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- EMDB-27942: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27942
タイトルMycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination/antitermination protein NusG
    • DNA: DNA (54-MER)
    • DNA: DNA (54-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA polymerase / transcription factor / elongation / pausing / transcription-transferase-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit ...: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription termination/antitermination protein NusG / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Delbeau M / Darst SA / Campbell EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural and functional basis of the universal transcription factor NusG pro-pausing activity in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Madeleine Delbeau / Expery O Omollo / Ruby Froom / Steven Koh / Rachel A Mooney / Mirjana Lilic / Joshua J Brewer / Jeremy Rock / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / Robert Landick /
要旨: Transcriptional pauses mediate regulation of RNA biogenesis. DNA-encoded pause signals trigger pausing by stabilizing RNA polymerase (RNAP) swiveling and inhibiting DNA translocation. The N-terminal ...Transcriptional pauses mediate regulation of RNA biogenesis. DNA-encoded pause signals trigger pausing by stabilizing RNA polymerase (RNAP) swiveling and inhibiting DNA translocation. The N-terminal domain (NGN) of the only universal transcription factor, NusG/Spt5, modulates pausing through contacts to RNAP and DNA. Pro-pausing NusGs enhance pauses, whereas anti-pausing NusGs suppress pauses. Little is known about pausing and NusG in the human pathogen Mycobacterium tuberculosis (Mtb). We report that MtbNusG is pro-pausing. MtbNusG captures paused, swiveled RNAP by contacts to the RNAP protrusion and nontemplate-DNA wedged between the NGN and RNAP gate loop. In contrast, anti-pausing Escherichia coli (Eco) NGN contacts the MtbRNAP gate loop, inhibiting swiveling and pausing. Using CRISPR-mediated genetics, we show that pro-pausing NGN is required for mycobacterial fitness. Our results define an essential function of mycobacterial NusG and the structural basis of pro- versus anti-pausing NusG activity, with broad implications for the function of all NusG orthologs.
履歴
登録2022年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年10月11日-
現状2023年10月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27942.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27942.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 322.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.076 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.3775604 - 3.7423558
平均 (標準偏差)0.0054124747 (±0.095116735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 322.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27942_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27942_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG tran...

全体名称: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
要素
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination/antitermination protein NusG
    • DNA: DNA (54-MER)
    • DNA: DNA (54-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG tran...

