[日本語] English
万見
- EMDB-27812: Structure of engineered nano-cage fusion protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27812
タイトルStructure of engineered nano-cage fusion protein
マップデータsharpened icosahedral map
試料
  • 複合体: Nano-cage
    • タンパク質・ペプチド: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
機能・相同性KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase-type TIM barrel / lyase activity / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Moustafa IM / Hafenstein SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125907 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: Intranasal SARS-CoV-2 RBD decorated nanoparticle vaccine enhances viral clearance in the Syrian hamster model.
著者: D R Patel / A M Minns / D G Sim / C J Field / A E Kerr / T Heinly / E H Luley / R M Rossi / C Bator / I M Moustafa / S L Hafenstein / S E Lindner / T C Sutton /
要旨: Multiple vaccines have been developed and licensed for SARS-CoV-2. While these vaccines reduce disease severity, they do not prevent infection, and SARS-CoV-2 continues to spread and evolve. To ...Multiple vaccines have been developed and licensed for SARS-CoV-2. While these vaccines reduce disease severity, they do not prevent infection, and SARS-CoV-2 continues to spread and evolve. To prevent infection and limit transmission, vaccines must be developed that induce immunity in the respiratory tract. Therefore, we performed proof-of-principle vaccination studies with an intranasal nanoparticle vaccine against SARS-CoV-2. The vaccine candidate consisted of the self-assembling 60-subunit I3-01 protein scaffold covalently decorated with the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) using the SpyCatcher-SpyTag system. We verified the intended antigen display features by reconstructing the I3-01 scaffold to 3.4A using cryo-EM, and then demonstrated that the scaffold was highly saturated when grafted with RBD. Using this RBD-grafted SpyCage scaffold (RBD+SpyCage), we performed two unadjuvanted intranasal vaccination studies in the "gold-standard" preclinical Syrian hamster model. Hamsters received two vaccinations 28 days apart, and were then challenged 28 days post-boost with SARS-CoV-2. The initial study focused on assessing the immunogenicity of RBD+SpyCage, which indicated that vaccination of hamsters induced a non-neutralizing antibody response that enhanced viral clearance but did not prevent infection. In an expanded study, we demonstrated that covalent bonding of RBD to the scaffold was required to induce an antibody response. Consistent with the initial study, animals vaccinated with RBD+SpyCage more rapidly cleared SARS-CoV-2 from both the upper and lower respiratory tract. These findings demonstrate the intranasal SpyCage vaccine platform can induce protection against SARS-CoV-2 and, with additional modifications to improve immunogenicity, is a versatile platform for the development of intranasal vaccines targeting respiratory pathogens.
履歴
登録2022年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_27812.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened icosahedral map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-4.024448 - 6.3624315
平均 (標準偏差)0.0073766955 (±0.21626735)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209-209-209
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 462.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_27812_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfB map

ファイルemd_27812_half_map_1.map
注釈halfB map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfA map

ファイルemd_27812_half_map_2.map
注釈halfA map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Nano-cage

全体名称: Nano-cage
要素
  • 複合体: Nano-cage
    • タンパク質・ペプチド: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

-
超分子 #1: Nano-cage

超分子名称: Nano-cage / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 1.3 MDa

-
分子 #1: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutara...

分子名称: 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
分子量理論値: 23.915986 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHGGS GGSGGSGGSM KMEELFKKHK IVAVLRANSV EEAKKKALAV FLGGVHLIEI TFTVPDADTV IKELSFLKEM GAIIGAGTV TSVEQCRKAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEKGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF V KAMKGPFP ...文字列:
MHHHHHHGGS GGSGGSGGSM KMEELFKKHK IVAVLRANSV EEAKKKALAV FLGGVHLIEI TFTVPDADTV IKELSFLKEM GAIIGAGTV TSVEQCRKAV ESGAEFIVSP HLDEEISQFC KEKGVFYMPG VMTPTELVKA MKLGHTILKL FPGEVVGPQF V KAMKGPFP NVKFVPTGGV NLDNVCEWFK AGVLAVGVGS ALVKGTPVEV AEKAKAFVEK IRGCTE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.1 / 詳細: Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Purified nano-cage protein at 0.1 mg/mL

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 100.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1220 / 平均露光時間: 69.8 sec. / 平均電子線量: 44.85 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.05 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 129297
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: I3-01
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 63430
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 69.1 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8e01:
Structure of engineered nano-cage fusion protein

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る