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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28531 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 in the 3-RBD Down conformation | |||||||||
マップデータ | Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with three RBDs in the down conformation. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Glycoprotein / trimer / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Williams JA / Harshbarger W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural and computational design of a SARS-CoV-2 spike antigen with improved expression and immunogenicity. 著者: James A Williams / Marco Biancucci / Laura Lessen / Sai Tian / Ankita Balsaraf / Lynn Chen / Chelsy Chesterman / Giulietta Maruggi / Sarah Vandepaer / Ying Huang / Corey P Mallett / Ann- ...著者: James A Williams / Marco Biancucci / Laura Lessen / Sai Tian / Ankita Balsaraf / Lynn Chen / Chelsy Chesterman / Giulietta Maruggi / Sarah Vandepaer / Ying Huang / Corey P Mallett / Ann-Muriel Steff / Matthew James Bottomley / Enrico Malito / Newton Wahome / Wayne D Harshbarger / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern challenge the efficacy of approved vaccines, emphasizing the need for updated spike antigens. Here, we use an ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern challenge the efficacy of approved vaccines, emphasizing the need for updated spike antigens. Here, we use an evolutionary-based design aimed at boosting protein expression levels of S-2P and improving immunogenic outcomes in mice. Thirty-six prototype antigens were generated in silico and 15 were produced for biochemical analysis. S2D14, which contains 20 computationally designed mutations within the S2 domain and a rationally engineered D614G mutation in the SD2 domain, has an ~11-fold increase in protein yield and retains RBD antigenicity. Cryo-electron microscopy structures reveal a mixture of populations in various RBD conformational states. Vaccination of mice with adjuvanted S2D14 elicited higher cross-neutralizing antibody titers than adjuvanted S-2P against the SARS-CoV-2 Wuhan strain and four variants of concern. S2D14 may be a useful scaffold or tool for the design of future coronavirus vaccines, and the approaches used for the design of S2D14 may be broadly applicable to streamline vaccine discovery. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28531.map.gz | 480.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28531-v30.xml emd-28531.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28531_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28531.png | 142 KB | ||
その他 | emd_28531_half_map_1.map.gz emd_28531_half_map_2.map.gz | 410.7 MB 410.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28531 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28531_validation.pdf.gz | 940.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28531_full_validation.pdf.gz | 939.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28531_validation.xml.gz | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28531_validation.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28531 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28531 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with three RBDs in the down conformation. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.67 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half1 - Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with...
ファイル | emd_28531_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 - Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with three RBDs in the down conformation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half1 - Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with...
ファイル | emd_28531_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half1 - Designed SARS-CoV-2 Spike antigen, S2D14, with three RBDs in the down conformation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike trimer
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike trimer
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 123.913258 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF ...文字列: AYTNSFTRGV YYPDKVFRSS VLHSTQDLFL PFFSNVTWFH AIHVSGTNGT KRFDNPVLPF NDGVYFASTE KSNIIRGWIF GTTLDSKTQ SLLIVNNATN VVIKVCEFQF CNDPFLGVYY HKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKQGN F KNLREFVF KNIDGYFKIY SKHTPINLVR DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SSGWTAGAAA YY VGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLCPFGEVFN ATR FASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADYN YKLP DDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP LQSYGFQPTN GVGYQ PYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILD ITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQGVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEHVNNS YECDIPI GA GICASYQTQT NSPGSASSVA SQSIIAYTMS LGEENSVAYS NNSIAIPTNF TISVTTEIIP VSMQKVSVDC TMYICGDS E ECSNLLLQYG SFCTQLNRAL HEIAVEQDKN TQEVFAQVKQ IYKTPPIKDF GGFNFSQILP DPSKPSKRSA IEDLLFNKV TLADAGFIKG YGDCLGDIAA RDLICAQKFN GLTVLPPLLT DEMIAAYTSA LLAGTITAGW TFGAGAALQI PFAMQMAYRF NGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNKAIGKIQ DGLSSTASAL GKLQDVVNQN AQALNTLVKQ LSSNFGAISS VLNDILSRLD P PEAEVQID RLINGRLQAL NTYVTQQLIR AAEIRASANL AAEKMSECVL GQSKRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VT YVPTQYK NFTTAPAICH NGKAHFPREG VFVSNGTHWF VTQRNFYEPQ IITTDNTFVS GDCDVVIGIV NNTVYDPLQP ELD S |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.40 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10mM Tris + 150mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 6169 / 平均露光時間: 12.21 sec. / 平均電子線量: 43.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |