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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of dimeric LRRK1 | |||||||||||||||
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![]() | dimer / TRANSFERASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of intracellular signal transduction / osteoclast development / bone resorption / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein serine kinase activity ...negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of intracellular signal transduction / osteoclast development / bone resorption / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Reimer JM / Lin YX / Leschziner AE | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of LRRK1 and mechanisms of autoinhibition and activation. 著者: Janice M Reimer / Andrea M Dickey / Yu Xuan Lin / Robert G Abrisch / Sebastian Mathea / Deep Chatterjee / Elizabeth J Fay / Stefan Knapp / Matthew D Daugherty / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner / ![]() ![]() 要旨: Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, ...Leucine Rich Repeat Kinase 1 and 2 (LRRK1 and LRRK2) are homologs in the ROCO family of proteins in humans. Despite their shared domain architecture and involvement in intracellular trafficking, their disease associations are strikingly different: LRRK2 is involved in familial Parkinson's disease while LRRK1 is linked to bone diseases. Furthermore, Parkinson's disease-linked mutations in LRRK2 are typically autosomal dominant gain-of-function while those in LRRK1 are autosomal recessive loss-of-function. Here, to understand these differences, we solved cryo-EM structures of LRRK1 in its monomeric and dimeric forms. Both differ from the corresponding LRRK2 structures. Unlike LRRK2, which is sterically autoinhibited as a monomer, LRRK1 is sterically autoinhibited in a dimer-dependent manner. LRRK1 has an additional level of autoinhibition that prevents activation of the kinase and is absent in LRRK2. Finally, we place the structural signatures of LRRK1 and LRRK2 in the context of the evolution of the LRRK family of proteins. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 86 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 72.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 84.5 MB 84.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1018.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1017.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8e05MC ![]() 8e04C ![]() 8e06C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27817_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27817_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Full length LRRK1
全体 | 名称: Full length LRRK1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Full length LRRK1
超分子 | 名称: Full length LRRK1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1
分子 | 名称: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 225.739219 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SMAGMSQRPP SMYWCVGPEE SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKG QLLSIPAAYG DLEMVRYLLS KRLVELPTEP TDDNPAVVAA YFGHTAVVQE LLESLPGPCS PQRLLNWMLA L ACQRGHLG ...文字列: SMAGMSQRPP SMYWCVGPEE SAVCPERAME TLNGAGDTGG KPSTRGGDPA ARSRRTEGIR AAYRRGDRGG ARDLLEEACD QCASQLEKG QLLSIPAAYG DLEMVRYLLS KRLVELPTEP TDDNPAVVAA YFGHTAVVQE LLESLPGPCS PQRLLNWMLA L ACQRGHLG VVKLLVLTHG ADPESYAVRK NEFPVIVRLP LYAAIKSGNE DIAIFLLRHG AYFCSYILLD SPDPSKHLLR KY FIEASPL PSSYPGKTAL RVKWSHLRLP WVDLDWLIDI SCQITELDLS ANCLATLPSV IPWGLINLRK LNLSDNHLGE LPG VQSSDE IICSRLLEID ISSNKLSHLP PGFLHLSKLQ KLTASKNCLE KLFEEENATN WIGLRKLQEL DISDNKLTEL PALF LHSFK SLNSLNVSRN NLKVFPDPWA CPLKCCKASR NALECLPDKM AVFWKNHLKD VDFSENALKE VPLGLFQLDA LMFLR LQGN QLAALPPQEK WTCRQLKTLD LSRNQLGKNE DGLKTKRIAF FTTRGRQRSG TEAASVLEFP AFLSESLEVL CLNDNH LDT VPPSVCLLKS LSELYLGNNP GLRELPPELG QLGNLWQLDT EDLTISNVPA EIQKEGPKAM LSYLRAQLRK AEKCKLM KM IIVGPPRQGK STLLEILQTG RAPQVVHGEA TIRTTKWELQ RPAGSRAKVE SVEFNVWDIG GPASMATVNQ CFFTDKAL Y VVVWNLALGE EAVANLQFWL LNIEAKAPNA VVLVVGTHLD LIEAKFRVER IATLRAYVLA LCRSPSGSRA TGFPDITFK HLHEISCKSL EGQEGLRQLI FHVTCSMKDV GSTIGCQRLA GRLIPRSYLS LQEAVLAEQQ RRSRDDDVQY LTDRQLEQLV EQTPDNDIK DYEDLQSAIS FLIETGTLLH FPDTSHGLRN LYFLDPIWLS ECLQRIFNIK GSRSVAKNGV IRAEDLRMLL V GTGFTQQT EEQYFQFLAK FEIALPVAND SYLLPHLLPS KPGLDTHGMR HPTANTIQRV FKMSFVPVGF WQRFIARMLI SL AEMDLQL FENKKNTKSR NRKVTIYSFT GNQRNRCSTF RVKRNQTIYW QEGLLVTFDG GYLSVESSDV NWKKKKSGGM KIV CQSEVR DFSAMAFITD HVNSLIDQWF PALTATESDG TPLMEQYVPC PVCETAWAQH TDPSEKSEDV QYFDMEDCVL TAIE RDFIS CPRHPDLPVP LQELVPELFM TDFPARLFLE NSKLEHSEDE GSVLGQGGSG TVIYRARYQG QPVAVKRFHI KKFKN FANV PADTMLRHLR ATDAMKNFSE FRQEASMLHA LQHPCIVALI GISIHPLCFA LELAPLSSLN TVLSENARDS SFIPLG HML TQKIAYQIAS GLAYLHKKNI IFCDLKSDNI LVWSLDVKEH INIKLSDYGI SRQSFHEGAL GVEGTPGYQA PEIRPRI VY DEKVDMFSYG MVLYELLSGQ RPALGHHQLQ IAKKLSKGIR PVLGQPEEVQ FRRLQALMME CWDTKPEKRP LALSVVSQ M KDPTFATFMY ELCCGKQTAF FSSQGQEYTV VFWDGKEESR NYTVVNTEKG LMEVQRMCCP GMKVSCQLQV QRSLWTATE DQKIYIYTLK GMCPLNTPQQ ALDTPAVVTC FLAVPVIKKN SYLVLAGLAD GLVAVFPVVR GTPKDSCSYL CSHTANRSKF SIADEDARQ NPYPVKAMEV VNSGSEVWYS NGPGLLVIDC ASLEICRRLE PYMAPSMVTS VVCSSEGRGE EVVWCLDDKA N SLVMYHST TYQLCARYFC GVPSPLRDMF PVRPLDTEPP AASHTANPKV PEGDSIADVS IMYSEELGTQ ILIHQESLTD YC SMSSYSS SPPRQAARSP SSLPSSPASS SSVPFSTDCE DSDMLHTPGA ASDRSEHDLT PMDGETFSQH LQAVKILAVR DLI WVPRRG GDVIVIGLEK DSGAQRGRVI AVLKARELTP HGVLVDAAVV AKDTVVCTFE NENTEWCLAV WRGWGAREFD IFYQ SYEEL GRLEACTRKR R UniProtKB: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 1 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.124 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2630000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58913 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |