDFPALYSEL KIMLNTESTC PMCSERLNAA QLKKISDCTQ YLRTEEEL

UniProtKB: WD repeat-containing protein 19

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分子 #4: Intraflagellar transport protein 140 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 140 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 165.404281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALYYDHQIE APDAAGSPSF ISWHPVHPFL AVAYISTTST GSVDIYLEQG ECVPDTHVER PFRVASLCWH PTRLVLAVGW ETGEVTVFN KQDKEQHTMP LTHTADITVL RWSPSGNCLL SGDRLGVLLL WRLDQRGRVQ GTPLLKHEYG KHLTHCIFRL P PPGEDLVQ ...文字列:
MALYYDHQIE APDAAGSPSF ISWHPVHPFL AVAYISTTST GSVDIYLEQG ECVPDTHVER PFRVASLCWH PTRLVLAVGW ETGEVTVFN KQDKEQHTMP LTHTADITVL RWSPSGNCLL SGDRLGVLLL WRLDQRGRVQ GTPLLKHEYG KHLTHCIFRL P PPGEDLVQ LAKAAVSGDE KALDMFNWKK SSSGSLLKMG SHEGLLFFVS LMDGTVHYVD EKGKTTQVVS ADSTIQMLFY ME KREALVV VTENLRLSLY TVPPEGKAEE VMKVKLSGKT GRRADIALIE GSLLVMAVGE AALRFWDIER GENYILSPDE KFG FEKGEN MNCVCYCKVK GLLAAGTDRG RVAMWRKVPD FLGSPGAEGK DRWALQTPTE LQGNITQIQW GSRKNLLAVN SVIS VAILS ERAMSSHFHQ QVAAMQVSPS LLNVCFLSTG VAHSLRTDMH ISGVFATKDA VAVWNGRQVA IFELSGAAIR SAGTF LCET PVLAMHEENV YTVESNRVQV RTWQGTVKQL LLFSETEGNP CFLDICGNFL VVGTDLAHFK SFDLSRREAK AHCSCR SLA ELVPGVGGIA SLRCSSSGST ISILPSKADN SPDSKICFYD VEMDTVTVFD FKTGQIDRRE TLSFNEQETN KSHLFVD EG LKNYVPVNHF WDQSEPRLFV CEAVQETPRS QPQSANGQPQ DGRAGPAADV LILSFFISEE HGFLLHESFP RPATSHSL L GMEVPYYYFT RKPEEADRED EVEPGCHHIP QMVSRRPLRD FVGLEDCDKA TRDAMLHFSF FVTIGDMDEA FKSIKLIKS EAVWENMARM CVKTQRLDVA KVCLGNMGHA RGARALREAE QEPELEARVA VLATQLGMLE DAEQLYRKCK RHDLLNKFYQ AAGRWQEAL QVAEHHDRVH LRSTYHRYAG HLEASADCSR ALSYYEKSDT HRFEVPRMLS EDLPSLELYV NKMKDKTLWR W WAQYLESQ GEMDAALHYY ELARDHFSLV RIHCFQGNVQ KAAQIANETG NLAASYHLAR QYESQEEVGQ AVHFYTRAQA FK NAIRLCK ENGLDDQLMN LALLSSPEDM IEAARYYEEK GVQMDRAVML YHKAGHFSKA LELAFATQQF VALQLIAEDL DET SDPALL ARCSDFFIEH SQYERAVELL LAARKYQEAL QLCLGQNMSI TEEMAEKMTV AKDSSDLPEE SRRELLEQIA DCCM RQGSY HLATKKYTQA GNKLKAMRAL LKSGDTEKIT FFASVSRQKE IYIMAANYLQ SLDWRKEPEI MKNIIGFYTK GRALD LLAG FYDACAQVEI DEYQNYDKAH GALTEAYKCL AKAKAKSPLD QETRLAQLQS RMALVKRFIQ ARRTYTEDPK ESIKQC ELL LEEPDLDSTI RIGDVYGFLV EHYVRKEEYQ TAYRFLEEMR RRLPLANMSY YVSPQAVDAV HRGLGLPLPR TVPEQVR HN SMEDARELDE EVVEEADDDP

UniProtKB: Intraflagellar transport protein 140 homolog

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分子 #5: Tubby-related protein 3

分子名称: Tubby-related protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.710059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEASRCRLSP SGDSVFHEEM MKMRQAKLDY QRLLLEKRQR KKRLEPFMVQ PNPEARLRRA KPRASDEQTP LVNCHTPHSN VILHGIDGP AAVLKPDEVH APSVSSSVVE EDAENTVDTA SKPGLQERLQ KHDISESVNF DEETDGISQS ACLERPNSAS S QNSTDTGT ...文字列:
MEASRCRLSP SGDSVFHEEM MKMRQAKLDY QRLLLEKRQR KKRLEPFMVQ PNPEARLRRA KPRASDEQTP LVNCHTPHSN VILHGIDGP AAVLKPDEVH APSVSSSVVE EDAENTVDTA SKPGLQERLQ KHDISESVNF DEETDGISQS ACLERPNSAS S QNSTDTGT SGSATAAQPA DNLLGDIDDL EDFVYSPAPQ GVTVRCRIIR DKRGMDRGLF PTYYMYLEKE ENQKIFLLAA RK RKKSKTA NYLISIDPVD LSREGESYVG KLRSNLMGTK FTVYDRGICP MKGRGLVGAA HTRQELAAIS YETNVLGFKG PRK MSVIIP GMTLNHKQIP YQPQNNHDSL LSRWQNRTME NLVELHNKAP VWNSDTQSYV LNFRGRVTQA SVKNFQIVHK NDPD YIVMQ FGRVADDVFT LDYNYPLCAV QAFGIGLSSF DSKLACE

UniProtKB: Tubby-related protein 3

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113784
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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