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- EMDB-27818: Symmetry expansion of dimeric LRRK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27818
タイトルSymmetry expansion of dimeric LRRK1
マップデータ
試料
  • 複合体: Symmetry expansion of dimeric LRRK1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードdimer / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of intracellular signal transduction / osteoclast development / bone resorption / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein serine kinase activity ...negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of intracellular signal transduction / osteoclast development / bone resorption / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Reimer JM / Lin YX / Leschziner AE
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2370-19 米国
Michael J. Fox Foundation18321 米国
Other privateASAP-000519
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107214 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of LRRK1 and mechanisms of autoinhibition and activation.
著者: Janice M Reimer / Andrea M Dickey / Yu Xuan Lin / Robert G Abrisch / Sebastian Mathea / Deep Chatterjee / Elizabeth J Fay / Stefan Knapp / Matthew D Daugherty / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner /
要旨: Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, ...Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, their disease associations are strikingly different: LRRK2 is involved in familial Parkinson's disease while LRRK1 is linked to bone diseases. Furthermore, Parkinson's disease-linked mutations in LRRK2 are typically autosomal dominant gain-of-function while those in LRRK1 are autosomal recessive loss-of-function. Here, to understand these differences, we solved cryo-EM structures of LRRK1 in its monomeric and dimeric forms. Both differ from the corresponding LRRK2 structures. Unlike LRRK2, which is sterically autoinhibited as a monomer, LRRK1 is sterically autoinhibited in a dimer-dependent manner. LRRK1 has an additional level of autoinhibition that prevents activation of the kinase and is absent in LRRK2. Finally, we place the structural signatures of LRRK1 and LRRK2 in the context of the evolution of the LRRK family of proteins.
履歴
登録2022年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.195
最小 - 最大-0.49688596 - 0.90911794
平均 (標準偏差)0.001018711 (±0.022935977)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 334.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27818_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27818_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Symmetry expansion of dimeric LRRK1

全体名称: Symmetry expansion of dimeric LRRK1
要素
  • 複合体: Symmetry expansion of dimeric LRRK1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Symmetry expansion of dimeric LRRK1

超分子名称: Symmetry expansion of dimeric LRRK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1

分子名称: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225.739219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SMAGMSQRPP SMYWCVGPEE SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKG QLLSIPAAYG DLEMVRYLLS KRLVELPTEP TDDNPAVVAA YFGHTAVVQE LLESLPGPCS PQRLLNWMLA L ACQRGHLG ...文字列:
SMAGMSQRPP SMYWCVGPEE SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKG QLLSIPAAYG DLEMVRYLLS KRLVELPTEP TDDNPAVVAA YFGHTAVVQE LLESLPGPCS PQRLLNWMLA L ACQRGHLG VVKLLVLTHG ADPESYAVRK NEFPVIVRLP LYAAIKSGNE DIAIFLLRHG AYFCSYILLD SPDPSKHLLR KY FIEASPL PSSYPGKTAL RVKWSHLRLP WVDLDWLIDI SCQITELDLS ANCLATLPSV IPWGLINLRK LNLSDNHLGE LPG VQSSDE IICSRLLEID ISSNKLSHLP PGFLHLSKLQ KLTASKNCLE KLFEEENATN WIGLRKLQEL DISDNKLTEL PALF LHSFK SLNSLNVSRN NLKVFPDPWA CPLKCCKASR NALECLPDKM AVFWKNHLKD VDFSENALKE VPLGLFQLDA LMFLR LQGN QLAALPPQEK WTCRQLKTLD LSRNQLGKNE DGLKTKRIAF FTTRGRQRSG TEAASVLEFP AFLSESLEVL CLNDNH LDT VPPSVCLLKS LSELYLGNNP GLRELPPELG QLGNLWQLDT EDLTISNVPA EIQKEGPKAM LSYLRAQLRK AEKCKLM KM IIVGPPRQGK STLLEILQTG RAPQVVHGEA TIRTTKWELQ RPAGSRAKVE SVEFNVWDIG GPASMATVNQ CFFTDKAL Y VVVWNLALGE EAVANLQFWL LNIEAKAPNA VVLVVGTHLD LIEAKFRVER IATLRAYVLA LCRSPSGSRA TGFPDITFK HLHEISCKSL EGQEGLRQLI FHVTCSMKDV GSTIGCQRLA GRLIPRSYLS LQEAVLAEQQ RRSRDDDVQY LTDRQLEQLV EQTPDNDIK DYEDLQSAIS FLIETGTLLH FPDTSHGLRN LYFLDPIWLS ECLQRIFNIK GSRSVAKNGV IRAEDLRMLL V GTGFTQQT EEQYFQFLAK FEIALPVAND SYLLPHLLPS KPGLDTHGMR HPTANTIQRV FKMSFVPVGF WQRFIARMLI SL AEMDLQL FENKKNTKSR NRKVTIYSFT GNQRNRCSTF RVKRNQTIYW QEGLLVTFDG GYLSVESSDV NWKKKKSGGM KIV CQSEVR DFSAMAFITD HVNSLIDQWF PALTATESDG TPLMEQYVPC PVCETAWAQH TDPSEKSEDV QYFDMEDCVL TAIE RDFIS CPRHPDLPVP LQELVPELFM TDFPARLFLE NSKLEHSEDE GSVLGQGGSG TVIYRARYQG QPVAVKRFHI KKFKN FANV PADTMLRHLR ATDAMKNFSE FRQEASMLHA LQHPCIVALI GISIHPLCFA LELAPLSSLN TVLSENARDS SFIPLG HML TQKIAYQIAS GLAYLHKKNI IFCDLKSDNI LVWSLDVKEH INIKLSDYGI SRQSFHEGAL GVEGTPGYQA PEIRPRI VY DEKVDMFSYG MVLYELLSGQ RPALGHHQLQ IAKKLSKGIR PVLGQPEEVQ FRRLQALMME CWDTKPEKRP LALSVVSQ M KDPTFATFMY ELCCGKQTAF FSSQGQEYTV VFWDGKEESR NYTVVNTEKG LMEVQRMCCP GMKVSCQLQV QRSLWTATE DQKIYIYTLK GMCPLNTPQQ ALDTPAVVTC FLAVPVIKKN SYLVLAGLAD GLVAVFPVVR GTPKDSCSYL CSHTANRSKF SIADEDARQ NPYPVKAMEV VNSGSEVWYS NGPGLLVIDC ASLEICRRLE PYMAPSMVTS VVCSSEGRGE EVVWCLDDKA N SLVMYHST TYQLCARYFC GVPSPLRDMF PVRPLDTEPP AASHTANPKV PEGDSIADVS IMYSEELGTQ ILIHQESLTD YC SMSSYSS SPPRQAARSP SSLPSSPASS SSVPFSTDCE DSDMLHTPGA ASDRSEHDLT PMDGETFSQH LQAVKILAVR DLI WVPRRG GDVIVIGLEK DSGAQRGRVI AVLKARELTP HGVLVDAAVV AKDTVVCTFE NENTEWCLAV WRGWGAREFD IFYQ SYEEL GRLEACTRKR R

UniProtKB: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1

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分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.124 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2630000000000001 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117826
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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