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 129.372031 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LADSRQSKTA ASPSPSRPQS SSNNSVPGAP NRVSFAKLRE PLEVPGLLDV QTDSFEWLIG SPRWRESAAE RGDVNPVGGL EEVLYELSP IEDFSGSMSL SFSDPRFDDV KAPVDECKDK DMTYAAPLFV TAEFINNNTG EIKSQTVFMG DFPMMTEKGT F IINGTERV ...文字列:
LADSRQSKTA ASPSPSRPQS SSNNSVPGAP NRVSFAKLRE PLEVPGLLDV QTDSFEWLIG SPRWRESAAE RGDVNPVGGL EEVLYELSP IEDFSGSMSL SFSDPRFDDV KAPVDECKDK DMTYAAPLFV TAEFINNNTG EIKSQTVFMG DFPMMTEKGT F IINGTERV VVSQLVRSPG VYFDETIDKS TDKTLHSVKV IPSRGAWLEF DVDKRDTVGV RIDRKRRQPV TVLLKALGWT SE QIVERFG FSEIMRSTLE KDNTVGTDEA LLDIYRKLRP GEPPTKESAQ TLLENLFFKE KRYDLARVGR YKVNKKLGLH VGE PITSST LTEEDVVATI EYLVRLHEGQ TTMTVPGGVE VPVETDDIDH FGNRRLRTVG ELIQNQIRVG MSRMERVVRE RMTT QDVEA ITPQTLINIR PVVAAIKEFF GTSQLSQFMD QNNPLSGLTH KRRLSALGPG GLSRERAGLE VRDVHPSHYG RMCPI ETPE GPNIGLIGSL SVYARVNPFG FIETPYRKVV DGVVSDEIVY LTADEEDRHV VAQANSPIDA DGRFVEPRVL VRRKAG EVE YVPSSEVDYM DVSPRQMVSV ATAMIPFLEH DDANRALMGA NMQRQAVPLV RSEAPLVGTG MELRAAIDAG DVVVAEE SG VIEEVSADYI TVMHDNGTRR TYRMRKFARS NHGTCANQCP IVDAGDRVEA GQVIADGPCT DDGEMALGKN LLVAIMPW E GHNYEDAIIL SNRLVEEDVL TSIHIEEHEI DARDTKLGAE EITRDIPNIS DEVLADLDER GIVRIGAEVR DGDILVGKV TPKGETELTP EERLLRAIFG EKAREVRDTS LKVPHGESGK VIGIRVFSRE DEDELPAGVN ELVRVYVAQK RKISDGDKLA GRHGNKGVI GKILPVEDMP FLADGTPVDI ILNTHGVPRR MNIGQILETH LGWCAHSGWK VDAAKGVPDW AARLPDELLE A QPNAIVST PVFDGAQEAE LQGLLSCTLP NRDGDVLVDA DGKAMLFDGR SGEPFPYPVT VGYMYIMKLH HLVDDKIHAR ST GPYSMIT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEC WAMQAYGAAY TLQELLTIKS DDTVGRVKVY EAIVKGENIP EPGIPESFKV LLK ELQSLC LNVEVLSSDG AAIELREGED EDLERAAANL GINLSRNESA SVEDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 147.097094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMLDVNFFD ELRIGLATAE DIRQWSYGEV KKPETINYRT LKPEKDGLFC EKIFGPTRDW ECYCGKYKRV RFKGIICERC GVEVTRAKV RRERMGHIEL AAPVTHIWYF KGVPSRLGYL LDLAPKDLEK IIYFAAYVIT SVDEEMRHNE LSTLEAEMAV E RKAVEDQR ...文字列:
GAMLDVNFFD ELRIGLATAE DIRQWSYGEV KKPETINYRT LKPEKDGLFC EKIFGPTRDW ECYCGKYKRV RFKGIICERC GVEVTRAKV RRERMGHIEL AAPVTHIWYF KGVPSRLGYL LDLAPKDLEK IIYFAAYVIT SVDEEMRHNE LSTLEAEMAV E RKAVEDQR DGELEARAQK LEADLAELEA EGAKADARRK VRDGGEREMR QIRDRAQREL DRLEDIWSTF TKLAPKQLIV DE NLYRELV DRYGEYFTGA MGAESIQKLI ENFDIDAEAE SLRDVIRNGK GQKKLRALKR LKVVAAFQQS GNSPMGMVLD AVP VIPPEL RPMVQLDGGR FATSDLNDLY RRVINRNNRL KRLIDLGAPE IIVNNEKRML QESVDALFDN GRRGRPVTGP GNRP LKSLS DLLKGKQGRF RQNLLGKRVD YSGRSVIVVG PQLKLHQCGL PKLMALELFK PFVMKRLVDL NHAQNIKSAK RMVER QRPQ VWDVLEEVIA EHPVLLNRAP TLHRLGIQAF EPMLVEGKAI QLHPLVCEAF NADFDGDQMA VHLPLSAEAQ AEARIL MLS SNNILSPASG RPLAMPRLDM VTGLYYLTTE VPGDTGEYQP ASGDHPETGV YSSPAEAIMA ADRGVLSVRA KIKVRLT QL RPPVEIEAEL FGHSGWQPGD AWMAETTLGR VMFNELLPLG YPFVNKQMHK KVQAAIINDL AERYPMIVVA QTVDKLKD A GFYWATRSGV TVSMADVLVP PRKKEILDHY EERADKVEKQ FQRGALNHDE RNEALVEIWK EATDEVGQAL REHYPDDNP IITIVDSGAT GNFTQTRTLA GMKGLVTNPK GEFIPRPVKS SFREGLTVLE YFINTHGARK GLADTALRTA DSGYLTRRLV DVSQDVIVR EHDCQTERGI VVELAERAPD GTLIRDPYIE TSAYARTLGT DAVDEAGNVI VERGQDLGDP EIDALLAAGI T QVKVRSVL TCATSTGVCA TCYGRSMATG KLVDIGEAVG IVAAQSIGEP GTQLTMRTFH QGGVGEDITG GLPRVQELFE AR VPRGKAP IADVTGRVRL EDGERFYKIT IVPDDGGEEV VYDKISKRQR LRVFKHEDGS ERVLSDGDHV EVGQQLMEGS ADP HEVLRV QGPREVQIHL VREVQEVYRA QGVSIHDKHI EVIVRQMLRR VTIIDSGSTE FLPGSLIDRA EFEAENRRVV AEGG EPAAG RPVLMGITKA SLATDSWLSA ASFQETTRVL TDAAINCRSD KLNGLKENVI IGKLIPAGTG INRYRNIAVQ PTEEA RAAA YTIPSYEDQY YSPDFGAATG AAVPLDDYGY SDYR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.819075 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: Transcription termination/antitermination protein NusG

分子名称: Transcription termination/antitermination protein NusG
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 25.439439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VTTFDGDTSA GEAVDLTEAN AFQDAAAPAE EVDPAAALKA ELRSKPGDWY VVHSYAGYEN KVKANLETRV QNLDVGDYIF QVEVPTEEV TEIKNGQRKQ VNRKVLPGYI LVRMDLTDDS WAAVRNTPGV TGFVGATSRP SALALDDVVK FLLPRGSTRK A AKGAASTA ...文字列:
VTTFDGDTSA GEAVDLTEAN AFQDAAAPAE EVDPAAALKA ELRSKPGDWY VVHSYAGYEN KVKANLETRV QNLDVGDYIF QVEVPTEEV TEIKNGQRKQ VNRKVLPGYI LVRMDLTDDS WAAVRNTPGV TGFVGATSRP SALALDDVVK FLLPRGSTRK A AKGAASTA AAAEAGGLER PVVEVDYEVG ESVTVMDGPF ATLPATISEV NAEQQKLKVL VSIFGRETPV ELTFGQVSKI

UniProtKB: Transcription termination/antitermination protein NusG

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分子 #6: DNA (54-MER)

分子名称: DNA (54-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 16.521557 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC) (DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)

+
分子 #7: DNA (54-MER)

分子名称: DNA (54-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 16.589572 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)

+
分子 #8: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.509968 KDa
配列文字列:
GCAUUCAAAG CGGAGAGGUA

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.78 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6edt

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132324
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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