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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29071 | ||||||||||||
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タイトル | TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene | ||||||||||||
マップデータ | Main map postprocessed in Relion | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation ...RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Talyzina A / He Y | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Structural basis of TFIIIC-dependent RNA Polymerase III transcription initiation. 著者: Anna Talyzina / Yan Han / Chiranjib Banerjee / Susan Fishbain / Alexis Reyes / Reza Vafabakhsh / Yuan He / 要旨: RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors ...RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors TFIIIA, TFIIIC, and TFIIIB. Here we use cryo-electron microscopy to visualize the complex of TFIIIA and TFIIIC bound to the promoter. Brf1-TBP binding further stabilizes the DNA, resulting in the full-length 5S rRNA gene wrapping around the complex. Our smFRET study reveals that the DNA undergoes both sharp bending and partial dissociation on a slow timescale, consistent with the model predicted from our cryo-EM results. Our findings provide new insights into the mechanism of how the transcription initiation complex assembles on the 5S rRNA promoter, a crucial step in Pol III transcription regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29071.map.gz | 202.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29071-v30.xml emd-29071.xml | 38.3 KB 38.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29071_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29071.png | 97.3 KB | ||
その他 | emd_29071_additional_1.map.gz emd_29071_additional_2.map.gz emd_29071_half_map_1.map.gz emd_29071_half_map_2.map.gz | 149.7 MB 145.3 MB 171.2 MB 171.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29071 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29071_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29071_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29071_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29071_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29071 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ffzMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map postprocessed in Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.056 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Main map postprocessed with deepEMhancer
ファイル | emd_29071_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Main map postprocessed with deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused refinement of Brf1-TBP-tau131-DNA, postprocessed with deepEMhancer...
ファイル | emd_29071_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused refinement of Brf1-TBP-tau131-DNA, postprocessed with deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 of main map
ファイル | emd_29071_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 of main map
ファイル | emd_29071_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half2 of main map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene
+超分子 #1: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene
+分子 #1: Transcription factor IIIA
+分子 #2: Transcription factor tau 138 kDa subunit
+分子 #3: Transcription factor tau 131 kDa subunit
+分子 #4: Transcription factor tau 95 kDa subunit
+分子 #5: Transcription factor tau 91 kDa subunit
+分子 #6: Transcription factor tau 60 kDa subunit
+分子 #7: Transcription factor tau 55 kDa subunit
+分子 #8: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein
+分子 #9: DNA (151-MER)
+分子 #10: DNA (151-MER)
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8ffz: |