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- EMDB-27870: CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27870
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF
マップデータmPSF mixed with a FAM labeled 17-mer RNA containing the AAGAAA PAS (No binding observed)
試料
  • 複合体: human mPSF
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
  • リガンド: ZINC ION
キーワードmRNA / 3'processing / polyadenylation / CPSF / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / collagen trimer / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / postreplication repair / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / fibrillar center / mRNA processing / sequence-specific double-stranded DNA binding / spermatogenesis / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Collagen triple helix repeat ...Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / CPSF complex subunit CPSF4-like / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 / pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Gutierrez PA / Wei J / Sun Y / Tong L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for the recognition of the AUUAAA polyadenylation signal by mPSF.
著者: Pedro A Gutierrez / Jia Wei / Yadong Sun / Liang Tong /
要旨: The polyadenylation signal (PAS) is a key sequence element for 3'-end cleavage and polyadenylation of messenger RNA precursors (pre-mRNAs). This hexanucleotide motif is recognized by the mammalian ...The polyadenylation signal (PAS) is a key sequence element for 3'-end cleavage and polyadenylation of messenger RNA precursors (pre-mRNAs). This hexanucleotide motif is recognized by the mammalian polyadenylation specificity factor (mPSF), consisting of CPSF160, WDR33, CPSF30, and Fip1 subunits. Recent studies have revealed how the AAUAAA PAS, the most frequently observed PAS, is recognized by mPSF. We report here the structure of human mPSF in complex with the AUUAAA PAS, the second most frequently identified PAS. Conformational differences are observed for the A1 and U2 nucleotides in AUUAAA compared to the A1 and A2 nucleotides in AAUAAA, while the binding modes of the remaining 4 nt are essentially identical. The 5' phosphate of U2 moves by 2.6 Å and the U2 base is placed near the six-membered ring of A2 in AAUAAA, where it makes two hydrogen bonds with zinc finger 2 (ZF2) of CPSF30, which undergoes conformational changes as well. We also attempted to determine the binding modes of two rare PAS hexamers, AAGAAA and GAUAAA, but did not observe the RNA in the cryo-electron microscopy density. The residues in CPSF30 (ZF2 and ZF3) and WDR33 that recognize PAS are disordered in these two structures.
履歴
登録2022年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mPSF mixed with a FAM labeled 17-mer RNA containing the AAGAAA PAS (No binding observed)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-2.5599027 - 3.4161632
平均 (標準偏差)0.0003617861 (±0.124242604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_27870_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_27870_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human mPSF

全体名称: human mPSF
要素
  • 複合体: human mPSF
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: human mPSF

超分子名称: human mPSF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: mPSF with the AAGAAA poly(A) signal, but the RNA was not observed
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 161.074234 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列:
MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

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分子 #2: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

分子名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.646055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GMQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAAC GKGGMCPFRH ISGEKTVVCK HWLRGLCKKG DQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE SKIKDCPWYD RGFCKHGPLC RHRHTRRVIC VNYLVGFCPE G PSCKFMHP ...文字列:
GMQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAAC GKGGMCPFRH ISGEKTVVCK HWLRGLCKKG DQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE SKIKDCPWYD RGFCKHGPLC RHRHTRRVIC VNYLVGFCPE G PSCKFMHP RFELPMGTTE QPPLPQQTQP PAKQRTPQVI GVMQSQNSSA GNRGPRPLEQ VTCYKCGEKG HYANRCTKGH LA FLSGQ

UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

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分子 #3: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

分子名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.912039 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYY NDLVPPIGML NNPMNAVTTK FVRTSTNKVK CPVFVVRWTP EGRRLVTGAS SGEFTLWNGL TFNFETILQA H DSPVRAMT ...文字列:
MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYY NDLVPPIGML NNPMNAVTTK FVRTSTNKVK CPVFVVRWTP EGRRLVTGAS SGEFTLWNGL TFNFETILQA H DSPVRAMT WSHNDMWMLT ADHGGYVKYW QSNMNNVKMF QAHKEAIREA SFSPTDNKFA TCSDDGTVRI WDFLRCHEER IL RGHGADV KCVDWHPTKG LVVSGSKDSQ QPIKFWDPKT GQSLATLHAH KNTVMEVKLN LNGNWLLTAS RDHLCKLFDI RNL KEELQV FRGHKKEATA VAWHPVHEGL FASGGSDGSL LFWHVGVEKE VGGMEMAHEG MIWSLAWHPL GHILCSGSND HTSK FWTRN RPGDKMRDRY NLNLLPGMSE DGVEYDDLEP NSLAVIPGMG IPEQLKLAME QEQMGKDESN EIEMTIPGLD WGMEE VMQK DQKKVPQKKV PYAKPIPAQF QQAWMQNKVP IPAPNEVLND RKEDIKLEEK KKTQAEIEQE MATLQYTNPQ LLEQLK IER LAQKQVEQI

UniProtKB: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4607 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4998847
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 614782
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6dnh


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8e3q:
CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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