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- EMDB-28729: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) inf... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28729
タイトルStructure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
マップデータStructure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
試料
  • 複合体: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードantibody / neuraminidase / influenza / Hydrolase-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mou Z / Lei R / Wu NC / Dai X
資金援助4件
OrganizationGrant number国
Other governmentR01 AI167910
Other governmentDP2 AT011966
Other privateMichelson Prizes for Human Immunology and Vaccine Research
Other privateSearle Scholars Program
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Leveraging vaccination-induced protective antibodies to define conserved epitopes on influenza N2 neuraminidase.
著者: Ruipeng Lei / Wooseob Kim / Huibin Lv / Zongjun Mou / Michael J Scherm / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Timothy J C Tan / Yiquan Wang / Wenhao O Ouyang / Weiwen Liang / Joel Rivera- ...著者: Ruipeng Lei / Wooseob Kim / Huibin Lv / Zongjun Mou / Michael J Scherm / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Timothy J C Tan / Yiquan Wang / Wenhao O Ouyang / Weiwen Liang / Joel Rivera-Cardona / Chuyun Teo / Claire S Graham / Christopher B Brooke / Rachel M Presti / Chris K P Mok / Florian Krammer / Xinghong Dai / Ali H Ellebedy / Nicholas C Wu /
要旨: There is growing appreciation for neuraminidase (NA) as an influenza vaccine target; however, its antigenicity remains poorly characterized. In this study, we isolated three broadly reactive N2 ...There is growing appreciation for neuraminidase (NA) as an influenza vaccine target; however, its antigenicity remains poorly characterized. In this study, we isolated three broadly reactive N2 antibodies from the plasmablasts of a single vaccinee, including one that cross-reacts with NAs from seasonal H3N2 strains spanning five decades. Although these three antibodies have diverse germline usages, they recognize similar epitopes that are distant from the NA active site and instead involve the highly conserved underside of NA head domain. We also showed that all three antibodies confer prophylactic and therapeutic protection in vivo, due to both Fc effector functions and NA inhibition through steric hindrance. Additionally, the contribution of Fc effector functions to protection in vivo inversely correlates with viral growth inhibition activity in vitro. Overall, our findings advance the understanding of NA antibody response and provide important insights into the development of a broadly protective influenza vaccine.
履歴
登録2022年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-6.7002344 - 9.423080000000001
平均 (標準偏差)-0.0013193551 (±0.20190541)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_28729_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_28729_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) inf...

全体名称: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
要素
  • 複合体: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) inf...

超分子名称: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Structure of 1F04 Fab in complex with A/Moscow/10/1999 (H3N2) influenza virus neuraminidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Heavy chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04

分子名称: Heavy chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.984465 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVLPGRSLRL SCVASGFDFS SFEMNWVRQA PGTGLEWLSY ISGNGDTIYY AESVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNGLRAE DTATYYCARQ RSVYSTSRSN WSVFLDDWGQ GTLVTVS

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分子 #2: Light chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04

分子名称: Light chain of influenza virus neuraminidase antibody 1F04
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.8201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGESAT LSCRASQSLA PNYLAWFQQQ PGQAPRLLIY GASSRAAGIP DRFSGSGSGT DFTLTITRLE PEDFAVYYC QQYGGSPPYT FGQGTKVEIK R

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分子 #3: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 42.767715 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AEYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNDTVHD RTPYRTLLMN ELGVPFHLG TKQVCIAWSS SSCHDGKAWL HVCVTGDDEN ATASFIYNGR LVDSIGSWSK KILRTQESEC VCINGTCTVV M TDGSASGK ...文字列:
AEYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNDTVHD RTPYRTLLMN ELGVPFHLG TKQVCIAWSS SSCHDGKAWL HVCVTGDDEN ATASFIYNGR LVDSIGSWSK KILRTQESEC VCINGTCTVV M TDGSASGK ADTKILFIEE GKIVHTSPLS GSAQHVEECS CYPRYPGVRC VCRDNWKGSN RPIVDINVKD YSIVSSYVCS GL VGDTPRK NDSSSSSHCL DPNNEEGGHG VKGWAFDDGN DVWMGRTISE KLRSGYETFK VIEGWSKPNS KLQINRQVIV DRG NRSGYS GIFSVEGKSC INRCFYVELI RGRKQETEVL WTSNSIVVFC GTSGTYGTGS WPDGADINLM PI

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 480812
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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