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- EMDB-28957: Cryo-EM structure of the Agrobacterium T-pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28957
タイトルCryo-EM structure of the Agrobacterium T-pilus
マップデータ
試料
  • 複合体: T-pilus
    • 細胞器官・細胞要素: VirB2
      • タンパク質・ペプチド: Protein virB2
    • 細胞器官・細胞要素: Phosphatidylglycerol 16:1/18:1
  • リガンド: (7Z,19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードVirB/D4 T4SS / Bacterial conjugation / T-pilus / helical filament / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / Protein virB2
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Kreida S / Narita A / Johnson MD / Tocheva EI / Das A / Jensen GJ / Ghosal D
資金援助 米国, オーストラリア, カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI127401 米国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1196924 オーストラリア
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN 04345 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T4SS-associated T-pilus reveals stoichiometric protein-phospholipid assembly.
著者: Stefan Kreida / Akihiro Narita / Matthew D Johnson / Elitza I Tocheva / Anath Das / Debnath Ghosal / Grant J Jensen /
要旨: Agrobacterium tumefaciens causes crown gall disease in plants by the horizontal transfer of oncogenic DNA. The conjugation is mediated by the VirB/D4 type 4 secretion system (T4SS) that assembles an ...Agrobacterium tumefaciens causes crown gall disease in plants by the horizontal transfer of oncogenic DNA. The conjugation is mediated by the VirB/D4 type 4 secretion system (T4SS) that assembles an extracellular filament, the T-pilus, and is involved in mating pair formation between A. tumefaciens and the recipient plant cell. Here, we present a 3 Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the T-pilus solved by helical reconstruction. Our structure reveals that the T-pilus is a stoichiometric assembly of the VirB2 major pilin and phosphatidylglycerol (PG) phospholipid with 5-start helical symmetry. We show that PG head groups and the positively charged Arg 91 residues of VirB2 protomers form extensive electrostatic interactions in the lumen of the T-pilus. Mutagenesis of Arg 91 abolished pilus formation. While our T-pilus structure is architecturally similar to previously published conjugative pili structures, the T-pilus lumen is narrower and positively charged, raising questions of whether the T-pilus is a conduit for ssDNA transfer.
履歴
登録2022年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28957.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.041824292 - 0.06753963
平均 (標準偏差)0.00012728001 (±0.0022377584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28957_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28957_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28957_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T-pilus

全体名称: T-pilus
要素
  • 複合体: T-pilus
    • 細胞器官・細胞要素: VirB2
      • タンパク質・ペプチド: Protein virB2
    • 細胞器官・細胞要素: Phosphatidylglycerol 16:1/18:1
  • リガンド: (7Z,19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: T-pilus

超分子名称: T-pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: NT1REB(pJK270)
分子量理論値: 2.787 kDa/nm

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超分子 #2: VirB2

超分子名称: VirB2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: NT1REB(pJK270)

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超分子 #3: Phosphatidylglycerol 16:1/18:1

超分子名称: Phosphatidylglycerol 16:1/18:1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: NT1REB(pJK270)

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分子 #1: Protein virB2

分子名称: Protein virB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: NT1REB(pJK270)
分子量理論値: 12.326439 KDa
配列文字列:
MRCFERYRVH LNRLSLSNAV MRMVSGYAPS VVGAMGWSIF SSGPAAAQSA GGGTDPATMV NNICTFILGP FGQSLAVLGI VAIGISWMF GRASLGLVAG VVGGIVIMFG ASFLGKTLTG GG

UniProtKB: Protein virB2

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分子 #2: (7Z,19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-...

分子名称: (7Z,19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 15 / 式: XL0
分子量理論値: 746.991 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 5.5 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: MES / 構成要素 - 名称: 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 13.44 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 32.62 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0beta2) / 使用した粒子像数: 3543
Segment selection選択した数: 10934 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0beta2)
詳細: Filaments were manually picked using EMAN2 e2helixboxer and particles were extracted by RELION.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A cylinder generated by relion_helix_toolbox, a program in RELION.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0beta2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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