+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27745 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of RIG-I bound to the internal sites of OHSLR30 (+ATP) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of protein-RNA complex 9 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ribonucleoprotein complex / RNA sensor / RIG-I like receptor / Hydrolase-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / RSV-host interactions / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / antiviral innate immune response / bicellular tight junction / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of defense response to virus by host / regulation of cell migration / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / actin cytoskeleton / TRAF3-dependent IRF activation pathway / gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang W / Pyle AM | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: The RIG-I receptor adopts two different conformations for distinguishing host from viral RNA ligands. 著者: Wenshuai Wang / Anna Marie Pyle / 要旨: RIG-I is an essential innate immune receptor for detecting and responding to infection by RNA viruses. RIG-I specifically recognizes the unique molecular features of viral RNA molecules and ...RIG-I is an essential innate immune receptor for detecting and responding to infection by RNA viruses. RIG-I specifically recognizes the unique molecular features of viral RNA molecules and selectively distinguishes them from closely related RNAs abundant in host cells. The physical basis for this exquisite selectivity is revealed through a series of high-resolution cryo-EM structures of RIG-I in complex with host and viral RNA ligands. These studies demonstrate that RIG-I actively samples double-stranded RNAs in the cytoplasm and distinguishes them by adopting two different types of protein folds. Upon binding viral RNA, RIG-I adopts a high-affinity conformation that is conducive to signaling, while host RNA induces an autoinhibited conformation that stimulates RNA release. By coupling protein folding with RNA binding selectivity, RIG-I distinguishes RNA molecules that differ by as little as one phosphate group, thereby explaining the molecular basis for selective antiviral sensing and the induction of autoimmunity upon RIG-I dysregulation. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27745.map.gz | 19.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-27745-v30.xml emd-27745.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27745_fsc.xml | 6.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27745.png | 51.9 KB | ||
マスクデータ | emd_27745_msk_1.map | 20.8 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-27745.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_27745_half_map_1.map.gz emd_27745_half_map_2.map.gz | 15.9 MB 15.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27745 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27745 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27745_validation.pdf.gz | 766.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_27745_full_validation.pdf.gz | 765.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27745_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27745_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27745 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27745 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dvuMC 7tnxC 7tnyC 7tnzC 7to0C 7to1C 7to2C 8dvrC 8dvsC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM structure of protein-RNA complex 9 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.149 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27745_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27745_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27745_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of RIG-I with OHSLR30
全体 | 名称: Complex of RIG-I with OHSLR30 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of RIG-I with OHSLR30
超分子 | 名称: Complex of RIG-I with OHSLR30 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
分子 | 名称: Antiviral innate immune response receptor RIG-I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 106.740555 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTEQRRSLQ AFQDYIRKTL DPTYILSYMA PWFREEEVQY IQAEKNNKGP MEAATLFLKF LLELQEEGWF RGFLDALDHA GYSGLYEAI ESWDFKKIEK LEEYRLLLKR LQPEFKTRII PTDIISDLSE CLINQECEEI LQICSTKGMM AGAEKLVECL L RSDKENWP ...文字列: MTTEQRRSLQ AFQDYIRKTL DPTYILSYMA PWFREEEVQY IQAEKNNKGP MEAATLFLKF LLELQEEGWF RGFLDALDHA GYSGLYEAI ESWDFKKIEK LEEYRLLLKR LQPEFKTRII PTDIISDLSE CLINQECEEI LQICSTKGMM AGAEKLVECL L RSDKENWP KTLKLALEKE RNKFSELWIV EKGIKDVETE DLEDKMETSD IQIFYQEDPE CQNLSENSCP PSEVSDTNLY SP FKPRNYQ LELALPAMKG KNTIICAPTG CGKTFVSLLI CEHHLKKFPQ GQKGKVVFFA NQIPVYEQQK SVFSKYFERH GYR VTGISG ATAENVPVEQ IVENNDIIIL TPQILVNNLK KGTIPSLSIF TLMIFDECHN TSKQHPYNMI MFNYLDQKLG GSSG PLPQV IGLTASVGVG DAKNTDEALD YICKLCASLD ASVIATVKHN LEELEQVVYK PQKFFRKVES RISDKFKYII AQLMR DTES LAKRICKDLE NLSQIQNREF GTQKYEQWIV TVQKACMVFQ MPDKDEESRI CKALFLYTSH LRKYNDALII SEHARM KDA LDYLKDFFSN VRAAGFDEIE QDLTQRFEEK LQELESVSRD PSNENPKLED LCFILQEEYH LNPETITILF VKTRALV DA LKNWIEGNPK LSFLKPGILT GRGKTNQNTG MTLPAQKCIL DAFKASGDHN ILIATSVADE GIDIAQCNLV ILYEYVGN V IKMIQTRGRG RARGSKCFLL TSNAGVIEKE QINMYKEKMM NDSILRLQTW DEAVFREKIL HIQTHEKFIR DSQEKPKPV PDKENKKLLC RKCKALACYT ADVRVIEECH YTVLGDAFKE CFVSRPHPKP KQFSSFEKRA KIFCARQNCS HDWGIHVKYK TFEIPVIKI ESFVVEDIAT GVQTLYSKWK DFHFEKIPFD PAEMSK UniProtKB: Antiviral innate immune response receptor RIG-I |
-分子 #2: OHSLR30
分子 | 名称: OHSLR30 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 20.549197 KDa |
配列 | 文字列: GGAUCGAUCG AUCGAUCGGC AUCGAUCGGC UUCGGCCGAU CGAUGCCGAU CGAUCGAUCG AUCC |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |